1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...aacttagaaatgaccaatggaatcatgttttcctttgacatgatgatctaattttgctttatctgtttatatttatgccagtctctttgaattttgtcagGATGATGGCATCAGTGATGAATGCAGTACTGCTCCAAGCGTCACTAGAAAAGATAGGTGTGGAGACACGAGTCCAAACTGCACTGATGATGCAAGAAGTT
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os04g33300.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ACTTGGGTTTCTGCAACGGGCACTGATAGAGCTTCAACATACTCAATCGG GATGATGGCATCAGTGATGAATGCAGTACTGCTCCAAGCGTCACTAGAAAAEST: gi|218492483|gb|FG960107.1|FG960107
genomic: ACTTGGGTTTCTGCAACGGGCACTGATAGAGCTTCAACATACTCAATCGGgtaacttcct ... attttgtcagGATGATGGCATCAGTGATGAATGCAGTACTGCTCCAAGCGTCACTAGAAAA
EST: ACTTGGGTTTCTGCAACGGGCACTGATAGAGCTTCAACATACTCAATCGG GATGATGGCATCAGTGATGAATGCAGTACTGCTCCAAGCGTCACTAGAAAAEST: gi|29665813|gb|CB662088.1|CB662088
genomic: ACTTGGGTTTCTGCAACGGGCACTGATAGAGCTTCAACATACTCAATCGGgtaacttcct ... attttgtcagGATGATGGCATCAGTGATGAATGCAGTACTGCTCCAAGCGTCACTAGAAAA
EST: ACTTGGGTTTCTGCAACGGGCACTGATAGAGCTTCAACATACTCAATCGG GATGATGGCATCAGTGATGAATGCAGTACTGCTCCAAGCGTCACTAGAAAA
genomic: ACTTGGGTTTCTGCAACGGGCACTGATAGAGCTTCAACATACTCAATCGGgtaacttcct ... attttgtcagGATGATGGCATCAGTGATGAATGCAGTACTGCTCCAAGCGTCACTAGAAAA
atctaattttgctttatctgtttatatttatgccagtctctttgaattttgtcagGATGATGGCATCAGTGATGAATGCAGTACTGCTCCAAGCGTCACTAGAAAAGATAGGTGTGGAGACACGAGTCCAAACTGCACTGATGATGCAAGAAGTT
atctaat putative branch site (score: 26)
ttttgtc putative PPT
tttatctgtttatatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aacttagaaatgaccaatggaatcatgttttcctttgacatgatgatctaattttgctttatctgtttatatttatgccagtctctttgaattttgtcagGATGATGGCATCAGTGATGAATGCAGTACTGCTCCAAGCGTCACTAGAAAAGATAGGTGTGGAGACACGAGTCCAAACTGCACTGATGATGCAAGAAGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT
- - -agaaatga
- - - - - - - - - - -atcatgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - catgatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tctgttt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - atgccag