1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...aaaaaagtttggagggatgtctctccctccaaacctcattttttcttatagctgaaaatttcaatatatgtttacatgtggaattgcaattttgtttcagTGATGAGGATGATGACGACGATGATGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGAAAGAATCAAGAAAGAAAGAGCTGAAGAAAACCTTAGAAAG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os06g01700.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
ttatagctgaaaatttcaatatatgtttacatgtggaattgcaattttgtttcagTGATGAGGATGATGACGACGATGATGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGAAAGAATCAAGAAAGAAAGAGCTGAAGAAAACCTTAGAAAG
ttttgtttc CT-rich tract
aaaatttcaatatatg TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aaaaaagtttggagggatgtctctccctccaaacctcattttttcttatagctgaaaatttcaatatatgtttacatgtggaattgcaattttgtttcagTGATGAGGATGATGACGACGATGATGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGAAAGAATCAAGAAAGAAAGAGCTGAAGAAAACCTTAGAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
aaaaaag
- - - - - - - - - - - - ccctcca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -agctgaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - catgtgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aattgca