1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
gtcggtgctgttccccctttgcctctctttttttctctctagccacaaatggaagttaaacaatgggaggtttacagGAGGAATGATACAGCTCAACCACGGAAGGCCTCAGCCACTTCAGTATGTTGTCAATGCGGCTTTCCTTGCCTCTCTATACAGCGATTACCTGGATGCTGC
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os03g52630.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGTTATGTGCTCGTATCTGCCGATGTACAATTCATTCAACTTTACCAAAG GAGGAATGATACAGCTCAACCACGGAAGGCCTCAGCCACTTCAGTATGTTGEST: gi|27576324|gb|CA999018.1|CA999018
genomic: TGTTATGTGCTCGTATCTGCCGATGTACAATTCATTCAACTTTACCAAAGgtcggtgctg ... aggtttacagGAGGAATGATACAGCTCAACCACGGAAGGCCTCAGCCACTTCAGTATGTTG
EST: TGTTATGTGCTCGTATCTGCCGATGTACAATTCATTCAACTTTACCAAAG GAGGAATGATACAGCTCAACCACGGAAGGCCTCAGCCACTTCAGTATGTTGEST: gi|29639818|gb|CB644827.1|CB644827
genomic: TGTTATGTGCTCGTATCTGCCGATGTACAATTCATTCAACTTTACCAAAGgtcggtgctg ... aggtttacagGAGGAATGATACAGCTCAACCACGGAAGGCCTCAGCCACTTCAGTATGTTG
EST: TGTTATGTGCTCGTATCTGCCGATGTACAATTCATTCAACTTTACCAAAG GAGGAATGATACAGCTCAACCACGGAAGGCCTCAGCCACTTCAGTATGTTGEST: gi|58663082|gb|CK051768.1|CK051768
genomic: TGTTATGTGCTCGTATCTGCCGATGTACAATTCATTCAACTTTACCAAAGgtcggtgctg ... aggtttacagGAGGAATGATACAGCTCAACCACGGAAGGCCTCAGCCACTTCAGTATGTTG
EST: TGTTATGTGCTCGTATCTGCCGATGTACAATTCATTCAACTTTACCAAAG GAGGAATGATACAGCTCAACCACGGAAGGCCTCAGCCACTTCAGTATGTTGEST: gi|396941140|gb|HO188349.1|HO188349
genomic: TGTTATGTGCTCGTATCTGCCGATGTACAATTCATTCAACTTTACCAAAGgtcggtgctg ... aggtttacagGAGGAATGATACAGCTCAACCACGGAAGGCCTCAGCCACTTCAGTATGTTG
EST: TGTTATGTGCTCGTATCTGCCGATGTACAATTCATTCAACTTTACCAAAG GAGGAATGATACAGCTCAACCACGGAAGGCCTCAGCCACTTCAGTATGTTGEST: gi|7593822|gb|AU066038.2|AU066038
genomic: TGTTATGTGCTCGTATCTGCCGATGTACAATTCATTCAACTTTACCAAAGgtcggtgctg ... aggtttacagGAGGAATGATACAGCTCAACCACGGAAGGCCTCAGCCACTTCAGTATGTTG
EST: TGTTATGTGCTCGTATCTGCCGATGTACAATTCATTCAACTTTACCAAAG GAGGAATGATACAGCTCAACCACGGAAGGCCTCAGCCACTTCAGTATGTTG
genomic: TGTTATGTGCTCGTATCTGCCGATGTACAATTCATTCAACTTTACCAAAGgtcggtgctg ... aggtttacagGAGGAATGATACAGCTCAACCACGGAAGGCCTCAGCCACTTCAGTATGTTG
ctctctttttttctctctagccacaaatggaagttaaacaatgggaggtttacagGAGGAATGATACAGCTCAACCACGGAAGGCCTCAGCCACTTCAGTATGTTGTCAATGCGGCTTTCCTTGCCTCTCTATACAGCGATTACCTGGATGCTGC
tttttttct TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtcggtgctgttccccctttgcctctctttttttctctctagccacaaatggaagttaaacaatgggaggtttacagGAGGAATGATACAGCTCAACCACGGAAGGCCTCAGCCACTTCAGTATGTTGTCAATGCGGCTTTCCTTGCCTCTCTATACAGCGATTACCTGGATGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC