1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
gttagtattgacaatccacacacaacctttactgtacataaaagttagtacatcttatcatgactgaaattggctatgttgcagTTACGTGGCACCTGAATACGCCAGCACGGGGATGTTAAATGAGAGGAGCGATGTTTATAGCTTTGGAGTACTTATAATGGAGATTATAACGGGTAGATCA
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os03g03410.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTGTGCTCAGAGAGAAGTTATGTTACTACCCGTGTTATGGGAACCTTTGG TTACGTGGCACCTGAATACGCCAGCACGGGGATGTTAAATGAGAGGAGCGAEST: gi|125863442|gb|EL586716.1|EL586716
genomic: TTGTGCTCAGAGAGAAGTTATGTTACTACCCGTGTTATGGGAACCTTTGGgttagtattg ... tatgttgcagTTACGTGGCACCTGAATACGCCAGCACGGGGATGTTAAATGAGAGGAGCGA
EST: TTGTGCTCAGAGAGAAGTTATGTTACTACCCGTGTTATGGGAACCTTTGG TTACGTGGCACCTGAATACGCCAGCACGGGGATGTTAAATGAGAGGAGCGAEST: gi|27578176|gb|CB000871.1|CB000871
genomic: TTGTGCTCAGAGAGAAGTTATGTTACTACCCGTGTTATGGGAACCTTTGGgttagtattg ... tatgttgcagTTACGTGGCACCTGAATACGCCAGCACGGGGATGTTAAATGAGAGGAGCGA
EST: TTGTGCTCAGAGAGAAGTTATGTTACTACCCGTGTTATGGGAACCTTTGG TTACGTGGCACCTGAATACGCCAGCACGGGGATGTTAAATGAGAGGAGCGAEST: gi|27578136|gb|CB000831.1|CB000831
genomic: TTGTGCTCAGAGAGAAGTTATGTTACTACCCGTGTTATGGGAACCTTTGGgttagtattg ... tatgttgcagTTACGTGGCACCTGAATACGCCAGCACGGGGATGTTAAATGAGAGGAGCGA
EST: TTGTGCTCAGAGAGAAGTTATGTTACTACCCGTGTTATGGGAACCTTTGG TTACGTGGCACCTGAATACGCCAGCACGGGGATGTTAAATGAGAGGAGCGAEST: gi|38480926|gb|CF965015.1|CF965015
genomic: TTGTGCTCAGAGAGAAGTTATGTTACTACCCGTGTTATGGGAACCTTTGGgttagtattg ... tatgttgcagTTACGTGGCACCTGAATACGCCAGCACGGGGATGTTAAATGAGAGGAGCGA
EST: TTGTGCTCAGAGAGAAGTTATGTTACTACCCGTGTTATGGGAACCTTTGG TTACGTGGCACCTGAATACGCCAGCACGGGGATGTTAAATGAGAGGAGCGAEST: gi|58687074|gb|CK075761.1|CK075761
genomic: TTGTGCTCAGAGAGAAGTTATGTTACTACCCGTGTTATGGGAACCTTTGGgttagtattg ... tatgttgcagTTACGTGGCACCTGAATACGCCAGCACGGGGATGTTAAATGAGAGGAGCGA
EST: TTGTGCTCAGAGAGAAGTTATGTTACTACCCGTGTTATGGGAACCTTTGG TTACGTGGCACCTGAATACGCCAGCACGGGGATGTTAAATGAGAGGAGCGAEST: gi|38477229|gb|CF961362.1|CF961362
genomic: TTGTGCTCAGAGAGAAGTTATGTTACTACCCGTGTTATGGGAACCTTTGGgttagtattg ... tatgttgcagTTACGTGGCACCTGAATACGCCAGCACGGGGATGTTAAATGAGAGGAGCGA
EST: TTGTGCTCAGAGAGAAGTTATGTTACTACCCGTGTTATGGGAACCTTTGG TTACGTGGCACCTGAATACGCCAGCACGGGGATGTTAAATGAGAGGAGCGAEST: gi|58588930|gb|CF987238.1|CF987238
genomic: TTGTGCTCAGAGAGAAGTTATGTTACTACCCGTGTTATGGGAACCTTTGGgttagtattg ... tatgttgcagTTACGTGGCACCTGAATACGCCAGCACGGGGATGTTAAATGAGAGGAGCGA
