1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
...attcaaatttaccatatatgtgatgaacttttaggcatgaactagtttcacttgcttgcacaacaaagaaatactgacagtgcaaacacaattcttacagGGAACATTTGGAGGATGGACTCTTGTCCTTACTGGCCAAGCTGGCGTCGGAAAATCT
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os03g13850.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GTCGAAGATGTAAAGAAATGGTTGGAAGAAAAGCTGAGGGCACCAAAG GGAACATTTGGAGGATGGACTCTTGTCCTTACTGGCCAAGCTGGCGTCGGA
genomic: GTCGAAGATGTAAAGAAATGGTTGGACGAAAAGCTGAGGGCACCAAAGgtggttattc ... attcttacagGGAACATTTGGAGGATGGACTCTTGTCCTTACTGGCCAAGCTGGCGTCGGA
tttcacttgcttgcacaacaaagaaatactgacagtgcaaacacaattcttacagGGAACATTTGGAGGATGGACTCTTGTCCTTACTGGCCAAGCTGGCGTCGGAAAATCT
tactgac putative branch site (score: 3)
ttcttac putative PPT
aaagaaata TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| attcaaatttaccatatatgtgatgaacttttaggcatgaactagtttcacttgcttgcacaacaaagaaatactgacagtgcaaacacaattcttacagGGAACATTTGGAGGATGGACTCTTGTCCTTACTGGCCAAGCTGGCGTCGGAAAATCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - tgatgaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - gcatgaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gcttgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - caacaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gcaaaca