1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...atgcatgcagccattcacatttttggtgttatattttgctctcttgtcctgttaatggtgccttttctgcacatatttaattatctatttcatggaacagCCAAGAGTTGAAGCTGCTATGGTTAATGCAAGAATCCGGAAGACTGTTAGAGCGACACAAGCTAAGGTTGCTTATATTGGACCTCCAACTGACTTCAACT
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os03g50540.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GCATTGGTGGGCTTGAGAAAGCTGATGTCTTCCTTTTGGTTGGTACACAG CCAAGAGTTGAAGCTGCTATGGTTAATGCAAGAATCCGGAAGACTGTTAGAEST: gi|33675255|gb|CF303494.1|CF303494
genomic: GCATTGCTGGGCTTGAGAAAGCTGATGTCTTCCTTTTGGTTGGTACACAGgtaaaatctt ... catggaacagCCAAGAGTTGAAGCTGCTATGGTTAATGCAAGAATCCGGAAGACTGTTAGA
EST: GCATTGCTGGGCTTGAGAAAGCTGATGTCTTCCTTTTGGTTGGTACACAG CCAAGAGTTGAAGCTGCTATGGTTAATGCAAGAATCCGGAAGACTGTTAGAEST: gi|58612327|gb|CK040039.1|CK040039
genomic: GCATTGCTGGGCTTGAGAAAGCTGATGTCTTCCTTTTGGTTGGTACACAGgtaaaatctt ... catggaacagCCAAGAGTTGAAGCTGCTATGGTTAATGCAAGAATCCGGAAGACTGTTAGA
EST: GCATTGCTGGGCTTGAGAAAGCTGATGTCTTCCTTTAGGTTGGTACACAG CCAAGAGTTGAAGCTGCTATGGTTAATGCAAGAATCCGGAAGACTGTTAGAEST: gi|58682157|gb|CK070844.1|CK070844
genomic: GCATTGCTGGGCTTGAGAAAGCTGATGTCTTCCTTTTGGTTGGTACACAGgtaaaatctt ... catggaacagCCAAGAGTTGAAGCTGCTATGGTTAATGCAAGAATCCGGAAGACTGTTAGA
EST: GCATTGCTGGGCTTGAGAAAGCTGATGTCTTCCTTTTGGTTGGTACACAG CCAAGAGTTGAAGCTGCTATGGTTAATGCAAGAATCCGGAAGACTGTTAGA
genomic: GCATTGCTGGGCTTGAGAAAGCTGATGTCTTCCTTTTGGTTGGTACACAGgtaaaatctt ... catggaacagCCAAGAGTTGAAGCTGCTATGGTTAATGCAAGAATCCGGAAGACTGTTAGA
gtcctgttaatggtgccttttctgcacatatttaattatctatttcatggaacagCCAAGAGTTGAAGCTGCTATGGTTAATGCAAGAATCCGGAAGACTGTTAGAGCGACACAAGCTAAGGTTGCTTATATTGGACCTCCAACTGACTTCAACT
tctatttc CT-rich tract
acatatttaattatct TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| atgcatgcagccattcacatttttggtgttatattttgctctcttgtcctgttaatggtgccttttctgcacatatttaattatctatttcatggaacagCCAAGAGTTGAAGCTGCTATGGTTAATGCAAGAATCCGGAAGACTGTTAGAGCGACACAAGCTAAGGTTGCTTATATTGGACCTCCAACTGACTTCAACT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
-tgcatgc
- - - - - -cattcac
- - - - - - - - - - - -tggtgtt
- - - - - - - - - - - - - - - - -ttttgct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tggtgcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tttctgc