EST: TTGTGCTCAGAGAGAAGTTATGTTACTACCCGTGTTATGGGAACCTTTGG TTACGTGGCACCTGAATACGCCAGCACGGGGATGTTAAATGAGAGGAGCGAEST: gi|58694780|gb|CK083467.1|CK083467
genomic: TTGTGCTCAGAGAGAAGTTATGTTACTACCCGTGTTATGGGAACCTTTGGgttagtattg ... tatgttgcagTTACGTGGCACCTGAATACGCCAGCACGGGGATGTTAAATGAGAGGAGCGA
EST: TTGTGCTCAGAGAGAAGTTATGTTACTACCCGTGTTATGGGAACCTTTGG TTACGTGGCACCTGAATACGCCAGCACGGGGATGTTAAATGAGAGGAGCGAEST: gi|29677567|gb|CB673842.1|CB673842
genomic: TTGTGCTCAGAGAGAAGTTATGTTACTACCCGTGTTATGGGAACCTTTGGgttagtattg ... tatgttgcagTTACGTGGCACCTGAATACGCCAGCACGGGGATGTTAAATGAGAGGAGCGA
EST: TTGTGCTCAGAGAGAAGTTATGTTACTACCCGTGTTATGGGAACCTTTGG TTACGTGGCACCTGAATACGCCAGCACGGGGATGTTAAATGAGAGGAGCGAEST: gi|300215530|gb|HO088156.1|HO088156
genomic: TTGTGCTCAGAGAGAAGTTATGTTACTACCCGTGTTATGGGAACCTTTGGgttagtattg ... tatgttgcagTTACGTGGCACCTGAATACGCCAGCACGGGGATGTTAAATGAGAGGAGCGA
EST: TTGTGCTCAGAGAGAAGTTATGTTACTACCCGTGTTATGGGAACCTTTGG TTACGTGGCACCTGAATACGCCAGCACGGGGATGTTAAATGAGAGGAGCGAEST: gi|58693941|gb|CK082628.1|CK082628
genomic: TTGTGCTCAGAGAGAAGTTATGTTACTACCCGTGTTATGGGAACCTTTGGgttagtattg ... tatgttgcagTTACGTGGCACCTGAATACGCCAGCACGGGGATGTTAAATGAGAGGAGCGA
EST: TTGTGCTCAGAGAGAAGTTATGTTACTACCCGTGTTATGGGAACCTTTGG TTACGTGGCACCTGAATACGCCAGCACGGGGATGTTAAATGAGAGGAGCGAEST: gi|87017975|gb|CI275789.1|CI275789
genomic: TTGTGCTCAGAGAGAAGTTATGTTACTACCCGTGTTATGGGAACCTTTGGgttagtattg ... tatgttgcagTTACGTGGCACCTGAATACGCCAGCACGGGGATGTTAAATGAGAGGAGCGA
EST: TACTACCCGTGTTATGGGAACCTTTGG TTACGTGGCACCTGAATACGCCAGCACGGGGATGTTAAATGAGAGGAGCGAEST: gi|58688663|gb|CK077350.1|CK077350
genomic: TACTACCCGTGTTATGGGAACCTTTGGgttagtattg ... tatgttgcagTTACGTGGCACCTGAATACGCCAGCACGGGGATGTTAAATGAGAGGAGCGA
EST: TTGTGCTCAGAGAGAAGTTATGTTACTACCCGTGTTATGGGAACCTTTGG TTACGTGGCACCTGAATACGCCAGCACGGGGATGTTAAATGAGAGGAGCGA
genomic: TTGTGCTCAGAGAGAAGTTATGTTACTACCCGTGTTATGGGAACCTTTGGgttagtattg ... tatgttgcagTTACGTGGCACCTGAATACGCCAGCACGGGGATGTTAAATGAGAGGAGCGA
tactgtacataaaagttagtacatcttatcatgactgaaattggctatgttgcagTTACGTGGCACCTGAATACGCCAGCACGGGGATGTTAAATGAGAGGAGCGATGTTTATAGCTTTGGAGTACTTATAATGGAGATTATAACGGGTAGATCA
ataaaagtta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gttagtattgacaatccacacacaacctttactgtacataaaagttagtacatcttatcatgactgaaattggctatgttgcagTTACGTGGCACCTGAATACGCCAGCACGGGGATGTTAAATGAGAGGAGCGATGTTTATAGCTTTGGAGTACTTATAATGGAGATTATAACGGGTAGATCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGATCA