1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
gtgaaattttaagagtttgatcaaatgcaaggagtagcttatcgcaatgaacttaactgtgtatgcttttcattctgggaaattgtagCTATCAAATGCTGGAGGGAGGCTAATAATTGCATCAGATGGAATTTGGGATGCACTGTCCTCAGAAGCTGCTGCTCAGGCATGCCGAGGATTGCCTGCAG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os03g18970.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GACGTTGGGGAAGT-CATTGTGCCAATTCCACATGTCAAGGCAAGTGAAG CTATCAAATGCTTGGAGGGAGGCTAATAATTGCATCAGATGGAAATTGGGAEST: gi|58593181|gb|CF991489.1|CF991489
genomic: GACGTTGGGGA-GTTCATTGTGCCAATTCCACATGTCAAG-CAAGTGAAGgtgaaatttt ... gaaattgtagCTATCAAATGCT-GGAGGGAGGCTAATAATTGCATCAGATGGAATTTGGGA
EST: GGGGAGTTCATTGTGCCAATTCCACATGTCAAGCAAGTGAAG CTATCAAATGCTGGAGGGAGGCTAATAATTGCATCAGATGGAATATGGGAT
genomic: GGGGAGTTCATTGTGCCAATTCCACATGTCAAGCAAGTGAAGgtgaaatttt ... gaaattgtagCTATCAAATGCTGGAGGGAGGCTAATAATTGCATCAGATGGAATTTGGGAT
gtagcttatcgcaatgaacttaactgtgtatgcttttcattctgggaaattgtagCTATCAAATGCTGGAGGGAGGCTAATAATTGCATCAGATGGAATTTGGGATGCACTGTCCTCAGAAGCTGCTGCTCAGGCATGCCGAGGATTGCCTGCAG
acttaac putative branch site (score: 10)
ttttcatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtgaaattttaagagtttgatcaaatgcaaggagtagcttatcgcaatgaacttaactgtgtatgcttttcattctgggaaattgtagCTATCAAATGCTGGAGGGAGGCTAATAATTGCATCAGATGGAATTTGGGATGCACTGTCCTCAGAAGCTGCTGCTCAGGCATGCCGAGGATTGCCTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG