Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtttttttttttttttttgtatcactgtgggactatatcttcttgctcctttgcatgcaatattttttcttattatagtattatggttcctttgcagGTGATCTCTGGTAAATTATATGCTGGACCTGAGGTTGATGTATGGAGCTGTGGAGTGATCCTTTATGCTCTCCTTTGTGGTACTCTTCCATTTGATGATG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os03g17980.1
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os03g17980.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G107867_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 3
gttttttttttttttt-ttgtatcactgtgggactatatcttcttgctcctttgcatgcaatattttttcttattatagtattatggttcctttgcagGTGATCTCTGGTAAATTATATGCTGGACCTGAGGTTGATGTATGGAGCTGTGGAGTGATCCTTTATGCTCTCCTTTGTGGTACTCTTCCATTTGATGATG
|| |||| || || ||  |||     ||  |  |||| | || || ||  || | |  | || ||| ||  ||  |||||   |  |||| ||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||
gtattttattcttattgctgtgagtttgctgatctatttttttttcctttttagaacaccatgtttcttgatac-atagtg--agtgttcttttgcagGTAATATCTGGTAAACTATATGCTGGACCTGAGGTCGATGTATGGAGTTGTGGGGTGATTCTTTATGCTCTTCTTTGTGGAACTCTTCCATTTGATGATG

upper sequence: LOC_Os03g17980.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA13G05700.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
----------------------------------------------gtttttttttttttttttgtatcactg----tgggactatatcttcttgctcctttgcatgcaatattttttcttattatagtattatggttcctttgcagGTGATCTCTGGTAAATTATATGCTGGACCTGAGGTTGATGTATGGAGCTGTGGAGTGATCCTTTATGCTCTCCTTTGTGGTACTCTTCCATTTGATGATG
                                              ||| || || || || || |||||||     || |||| ||  |  || |  | |||     ||||  |      |  |||  | | | |||  ||  ||||| |||||||| ||||| ||||||||||| || || ||||| ||||||||||| || ||  | |||||||| || ||||| |||||||| ||||||||||
gtttgtaaataattaaattgtaacggaataggatattattattaatgttattattattattattatatcactacttctgagactttacat--ttacctccttgtgattaataaatca----aggataa-actgttgttt-ttcacagGTTATCTCTGGAAAATTGTATGCTGGACCAGAAGTAGATGTCTGGAGCTGTGGTGTAATTTTATATGCTCTTCTCTGTGGCACTCTTCCTTTTGATGATG

upper sequence: LOC_Os03g17980.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA18G49770.1 (Glycine max), 3'ss of exon 5
gtttttttttttttttttgtatcactgtgggactatatcttcttgctcctttgcatgca---atattttttcttattatagtattatggttcctttgcagGTGATCTCTGGTAAATTATATGCTGGACCTGAGGTTGATGTATGGAGCTGTGGAGTGATCCTTTATGCTCTCCTTTGTGGTACTCTTCCATTTGATGATG
          ||| |  || |  ||   |  || || | || |||    | |  |||      | | | |  |  ||| | | ||    ||  ||  ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||| ||||||||||| || ||  | ||||| || |||||||| || ||||| ||||||||||
---------gtttgtaatggaatacacggcaacaat-tattgttgaggatatatatgtgtgtgtgtgtgtcttggttacactttttcattt--ttcacagGTTATCTCTGGGAAATTGTATGCTGGACCTGAAGTGGATGTCTGGAGCTGTGGTGTAATTTTATATGCCCTTCTTTGTGGCACCCTTCCTTTTGATGATG

upper sequence: LOC_Os03g17980.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA08G26180.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
gtttttttttttttttttgt-----atcactgt-gggactatatcttcttgctcctttgcatgcaatattttttcttattatagtattatggttcctttgcagGTGATCTCTGGTAAATTATATGCTGGACCTGAGGTTGATGTATGGAGCTGTGGAGTGATCCTTTATGCTCTCCTTTGTGGTACTCTTCCATTTGATGATG
|||| |  |    |   ||      || | ||| | |  ||||| |   |  ||  |||      |||||| ||    ||| | | ||    ||  ||  ||||| |||||||| ||| | |||||||||||||| || ||||| ||||||||||| || ||  | ||||| || |||||||| |||||||| ||||||||||
gtttgtaatggaatacatggcgaaaattattgttgaggatatatatatattgtctcttgtgattcatatttctt--ggttacactttttcattt--ttcacagGTTATCTCTGGGAAACTGTATGCTGGACCTGAAGTGGATGTCTGGAGCTGTGGTGTAATTTTATATGCGCTTCTTTGTGGCACTCTTCCTTTTGATGATG

upper sequence: LOC_Os03g17980.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: AT3G01090.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 4
gtttttttttttttttttgtatcactgtgggactatatcttcttgctcctttgcatgcaatattttttcttattatagtattatggttcctttgcagGTGATCTCTGGTAAATTATATGCTGGACCTGAGGTTGATGTATGGAGCTGTGGAGTGATCCTTTATGCTCTCCTTTGTGGTACTCTTCCATTTGATGATG
||   |  ||      |    |  ||| || |   |||  |   |||  ||| ||    |||  ||    || |  ||   |||   |  ||| ||||| || || || || ||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||| ||||| || || ||||| || ||||| || ||||||||||||||||
gtaagtgcttcagccctcaggtatctgaggaatactataattaggcttgttt-caaatgataggtta---tagtcgagatctataaattgttt-cagGTAATTTCGGGCAAGTTATATGCTGGCCCTGAAGTAGATGTCTGGAGCTGTGGTGTGATACTCTACGCTCTTCTCTGTGGGACGCTTCCATTTGATGATG

upper sequence: LOC_Os03g17980.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: AT3G29160.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 4
gtttttttttttttttttgtatcactgtgggactatatctt-cttgctcctttgcatgcaatattttttcttattatagtat-tatggttcctt--tgcagGTGATCTCTGGTAAATTATATGCTGGACCTGAGGTTGATGTATGGAGCTGTGGAGTGATCCTTTATGCTCTCCTTTGTGGTACTCTTCCATTTGATGATG
       | | |  ||| |||    |   | | | | | |  | |       |   |    | | | || | | | |  ||| | |   | |||  || |||| || || ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| || ||||| ||  | || |||||  | || ||||||||||| ||||||||||
------gtatatagtttagtaaagttactgaattgtttttcacctatgtgactatgtctcgtttctcttatgagtgtcttatctcttacttcttgttgtagGTTATATCAGGTAAATTATATGCTGGACCTGAAGTAGATGTATGGAGTTGCGGAGTTATATTGTACGCTCTATTATGCGGTACTCTTCCTTTTGATGATG

