Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagcaatatgcttgaacttgttttatccatctgctgggcactaatgtgataggttattcatccaacttcctacatgtacctctggctctgaataacttaatttttgcctttttcttatatagGAGACAATGTCCAAAGAACATGCTATGCGGTTTCCTTTGGTGGGAAGTGCTATGCTTTTGTCCCTCTTCCTTCTATTCAAGTTTCTCTCAAAAGATTTGG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os05g36070.1
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os05g36070.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA04G08510.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
gtaagcaatatgcttgaacttgttttatccatctgctgggcactaatgtgataggttattcatccaacttcctacatg-tacctctggctctgaataacttaatttttgcctttttcttatatagGAGACAATGTCCAAAGAACATGCTATGCGGTTTCCTTTGGTGGGAAGTGCTATGCTTTTGTCCCTCTTCCTTCTATTCAAGTTTCTCTCAAAAGATTTGG
||||| | |   | ||  ||| |  ||| | |              || | |  ||| |||||     |    | ||| |  || ||  ||  | |   || || | |  ||     || |  |||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| || || || ||||| ||| | ||||| |||||| | || ||||||||||| || || || ||||
gtaagtagtgatcctg--cttatcctattctt--------------tgcgctgtgtttttcat--ggttcaagatatgatttctgtgaatcgtattg--ttgatatgttgctaacgattttgcagGAGACAATGTCCAATGAACATGCCATGCGTTTTCCCTTTGTTGGGAGTGCAATGTTATTGTCACTCTTCTTACTCTTCAAGTTTCTATCCAAGGACTTGG

upper sequence: LOC_Os05g36070.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA06G08620.3 (Glycine max), 3'ss of exon 3
gtaagcaatatgcttgaacttgttttatccatctgctgggcactaatgtgataggttattcatccaacttcctacatgtacctctggctctgaataacttaatttttgcctttttcttatatagGAGACAATGTCCAAAGAACATGCTATGCGGTTTCCTTTGGTGGGAAGTGCTATGCTTTTGTCCCTCTTCCTTCTATTCAAGTTTCTCTCAAAAGATTTGG
||||| | |     |   ||| |  ||| | |              |||  |  ||| ||| |          | |||     |  |    |  |   || || | |  ||  |  || |  |||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| || || || ||||| ||| | ||||| || ||| | || ||||||||| | || || || ||||
gtaagtagtgattctctgcttatcctattctt--------------tgtattgtgtttttcgt--ggtccaagatatgatttccgtgaatcgtgttg-ttgatgtgttgctaatggttttgcagGAGACAATGTCCAATGAACATGCCATGCGTTTTCCCTTTGTTGGGAGTGCAATGTTATTGTCACTTTTCTTACTCTTCAAGTTTTTATCTAAGGACTTGG

upper sequence: LOC_Os05g36070.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
lower sequence: AT2G03120.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
gtaagcaatatgcttgaacttgttttatccatctgctgggcactaatgtgat-aggttattcatccaacttcct-acatgtacctctggctctgaa-taacttaatt-tttgcctttttcttatatagGAGACAATGTCCAAAGAACATGCTATGCGGTTTCCTTTGGTGGGAAGTGCTATGCTTTTGTCCCTCTTCCTTCTATTCAAGTTTCTCTCAAAAGATTTGG
                                  |   | ||   | |  || || || ||  |     ||  | | |      ||    |  ||  ||| ||  || ||||  ||    |  | |||||||| ||||| ||||||||||| ||||| || || ||||| || |||||||||||| | || || ||| |  | ||||||||||||||||| || ||||
----------------------------------gtaagacaaagacgcaatcagattgtttttttttattagtgaaacaattttccaaattcgatctaaattgtttctttggtttgaaatggtgtagGAGACGATGTCAAAAGAACATGCCATGCGTTTCCCATTGGTTGGGAGTGCTATGCTTCTCTCACTTTTCTTATTGTTCAAGTTTCTCTCAAAGGACTTGG

upper sequence: LOC_Os05g36070.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv06s0009g03520.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
gtaagcaatatgcttgaacttgttttatccatctgctgggcactaatgtgataggttattcatccaacttcctacatgtacctctggctctgaataacttaatttttgcctttttctt-atatagGAGACAATGTCCAAAGAACATGCTATGCGGTTTCCTTTGGTGGGAAGTGCTATGCTTTTGTCCCTCTTCCTTCTATTCAAGTTTCTCTCAAAAGATTTGG
                     ||   | | ||  ||   |  |     |      || |  || | |  |  | ||||   ||      |    |  |  ||||||    | ||  || ||  ||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| || || ||||| ||||| || || || |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||
---------------------gtaagaacaattagccaagttcctgcctttcttatt-tctatgccatatttttcatgattctggaaagcc---tgtccgaattttgatatgttcattcatgcagGAGACAATGTCTAATGAACATGCTATGCGCTTTCCTTTTGTTGGGAGTGCAATGCTGTTATCACTATTCCTTCTCTTCAAGTTTCTATCAAAAGACTTGG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58679783|gb|CK068470.1|CK068470
EST:     TTGCCGTCTATGTGGGCTGTTACCGTTCTGTTAAGCCAACTCCACCCGCT                         GAGACAATGTCCAAAGAACATGCTATGCGGTTTCCTTTGGTGGGAAGTGCT
genomic: TTGCCGTCTATGTGGGCTGTTACCGTTCTGTTAAGCCAACTCCACCCGCTgtaagcaata ... tcttatatagGAGACAATGTCCAAAGAACATGCTATGCGGTTTCCTTTGGTGGGAAGTGCT
EST: gi|29623970|gb|CB628981.1|CB628981
EST:     TTGCCGTCTATGTGGGCTGTTACCGTTCTGTTAAGCCAACTCCACCCGCT                         GAGACAATGTCCAAAGAACATGCTATGCGGTTTCCTTTGGTGGGAAGTGCT
genomic: TTGCCGTCTATGTGGGCTGTTACCGTTCTGTTAAGCCAACTCCACCCGCTgtaagcaata ... tcttatatagGAGACAATGTCCAAAGAACATGCTATGCGGTTTCCTTTGGTGGGAAGTGCT
EST: gi|29623040|gb|CB628051.1|CB628051
EST:     TTGCCGTCTATGTGGGCTGTTACCGTTCTGTTAAGCCAACTCCACCCGCT                         GAGACAATGTCCAAAGAACATGCTATGCGGTTTCCTTTGGTGGGAAGTGCT
genomic: TTGCCGTCTATGTGGGCTGTTACCGTTCTGTTAAGCCAACTCCACCCGCTgtaagcaata ... tcttatatagGAGACAATGTCCAAAGAACATGCTATGCGGTTTCCTTTGGTGGGAAGTGCT
EST: gi|29623889|gb|CB628900.1|CB628900
EST:     TTGCCGTCTATGTGGGCTGTTACCGTTCTGTTAAGCCAACTCCACCCGCT                         GAGACAATGTCCAAAGAACATGCTATGCGGTTTCCTTTGGTGGGAAGTGCT
genomic: TTGCCGTCTATGTGGGCTGTTACCGTTCTGTTAAGCCAACTCCACCCGCTgtaagcaata ... tcttatatagGAGACAATGTCCAAAGAACATGCTATGCGGTTTCCTTTGGTGGGAAGTGCT
EST: gi|319908628|gb|HS977756.1|HS977756
EST:     TTGCCGTCTATGTGGGCTGTTACCGTTCTGTTAAGCCAACTCCACCCGCT                         GAGACAATGTCCAAAGAACATGCTATGCGGTTCCCTTTGGTGGGAAGTGCT
genomic: TTGCCGTCTATGTGGGCTGTTACCGTTCTGTTAAGCCAACTCCACCCGCTgtaagcaata ... tcttatatagGAGACAATGTCCAAAGAACATGCTATGCGGTTTCCTTTGGTGGGAAGTGCT
EST: gi|58656513|gb|CK045193.1|CK045193
EST:     TTGCCGTCTATGTGGGCTGTTACCGTTCTGTTAAGCCAACTCCACCCGCT                         GAGACAATGTCCAAAGAACATGCTATGCGGTTTCCTTTGGTGGGAAGTGCT
genomic: TTGCCGTCTATGTGGGCTGTTACCGTTCTGTTAAGCCAACTCCACCCGCTgtaagcaata ... tcttatatagGAGACAATGTCCAAAGAACATGCTATGCGGTTTCCTTTGGTGGGAAGTGCT
EST: gi|29623038|gb|CB628049.1|CB628049
EST:     TTGCCGTCTATGTGGGCTGTTACCGTTCTGTTAAGCCAACTCCACCCGCT                         GAGACAATGTCCAAAGAACATGCTATGCGGTTTCCTTTGGTGGGAAGTGCT
genomic: TTGCCGTCTATGTGGGCTGTTACCGTTCTGTTAAGCCAACTCCACCCGCTgtaagcaata ... tcttatatagGAGACAATGTCCAAAGAACATGCTATGCGGTTTCCTTTGGTGGGAAGTGCT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcctacatgtacctctggctctgaataacttaatttttgcctttttcttatatagGAGACAATGTCCAAAGAACATGCTATGCGGTTTCCTTTGGTGGGAAGTGCTATGCTTTTGTCCCTCTTCCTTCTATTCAAGTTTCTCTCAAAAGATTTGG
                            cttaatttttgccttt  CT-rich tract
                     tgaataacttaatttt  TA-rich tract