Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...acatctgaactatccacctgtaatgttgctgtaatgagtagtcagttcttgttatcattattccagctatataagtcacaagaaatctttgttgtgttagGTGGTTATCGGAGGTGGTCAAGATGCGATGAATGTGACTATGACAGATCGTCGAGCGGGAAAATTTGAAGCGAAATTCTTTCACAAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os05g16660.3
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os05g16660.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G028834_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 4
acatctgaactatccacctgtaatgttgctgtaatg-agtagtcagtt-cttgttatcattattccagctatataagtcacaagaaatctttgttgtgt-tagGTGGTTATCGGAGGTGGTCAAGATGCGATGAATGTGACTATGACAGATCGTCGAGCGGGAAAATTTGAAGCGAAATTCTTTCACAAG
   ||   |   || |  | | |  |   || | ||  ||  |    | | | | ||  | |  |||    |   | |||   |     |||  ||| | ||||||||| | ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || || || ||||| || || ||||||| |||||||
--ttcatcatgttcgatattttagataaatgcattgcggttatggcctacatatgatgctgagcccaatggtgcca-tcatgtgtcccattttctgtttgtagGTGGTTCTAGGAGGTGGTCAGGATGCAATGAATGTGACTATGACAGATCGCCGTGCTGGTAAATTCGAGGCTAAATTCTATCACAAG

upper sequence: LOC_Os05g16660.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G143330_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
acatctgaactatccacctgtaatgttgctgtaatgagtagtcagttcttgt--tatcattattccagctatataagtcacaagaaatct--ttgttgtgttagGTGGTTATCGGAGGTGGTCAAGATGCGATGAATGTGACTATGACAGATCGTCGAGCGGGAAAATTTGAAGCGAAATTCTTTCACAAG
   |      || |     |   |   |    |||  |  |      |  ||  || ||| ||    | |  ||   ||  ||||  | |  || |  | |||||||||| | ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || || || || || |||||||| || |||||||  ||||||
---ttgtggttaccgttacgctttacggtctaaatatgatgctgagcccagtggtaccatcatctgtgttccattt-tcctaagatttttgtttctgtttttagGTGGTTCTAGGAGGTGGTCAGGATGCAATGAATGTGACTATGACTGACCGCCGTGCTGGTAAATTTGAGGCTAAATTCTACCACAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|25797590|gb|CA753551.1|CA753551
EST:     TCACCGAGCGACCGGTTAATGCTGTTGACATTTCTCCTCTGCTAGACCAT                         GTGGTTATCGGAGGTGGTCAAGATGCGATGAATGTGACTATGACAGATCGT
genomic: TCACCGAGCGACCTGTTAATGCTGTTGACATTTCTCCTCTTCTAGACCATgtatgtgcct ... gttgtgttagGTGGTTATCGGAGGTGGTCAAGATGCGATGAATGTGACTATGACAGATCGT
EST: gi|66924182|gb|CX111030.1|CX111030
EST:     TCACCGAGCGACCTGTTAATGCTGTTGACATTTCTTCTCTTCTAGACCAT                         GTGGTTATCGGAGGTGGGCAAGATGCGATGAATGTGACTATGACAGATCGT
genomic: TCACCGAGCGACCTGTTAATGCTGTTGACATTTCTCCTCTTCTAGACCATgtatgtgcct ... gttgtgttagGTGGTTATCGGAGGTGGTCAAGATGCGATGAATGTGACTATGACAGATCGT
EST: gi|88267414|gb|CI379349.1|CI379349
EST:     TCACCGAGCGACCTGTTAATGCTGTTGACATTTCTCCTCTTCTAGACCAT                         GTGGTTATCGGAGGTGGTCAAGATGCGATGAATGTGACTATG
genomic: TCACCGAGCGACCTGTTAATGCTGTTGACATTTCTCCTCTTCTAGACCATgtatgtgcct ... gttgtgttagGTGGTTATCGGAGGTGGTCAAGATGCGATGAATGTGACTATG
EST: gi|88688380|gb|CI731956.1|CI731956
EST:     TCACCGAGCGACCTGTTAATGCTGTTGACATTTCTCCTCTTCTAGACCAT                         GTGGTTATCGGAGGTG
genomic: TCACCGAGCGACCTGTTAATGCTGTTGACATTTCTCCTCTTCTAGACCATgtatgtgcct ... gttgtgttagGTGGTTATCGGAGGTG
EST: gi|88688391|gb|CI731967.1|CI731967
EST:     TCACCGAGCGACCTGTTAATGCTGTTGACATTTCTCCTCTTCTAGACCAT                         GTGGTTATCGGAGGT
genomic: TCACCGAGCGACCTGTTAATGCTGTTGACATTTCTCCTCTTCTAGACCATgtatgtgcct ... gttgtgttagGTGGTTATCGGAGGT
EST: gi|88688679|gb|CI732255.1|CI732255
EST:     TCACCGAGCGACCTGTTAATGCTGTTGACATTTCTCCTCTTCTAGACCAT                         GTGGTTATCGGAGGTGGTCAAGATGCGATGAATG
genomic: TCACCGAGCGACCTGTTAATGCTGTTGACATTTCTCCTCTTCTAGACCATgtatgtgcct ... gttgtgttagGTGGTTATCGGAGGTGGTCAAGATGCGATGAATG
EST: gi|88690961|gb|CI735040.1|CI735040
EST:     TCACCGAGCGACCTGTTAATGCTGTTGACATTTCTCCTCTTCTAGACCAT                         GTGGTTATCGGAGGTGGTCAAGATGCGATGAATGTGACTATG
genomic: TCACCGAGCGACCTGTTAATGCTGTTGACATTTCTCCTCTTCTAGACCATgtatgtgcct ... gttgtgttagGTGGTTATCGGAGGTGGTCAAGATGCGATGAATGTGACTATG
EST: gi|88690662|gb|CI734741.1|CI734741
EST:     TCACCGAGCGACCTGTTAATGCTGTTGACATTTCTCCTCTTCTAGACCAT                         GTGGTTATCGGAGGTGGTCAAGATGCGATGAATGTGACTATGACAGATCG
genomic: TCACCGAGCGACCTGTTAATGCTGTTGACATTTCTCCTCTTCTAGACCATgtatgtgcct ... gttgtgttagGTGGTTATCGGAGGTGGTCAAGATGCGATGAATGTGACTATGACAGATCG
EST: gi|88691102|gb|CI735181.1|CI735181
EST:     TCACCGAGCGAACTGTTAATGCTGTTGACATTTCTCCTCTTCTAGACCAT                         GTGGTTATCGGAGGTGGTCAAGATGCGATGAATGTGACTATGACAGATCGT
genomic: TCACCGAGCGACCTGTTAATGCTGTTGACATTTCTCCTCTTCTAGACCATgtatgtgcct ... gttgtgttagGTGGTTATCGGAGGTGGTCAAGATGCGATGAATGTGACTATGACAGATCGT
EST: gi|55411136|gb|CV723512.1|CV723512
EST:     TCACCGAGCGACCTGTTAATGCTGTTGACATTTCTCCTCTTCTAGACCAT                         GTGGTTATCGGAGGTGGTCAAGATGCGATGAATGTGACTATGACAGATCGT
genomic: TCACCGAGCGACCTGTTAATGCTGTTGACATTTCTCCTCTTCTAGACCATgtatgtgcct ... gttgtgttagGTGGTTATCGGAGGTGGTCAAGATGCGATGAATGTGACTATGACAGATCGT
EST: gi|88691159|gb|CI735238.1|CI735238
EST:     TCACCGAGCGACCTGTTAATGCTGTTGACATTTCTCCTCTTCTAGACCAT                         GTGGTTATCGGAGGTGGTCAAGATGCGATGAATGTGACTATGACAGATCGT
genomic: TCACCGAGCGACCTGTTAATGCTGTTGACATTTCTCCTCTTCTAGACCATgtatgtgcct ... gttgtgttagGTGGTTATCGGAGGTGGTCAAGATGCGATGAATGTGACTATGACAGATCGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttcttgttatcattattccagctatataagtcacaagaaatctttgttgtgttagGTGGTTATCGGAGGTGGTCAAGATGCGATGAATGTGACTATGACAGATCGTCGAGCGGGAAAATTTGAAGCGAAATTCTTTCACAAG
                                        tctttgtt  CT-rich tract
      ttatcattatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
acatctgaactatccacctgtaatgttgctgtaatgagtagtcagttcttgttatcattattccagctatataagtcacaagaaatctttgttgtgttagGTGGTTATCGGAGGTGGTCAAGATGCGATGAATGTGACTATGACAGATCGTCGAGCGGGAAAATTTGAAGCGAAATTCTTTCACAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGC