1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...tatggcgaaagtcctgcatatatatggaatcaagtctcatgtattctattcatgttcttatcatgttaattgaatgtacatgtttgttgtattatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTTCGTATTGTTATGATTGGAACTCTTACTGGTGCTCAATGGGGTATTTATG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os02g52860.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGAT GCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTTEST: gi|88246899|gb|CI244676.1|CI244676
genomic: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
EST: TACAGTGGGTGAT GCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTTEST: gi|163929346|gb|EG713771.1|EG713771
genomic: TACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
EST: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGTGTGAT GCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTEST: gi|38473055|gb|CF957187.1|CF957187
genomic: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCT
EST: ACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGAT GCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTTEST: gi|88958658|gb|CI096173.1|CI096173
genomic: ACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
EST: GGGAGCTACAGTGGGTGAT GCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTTEST: gi|4716135|gb|AU057251.1|AU057251
genomic: GGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
EST: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGAT GCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTTEST: gi|86600207|gb|CI355964.1|CI355964
genomic: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
EST: CAAGGGAGCTACAGTGGGTGAT GCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTTEST: gi|29628300|gb|CB633311.1|CB633311
genomic: CAAGGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
EST: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGAT GCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTTEST: gi|88908416|gb|CI091009.1|CI091009
genomic: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
EST: GGGAGCTACAGTGGGTGAT GCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTTEST: gi|58607960|gb|CK035993.1|CK035993
genomic: GGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
EST: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGAT GCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTTEST: gi|29677044|gb|CB673319.1|CB673319
genomic: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
EST: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGAT GCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTTEST: gi|218484707|gb|FG949606.1|FG949606
genomic: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
EST: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGAT GCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTTEST: gi|88249127|gb|CI248976.1|CI248976
genomic: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
EST: ACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGAT GCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTTEST: gi|24468918|gb|CA305867.1|CA305867
genomic: ACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
EST: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAATGGGTGAT GCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTTEST: gi|163928501|gb|EG711386.1|EG711386
genomic: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
EST: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGAT GCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTTEST: gi|58663733|gb|CK052419.1|CK052419
genomic: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
EST: TTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGAT GCTGTTAAAAAGCTTGGTC-TTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTTEST: gi|218505349|gb|FG953708.1|FG953708
genomic: TTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
EST: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGAT GCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTTEST: gi|88990479|gb|CI107876.1|CI107876
genomic: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
EST: GAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGAT GCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGNCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTTEST: gi|89194306|gb|CI116743.1|CI116743
genomic: GAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
EST: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGAT GCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTTEST: gi|86494238|gb|CI136871.1|CI136871
genomic: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
EST: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGAT GCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTTEST: gi|27576228|gb|CA998922.1|CA998922
genomic: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
EST: GAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGAT GCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTTEST: gi|58686911|gb|CK075598.1|CK075598
genomic: GAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
EST: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGAT GCTGTTAAAAAGCTTGGTEST: gi|89198437|gb|CI007497.1|CI007497
genomic: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGT
EST: GGAGCTACAGTGGGTGAT GCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTTEST: gi|58680384|gb|CK069071.1|CK069071
genomic: GGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
EST: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGAT GCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTTEST: gi|14981582|gb|BI306260.1|BI306260
genomic: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
EST: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGAT GCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTTEST: gi|66913316|gb|CX100164.1|CX100164
genomic: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
EST: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGAT GCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTTEST: gi|29658502|gb|CB654777.1|CB654777
genomic: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
EST: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGAT GCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTTEST: gi|2427781|gb|C72244.1|C72244
genomic: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
EST: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGAT GCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTTEST: gi|116874996|gb|EC365504.1|EC365504
genomic: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
EST: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGAT GCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTTEST: gi|88967755|gb|CI097997.1|CI097997
genomic: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
EST: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGAT GCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTTEST: gi|11025863|gb|AU162464.1|AU162464
genomic: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
EST: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGAT GCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTTEST: gi|29630080|gb|CB635089.1|CB635089
genomic: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
EST: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGAT GCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTTEST: gi|86593967|gb|CI260196.1|CI260196
genomic: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
EST: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGAT GCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTTEST: gi|218500946|gb|FG958841.1|FG958841
genomic: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
EST: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGAT GCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCC-TTTCACTAGAGGACTGCCCCTTEST: gi|86832581|gb|CI345015.1|CI345015
genomic: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
EST: TCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGAT GCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTTEST: gi|89168106|gb|CI109310.1|CI109310
genomic: TCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
EST: CAAGGGAGCGACAGTGGGTGAT GCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTTEST: gi|218501146|gb|FG957968.1|FG957968
genomic: CAAGGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
EST: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAAGGAGCTACAGTGGGTGAT GCTGTTAAAAAGCT-GGTCTTTGEST: gi|163929256|gb|EG713081.1|EG713081
genomic: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTG
EST: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGTGTGAT GCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCEST: gi|86513485|gb|CI156118.1|CI156118
genomic: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCC
EST: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGAT GCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTTEST: gi|116875503|gb|EC366011.1|EC366011
genomic: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
EST: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGAT GCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTTEST: gi|38470606|gb|CF954737.1|CF954737
genomic: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
EST: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGAT GCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCA
genomic: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCA
ctattcatgttcttatcatgttaattgaatgtacatgtttgttgtattatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTTCGTATTGTTATGATTGGAACTCTTACTGGTGCTCAATGGGGTATTTATG
tgttaat putative branch site (score: 78)
ttatcatgttaatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tatggcgaaagtcctgcatatatatggaatcaagtctcatgtattctattcatgttcttatcatgttaattgaatgtacatgtttgttgtattatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTTCGTATTGTTATGATTGGAACTCTTACTGGTGCTCAATGGGGTATTTATG
- - - - - -tcctgca
- - - - - - - - - - - - - gaatcaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - tcatgta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgttctt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -atcatgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtacatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttgttgt