1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
gtattgtgctgttctgaccttttcaacttgttcttagtctactttgagccttaatgattctattttcatttgacagTGATATGGGATGTCATATTGATGGTTTTATTGCCGTGGTGGCTCATACACATGTTATCCATGATGGAGCAGTCACTGGGAAAGCAGCAGATGTTCTTGCT
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os05g28280.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CCGCTAGCCACTGATGAGGCAGTCCTGGAGGAAAATGATATGGTCAAAAT TGATATGGGATGTCATATTGATGGTTTTATTGCCGTGGTGGCTCATACACAEST: gi|58597052|gb|CK007580.1|CK007580
genomic: CCGCTAGCCACTGATGAGGCAGTCCTGGAGGAAAATGATATGGTCAAAATgtattgtgct ... catttgacagTGATATGGGATGTCATATTGATGGTTTTATTGCCGTGGTGGCTCATACACA
EST: CCGCTAGCCACTGATGAGGCAGTCCTGGAGGAAAATGATATGGTCAAAAT TGATATGGGATGTCATATTGATGGTTTTATTGCCGTGGTGGCTCATACACAEST: gi|58694139|gb|CK082826.1|CK082826
genomic: CCGCTAGCCACTGATGAGGCAGTCCTGGAGGAAAATGATATGGTCAAAATgtattgtgct ... catttgacagTGATATGGGATGTCATATTGATGGTTTTATTGCCGTGGTGGCTCATACACA
EST: CCGCTAGCCACTGATGAGGCAGTCCTGGAGGAAAATGATATGGTCAAAAT TGATATGGGATGTCATATTGATGGTTTTATTGCCGTGGTGGCTCATACACAEST: gi|58652702|gb|CK041382.1|CK041382
genomic: CCGCTAGCCACTGATGAGGCAGTCCTGGAGGAAAATGATATGGTCAAAATgtattgtgct ... catttgacagTGATATGGGATGTCATATTGATGGTTTTATTGCCGTGGTGGCTCATACACA
EST: CCGCTAGCCACTGATGAGGCAGTCCTGGAGGAAAATGATATGGTCAAAAT TGATATGGGATGTCATATTGATGGTTTTATTGCCGTGGTGGCTCATACACAEST: gi|58684011|gb|CK072698.1|CK072698
genomic: CCGCTAGCCACTGATGAGGCAGTCCTGGAGGAAAATGATATGGTCAAAATgtattgtgct ... catttgacagTGATATGGGATGTCATATTGATGGTTTTATTGCCGTGGTGGCTCATACACA
EST: CCGCTAGCCACTGATGAGGCAGTCCTGGAGGAAAATGATATGGTCAAAAT TGATATGGGATGTCATATTGATGGTTTTATTGCCGTGGTGGCTCATACACAEST: gi|58678661|gb|CK067348.1|CK067348
genomic: CCGCTAGCCACTGATGAGGCAGTCCTGGAGGAAAATGATATGGTCAAAATgtattgtgct ... catttgacagTGATATGGGATGTCATATTGATGGTTTTATTGCCGTGGTGGCTCATACACA
EST: CCGCTAGCCACTGATGAGGCAGTCCTGGAGGAAAATGATATGGTCAAAAT TGATATGGGATGTCATATTGATGGTTTTATTGCCGTGGTGGCTCATACACAEST: gi|58605226|gb|CK033259.1|CK033259
genomic: CCGCTAGCCACTGATGAGGCAGTCCTGGAGGAAAATGATATGGTCAAAATgtattgtgct ... catttgacagTGATATGGGATGTCATATTGATGGTTTTATTGCCGTGGTGGCTCATACACA
EST: CCGCTAGCCACTGATGAGGCAGTCCTGGAGGAAAATGATATGGTCAAAAT TGATATGGGATGTCATATTGATGGTTTTATTGCCGTGGTGGCTCATACACAEST: gi|88721086|gb|CI744385.1|CI744385
genomic: CCGCTAGCCACTGATGAGGCAGTCCTGGAGGAAAATGATATGGTCAAAATgtattgtgct ... catttgacagTGATATGGGATGTCATATTGATGGTTTTATTGCCGTGGTGGCTCATACACA
EST: CGCTAGCCACTGATGAGGCAGTCCCTGGAGGAAAATGATATGGTCAAAAT TGATATGGGATGTCATATTGATGGTTTTATTGCCGTGGTGGCTCATACACAEST: gi|58686553|gb|CK075240.1|CK075240
genomic: CGCTAGCCACTGATGAGGCAGT-CCTGGAGGAAAATGATATGGTCAAAATgtattgtgct ... catttgacagTGATATGGGATGTCATATTGATGGTTTTATTGCCGTGGTGGCTCATACACA
EST: CCGCTAGCCACTGATGAGGCAGTCCTGGAGGAAAATGATATGGTCAAAAT TGATATGGGATGTCATATTGATGGTTTTATTGCCGTGGTGGCTCATACACA
genomic: CCGCTAGCCACTGATGAGGCAGTCCTGGAGGAAAATGATATGGTCAAAATgtattgtgct ... catttgacagTGATATGGGATGTCATATTGATGGTTTTATTGCCGTGGTGGCTCATACACA
ttcaacttgttcttagtctactttgagccttaatgattctattttcatttgacagTGATATGGGATGTCATATTGATGGTTTTATTGCCGTGGTGGCTCATACACATGTTATCCATGATGGAGCAGTCACTGGGAAAGCAGCAGATGTTCTTGCT
ccttaat putative branch site (score: 60)
ttctattttcattt putative PPT
ttaatgattctatttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtattgtgctgttctgaccttttcaacttgttcttagtctactttgagccttaatgattctattttcatttgacagTGATATGGGATGTCATATTGATGGTTTTATTGCCGTGGTGGCTCATACACATGTTATCCATGATGGAGCAGTCACTGGGAAAGCAGCAGATGTTCTTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG