Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ccacagctatgtactttcatttatcacaatgtcaaccacttttgagtttgcagttcttgtgtcctcttttaatccagttttatggtttcctttgacatagGGTGTAATGATTACACATGGAAATATGGTGGCCACAACTGCAGCTGTCATGACAATCATACCAAAACTTGGCACAGGGGATGTTTATCTGGCATACCTTC

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os05g25310.1
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os05g25310.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G339336_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
ccacagctatgtactttcatttatcacaatgtcaaccacttttgagtttgcagttctt----gtgtcctcttttaatccagttttatggtttcctttgacatagGGTGTAATGATTACACATGGAAATATGGTGGCCACAACTGCAGCTGTCATGACAATCATACCAAAACTTGGCACAGGGGATGTTTATCTGGCATACCTTC
    |  |  |   |||  ||| |  | |||      | |  |||  |    ||| |     ||||  || | |  |  | ||| ||  ||   || ||  |||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||  | ||||| |||||||     |||||||||||||| || ||||
----atgttaggggtttagtttcttcctatgatttttattgctgaaatcattgttttactaggtgtgttcctctcctgtaatttaattattcatttcgatgtagGGTGTAATGATCACACATGGCAACATGGTGGCCACAACTGCAGCAGTCATGACAATAGTCCCAAACCTTGGCATGAATGATGTTTATCTGGCTTATCTTC

upper sequence: LOC_Os05g25310.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G079236_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 5
ccacagctatgtactttcatttatcacaatgtcaaccacttttgagtttgcagttcttgtgtcctcttttaatccagttttatggtttcctttgacatagGGTGTAATGATTACACATGGAAATATGGTGGCCACAACTGCAGCTGTCATGACAATCATACCAAAACTTGGCACAGGGGATGTTTATCTGGCATACCTTC
     |||  ||   ||| |         |  |    |   |||| ||   || | || |   ||| | ||||  |||    |||||   |||||  |||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||  | |||||||||||||     |||||||||||||| |||||||
taggggcttagtttcttcttaagatttttttgctgaaatcattgatttactaggtgtttttgtctcctgtaatttagtcaggtggttcattttgatgtagGGTGTAATGATCACACATGGCAACATGGTGGCCACAACTGCAGCAGTCATGACAATAGTCCCAAAACTTGGCATGAATGATGTTTATCTGGCTTACCTTC
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|8857693|gb|AU095011.1|AU095011
EST:     CTGATACTGCAGTTATTATGTATACAAGTGGAAGTACGGGTCTTCCCAAG                         GGTGTAATGATTACACATGGAAATATGGTGGCCACAACTGCAGCTGTCATG
genomic: CTGATACTGCAGTTATTATGTATACAAGTGGAAGTACGGGTCTTCCCAAGgtacacttgt ... tttgacatagGGTGTAATGATTACACATGGAAATATGGTGGCCACAACTGCAGCTGTCATG
EST: gi|88474061|gb|CI411332.1|CI411332
EST:     CTGATACTGCAGTTATTATGTATACAAGTGGAAGTACGGGTCTTCCCAAG                         GGTGTAATGATTACACATGGAAATATGGTGGCCACAACTGCAGCTGTCATG
genomic: CTGATACTGCAGTTATTATGTATACAAGTGGAAGTACGGGTCTTCCCAAGgtacacttgt ... tttgacatagGGTGTAATGATTACACATGGAAATATGGTGGCCACAACTGCAGCTGTCATG
EST: gi|3763367|gb|AU030119.1|AU030119
EST:     CTGATACTGCAGTTATTATGTATACAAGTGGANGTACGGGTCTTCCCAAG                         GGTGTAATGATTACACATGGAAATATGGTGGCCACAACTGCAGCTGTCATG
genomic: CTGATACTGCAGTTATTATGTATACAAGTGGAAGTACGGGTCTTCCCAAGgtacacttgt ... tttgacatagGGTGTAATGATTACACATGGAAATATGGTGGCCACAACTGCAGCTGTCATG
EST: gi|33794084|gb|CF322932.1|CF322932
EST:     CTGATACTGCAGTTATTATGTATACAAGTGGAAGTACGGGTCTTCCCAAG                         GGTGTAATGATTACACATGGAAATATGGTGGCCACAACTGCAGCTGTCATG
genomic: CTGATACTGCAGTTATTATGTATACAAGTGGAAGTACGGGTCTTCCCAAGgtacacttgt ... tttgacatagGGTGTAATGATTACACATGGAAATATGGTGGCCACAACTGCAGCTGTCATG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtttgcagttcttgtgtcctcttttaatccagttttatggtttcctttgacatagGGTGTAATGATTACACATGGAAATATGGTGGCCACAACTGCAGCTGTCATGACAATCATACCAAAACTTGGCACAGGGGATGTTTATCTGGCATACCTTC
                                        tttccttt  CT-rich tract
                   tcttttaat  TA-rich tract