1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
gtgaattcagcctacatgcctttgattagaagtcttaagtttatgtgctgtgtgctactctatacttaatgtgttctatctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGCCGATTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os06g06030.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAG GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGCEST: gi|8856468|gb|AU093786.1|AU093786
genomic: GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAGgtgaattcag ... ctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
EST: GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGNATGAGAAG GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGNCGCAAGGCTCATGGGAAGCEST: gi|87011551|gb|CI279460.1|CI279460
genomic: GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAGgtgaattcag ... ctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
EST: GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAG GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGCEST: gi|58663124|gb|CK051810.1|CK051810
genomic: GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAGgtgaattcag ... ctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
EST: GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAG GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGCEST: gi|86538793|gb|CI178999.1|CI178999
genomic: GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAGgtgaattcag ... ctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
EST: GGGATGAGAAG GTTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGCEST: gi|86256727|gb|CI061490.1|CI061490
genomic: GGGATGAGAAGgtgaattcag ... ctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
EST: GATTGCTGGATGGGATGAGAAG GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGCEST: gi|3766709|gb|AU030819.1|AU030819
genomic: GATTGCTGGATGGGATGAGAAGgtgaattcag ... ctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
EST: GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAG GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGCEST: gi|58595565|gb|CK006093.1|CK006093
genomic: GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAGgtgaattcag ... ctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
EST: GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAG GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGCEST: gi|86546954|gb|CI187160.1|CI187160
genomic: GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAGgtgaattcag ... ctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
EST: CTGGATGGGGTGAGAAG GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGCEST: gi|86600016|gb|CI258356.1|CI258356
genomic: CTGGATGGGATGAGAAGgtgaattcag ... ctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
EST: TCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAG GGTCCTGTCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGCEST: gi|29669742|gb|CB666017.1|CB666017
genomic: TCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAGgtgaattcag ... ctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
EST: GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAG GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGCEST: gi|15853058|gb|BI805854.1|BI805854
genomic: GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAGgtgaattcag ... ctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
EST: GGATGGGACTGTCAA-TGGTACAATGATTGCTGGAT-GGATGAGAA- GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGA-GGCGCAAGGCTCATGGGAAGCEST: gi|29669743|gb|CB666018.1|CB666018
genomic: GGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAGgtgaattcag ... ctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
EST: GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAG GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGCEST: gi|8858108|gb|AU095426.1|AU095426
genomic: GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAGgtgaattcag ... ctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
EST: GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAG GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGCEST: gi|87023733|gb|CI286484.1|CI286484
genomic: GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAGgtgaattcag ... ctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
EST: GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAG GGTCCTGNCTTGTACTATGTTGATAGTGAEST: gi|1631791|gb|C19520.1|C19520
genomic: GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAGgtgaattcag ... ctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGA
EST: GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAG GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGCEST: gi|58604003|gb|CK014531.1|CK014531
genomic: GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAGgtgaattcag ... ctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
EST: GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAG GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGCEST: gi|58600793|gb|CK011321.1|CK011321
genomic: GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAGgtgaattcag ... ctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
EST: GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAG GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGEST: gi|10931156|gb|AU161430.1|AU161430
genomic: GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAGgtgaattcag ... ctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGG
EST: GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAG GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGCEST: gi|58695529|gb|CK084216.1|CK084216
genomic: GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAGgtgaattcag ... ctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
EST: GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAG GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGCEST: gi|87028445|gb|CI263787.1|CI263787
genomic: GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAGgtgaattcag ... ctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
EST: AATGATTGCTGGATGGGATGAGAAG GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGCEST: gi|88976012|gb|CI024261.1|CI024261
genomic: AATGATTGCTGGATGGGATGAGAAGgtgaattcag ... ctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
EST: TGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAG GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGCEST: gi|86432198|gb|CI085809.1|CI085809
genomic: TGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAGgtgaattcag ... ctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
EST: AATGATTGCTGGATGGGATGAGAAG GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGCEST: gi|286718|gb|D15525.1|D15525
genomic: AATGATTGCTGGATGGGATGAGAAGgtgaattcag ... ctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
EST: GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAG GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGCEST: gi|58586566|gb|CF984874.1|CF984874
genomic: GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAGgtgaattcag ... ctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
EST: GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCGGGATGGGATGAGAAG GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGCEST: gi|58592922|gb|CF991230.1|CF991230
genomic: GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAGgtgaattcag ... ctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
EST: GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAG GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGCEST: gi|87030568|gb|CI254997.1|CI254997
genomic: GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAGgtgaattcag ... ctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
EST: GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAG GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGCEST: gi|218499941|gb|FG967251.1|FG967251
genomic: GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAGgtgaattcag ... ctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
EST: GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAG GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCEST: gi|8857457|gb|AU094775.1|AU094775
genomic: GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAGgtgaattcag ... ctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGC
EST: GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAG GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGCEST: gi|87020073|gb|CI277805.1|CI277805
genomic: GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAGgtgaattcag ... ctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
EST: GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAG GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGCEST: gi|22307308|gb|BQ908530.1|BQ908530
genomic: GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAGgtgaattcag ... ctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
EST: TGGGATGGGACTGTCAATTGGTACCAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAG GTTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCCAAGGCTCATGGGAA-EST: gi|88839518|gb|CI005306.1|CI005306
genomic: TGGGATGGGACTGTCAATTGGTA-CAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAGgtgaattcag ... ctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCG-CAAGGCTCATGGGAAG
EST: GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAG GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGCEST: gi|86534366|gb|CI174572.1|CI174572
genomic: GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAGgtgaattcag ... ctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
EST: GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAG GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGCEST: gi|88984991|gb|CI011849.1|CI011849
genomic: GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAGgtgaattcag ... ctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
EST: TGGATGGGATGAGAAG GGTCCTGGCTTGTACTATGNTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGCEST: gi|87030611|gb|CI255040.1|CI255040
genomic: TGGATGGGATGAGAAGgtgaattcag ... ctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
EST: GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAG GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGCEST: gi|87024937|gb|CI261446.1|CI261446
genomic: GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAGgtgaattcag ... ctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
EST: GGGATGAGAAG GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGCEST: gi|88847618|gb|CI018309.1|CI018309
genomic: GGGATGAGAAGgtgaattcag ... ctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
EST: GCTGGATGGGATGAGAAG GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGCEST: gi|33801628|gb|CF326686.1|CF326686
genomic: GCTGGATGGGATGAGAAGgtgaattcag ... ctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
EST: GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAG GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGCEST: gi|3762012|gb|C99260.1|C99260
genomic: GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAGgtgaattcag ... ctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
EST: GTGGGATGGGACTGTC-ANTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAG GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
genomic: GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAGgtgaattcag ... ctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
ttaagtttatgtgctgtgtgctactctatacttaatgtgttctatctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGCCGATTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACG
acttaat putative branch site (score: 132)
ttctatctc putative PPT
tatacttaat TA-rich tract