upper sequence: LOC_Os03g17980.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: Vv14s0108g01230.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
-------------------------------gtttttttttttttttttgtatcactgtgggactatatcttcttgctcctttgcatgcaatattttttcttattatagt----attatggttcc--tttgcagGTGATCTCTGGTAAATTATATGCTGGACCTGAGGTTGATGTATGGAGCTGTGGAGTGATCCTTTATGCTCTCCTTTGTGGTACTCTTCCATTTGATGATG
                                 ||  |  |||||  |||    | || |  || |||  ||||      | ||     |||  ||    ||  ||  ||    ||||  || ||  |||  |||| || ||||| | ||| || || ||||||||||| |||||||||||||| || || ||  | || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||
gtaaggagtttgcagcattataatataagacaattcctaatttttggttgagaga-tgagttacaatactttctaata--tatgatgataatggttgaaatttctaaggttctaattagtgtcccattttatagGTTATATCTGGAAGATTGTACGCAGGACCTGAGGTGGATGTATGGAGCTGCGGTGTTATTTTGTACGCTCTTCTTTGTGGTACTCTTCCATTTGATGATG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58667418|gb|CK056104.1|CK056104
EST:     AGACAAGCTGTGGGAGTCCAAACTATGCTGCTCCAGAG                         GTGATCTCTGGTAAATTATATGCTGGACCTGAGGTTGATGTATGGAGCTGT
genomic: AGACAAGCTGTGGGAGTCCAAACTATGCTGCTCCAGAGgttttttttt ... tcctttgcagGTGATCTCTGGTAAATTATATGCTGGACCTGAGGTTGATGTATGGAGCTGT
EST: gi|29663426|gb|CB659701.1|CB659701
EST:     GCCATTTTTTGAAGACAAGCTGTGGGAGTCCAAACTATGCTGCTCCAGAG                         GTGATCTCTGGTAAATTATATGCTGGACCTGAGGTTGATGTATGGAGCTGT
genomic: GCCATTTTTTGAAGACAAGCTGTGGGAGTCCAAACTATGCTGCTCCAGAGgttttttttt ... tcctttgcagGTGATCTCTGGTAAATTATATGCTGGACCTGAGGTTGATGTATGGAGCTGT
EST: gi|58679972|gb|CK068659.1|CK068659
EST:     GCCATTTTTTGAAGACAAGCTGTGGGAGTCCAAACTATGCTGCTCCAGAG                         GTGATCTCTGGTAAATTATATGCTGGACCTGAGGTTGATGTATGGAGCTGT
genomic: GCCATTTTTTGAAGACAAGCTGTGGGAGTCCAAACTATGCTGCTCCAGAGgttttttttt ... tcctttgcagGTGATCTCTGGTAAATTATATGCTGGACCTGAGGTTGATGTATGGAGCTGT
EST: gi|58674982|gb|CK063669.1|CK063669
EST:     GCCATTTTTTGAAGACAAGCTGTGGGAGTCCAAACTATGCTGCTCCAGAG                         GTGATCTCTGGTAAATTATATGCTGGACCTGAGGTTGATGTATGGAGCTGT
genomic: GCCATTTTTTGAAGACAAGCTGTGGGAGTCCAAACTATGCTGCTCCAGAGgttttttttt ... tcctttgcagGTGATCTCTGGTAAATTATATGCTGGACCTGAGGTTGATGTATGGAGCTGT
EST: gi|33678911|gb|CF307150.1|CF307150
EST:     GCCATTTTTTGAAGACAAGCTGTGGGAGTCCAAACTATGCTGCTCCAGAG                         GTGATCTCTGGTAAATTATATGCTGGACCTGAGGTTGATGTATGGAGCTGT
genomic: GCCATTTTTTGAAGACAAGCTGTGGGAGTCCAAACTATGCTGCTCCAGAGgttttttttt ... tcctttgcagGTGATCTCTGGTAAATTATATGCTGGACCTGAGGTTGATGTATGGAGCTGT
EST: gi|218482816|gb|FG952976.1|FG952976
EST:     GCCATTTTTTGAAGACAAGCTGTGGGAGTCCAAACTATGCTGCTCCAGAG                         GTGATCTCTGGTAAATTATATGCTGGACCTGAGGTTGATGTATGGAGCTGT
genomic: GCCATTTTTTGAAGACAAGCTGTGGGAGTCCAAACTATGCTGCTCCAGAGgttttttttt ... tcctttgcagGTGATCTCTGGTAAATTATATGCTGGACCTGAGGTTGATGTATGGAGCTGT
EST: gi|218482252|gb|FG960526.1|FG960526
EST:     GCCATTTTTTGAAGACAAGCTGTGGGAGTCCAAACTATGCTGCTCCAGAG                         GTGATCTCTGGTAAATTATATGCTGGACCTGAGGTTGATGTATGGAGCTGT
genomic: GCCATTTTTTGAAGACAAGCTGTGGGAGTCCAAACTATGCTGCTCCAGAGgttttttttt ... tcctttgcagGTGATCTCTGGTAAATTATATGCTGGACCTGAGGTTGATGTATGGAGCTGT
EST: gi|29614995|gb|CB620008.1|CB620008
EST:     GCCATTTTTTGAAGACAAGCTGTGGGAGTCCAAACTATGCTGCTCCAGAG                         GTGATCTCTGGTAAATTATATGCTGGACCTGAGGTTGATGTATGGAGCTGT
genomic: GCCATTTTTTGAAGACAAGCTGTGGGAGTCCAAACTATGCTGCTCCAGAGgttttttttt ... tcctttgcagGTGATCTCTGGTAAATTATATGCTGGACCTGAGGTTGATGTATGGAGCTGT
EST: gi|33381730|gb|CF197073.1|CF197073
EST:     GCCATTTTTTGAAGACAAGCTGTGGGAGTCCAAACTATGCTGCTCCAGAG                         GTGATCTCTGGTAAATTATATGCTGGACCTGAGGTTGATGTATGGAGCTGT
genomic: GCCATTTTTTGAAGACAAGCTGTGGGAGTCCAAACTATGCTGCTCCAGAGgttttttttt ... tcctttgcagGTGATCTCTGGTAAATTATATGCTGGACCTGAGGTTGATGTATGGAGCTGT
EST: gi|218488644|gb|FG955529.1|FG955529
EST:     GCCATTTTTTGAAGACAAGCTGTGGGAGTCCAAACTATGCTGCTCCAGAG                         GTGATCTCTGGTAAATTATACNCTGGACCTGAGGTTGATGTATGGAGCTGT
genomic: GCCATTTTTTGAAGACAAGCTGTGGGAGTCCAAACTATGCTGCTCCAGAGgttttttttt ... tcctttgcagGTGATCTCTGGTAAATTATATGCTGGACCTGAGGTTGATGTATGGAGCTGT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 75 (upstream exon), 75 (downstream exon)
Score: 119

GTATAATGTAAAGCTTGCTGACTTTGGTTTGAGTAACGTCATGCATGATGGCCATTTTTTGAAGACAAGCTGTGGGAGTCCAAACTATGCTGCTCCAGAGgttttttttt ... tcctttgcagGTGATCTCTGGTAAATTATATGCTGGACCTGAGGTTGATGTATGGAGCTGTGGAGTGATCCTTTATGCTCTCCTTTGTGGTACTCTTCCATTTGATGATG




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttgctcctttgcatgcaatattttttcttattatagtattatggttcctttgcagGTGATCTCTGGTAAATTATATGCTGGACCTGAGGTTGATGTATGGAGCTGTGGAGTGATCCTTTATGCTCTCCTTTGTGGTACTCTTCCATTTGATGATG
                                            ttcctttgc  CT-rich tract
            atgcaatattttttct  TA-rich tract