1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...tcttatttgtattatttatttccaatcttctcatttctcaatgatggtacaccacaccatgatttcactcaaatgatgtttcttgtcctgaaatgtttagAGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGTGCTGGTCCAACCTCTTCCTCCATGGAGTGAAAGGAGCTCAGGATTCTTG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os02g34460.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGG AGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGEST: gi|4880983|gb|AU065282.1|AU065282
genomic: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGGgtaatcaatc ... aaatgtttagAGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCG
EST: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGG AGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGTEST: gi|88268468|gb|CI378403.1|CI378403
genomic: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGGgtaatcaatc ... aaatgtttagAGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
EST: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGG AGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGTEST: gi|88277009|gb|CI397811.1|CI397811
genomic: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGGgtaatcaatc ... aaatgtttagAGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
EST: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGG AGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGTEST: gi|88413976|gb|CI530948.1|CI530948
genomic: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGGgtaatcaatc ... aaatgtttagAGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
EST: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGG AGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGTEST: gi|86838292|gb|CI327685.1|CI327685
genomic: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGGgtaatcaatc ... aaatgtttagAGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
EST: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGG AGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGC-GTGGCGGCGGTGGTTTCGGTEST: gi|88835305|gb|CI370608.1|CI370608
genomic: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGGgtaatcaatc ... aaatgtttagAGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
EST: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGG AGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGTEST: gi|8334614|gb|BE039598.1|BE039598
genomic: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGGgtaatcaatc ... aaatgtttagAGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
EST: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGG AGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGTEST: gi|25800452|gb|CA756413.1|CA756413
genomic: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGGgtaatcaatc ... aaatgtttagAGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
EST: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGG AGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGTEST: gi|88465383|gb|CI529603.1|CI529603
genomic: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGGgtaatcaatc ... aaatgtttagAGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
EST: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGG AGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGTEST: gi|88547790|gb|CI478114.1|CI478114
genomic: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGGgtaatcaatc ... aaatgtttagAGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
EST: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGG AGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGTEST: gi|88846180|gb|CI372948.1|CI372948
genomic: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGGgtaatcaatc ... aaatgtttagAGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
EST: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGG AGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGTEST: gi|8857955|gb|AU095273.1|AU095273
genomic: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGGgtaatcaatc ... aaatgtttagAGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
EST: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGG AGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGTEST: gi|86539940|gb|CI180146.1|CI180146
genomic: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGGgtaatcaatc ... aaatgtttagAGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
EST: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGG AGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGTEST: gi|88545849|gb|CI475439.1|CI475439
genomic: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGGgtaatcaatc ... aaatgtttagAGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
EST: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGG AGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGTEST: gi|86539956|gb|CI180162.1|CI180162
genomic: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGGgtaatcaatc ... aaatgtttagAGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
EST: TTGCTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGG AGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGTEST: gi|88475609|gb|CI412880.1|CI412880
genomic: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGGgtaatcaatc ... aaatgtttagAGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
EST: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGG AGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGTEST: gi|88555876|gb|CI486163.1|CI486163
genomic: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGGgtaatcaatc ... aaatgtttagAGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
EST: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGG AGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGNCGGTGGTTTCGGTEST: gi|88987135|gb|CI034176.1|CI034176
genomic: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGGgtaatcaatc ... aaatgtttagAGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
EST: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCCGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGG AGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGTEST: gi|86429864|gb|CI082287.1|CI082287
genomic: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGGgtaatcaatc ... aaatgtttagAGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
EST: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGG AGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGTEST: gi|117232299|gb|CT860043.1|CT860043
genomic: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGGgtaatcaatc ... aaatgtttagAGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
EST: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGG AGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGTEST: gi|86838257|gb|CI327661.1|CI327661
genomic: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGGgtaatcaatc ... aaatgtttagAGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
EST: AGAAGGGTGGTGCTCGTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGG AGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGTEST: gi|86871570|gb|CI342369.1|CI342369
genomic: AGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGGgtaatcaatc ... aaatgtttagAGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
EST: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCACCCATCATTCAGG AGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGTEST: gi|88969558|gb|CI383067.1|CI383067
genomic: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGGgtaatcaatc ... aaatgtttagAGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
EST: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCACCCATCATTCAGG AGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGTEST: gi|58665575|gb|CK054261.1|CK054261
genomic: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGGgtaatcaatc ... aaatgtttagAGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
EST: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGG AGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGTEST: gi|88506764|gb|CI434270.1|CI434270
genomic: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGGgtaatcaatc ... aaatgtttagAGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
EST: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGG AGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACNCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGTEST: gi|88548075|gb|CI476988.1|CI476988
genomic: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGGgtaatcaatc ... aaatgtttagAGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
EST: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGG AGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGTEST: gi|88295440|gb|CI527803.1|CI527803
genomic: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGGgtaatcaatc ... aaatgtttagAGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
EST: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGG AGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGTEST: gi|88472474|gb|CI409745.1|CI409745
genomic: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGGgtaatcaatc ... aaatgtttagAGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
EST: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGG AGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGTEST: gi|88438102|gb|CI538461.1|CI538461
genomic: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGGgtaatcaatc ... aaatgtttagAGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
EST: TTGGTGGTGAGAANGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGG AGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGTEST: gi|86539973|gb|CI180179.1|CI180179
genomic: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGGgtaatcaatc ... aaatgtttagAGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
EST: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGG AGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGTEST: gi|88534700|gb|CI463443.1|CI463443
genomic: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGGgtaatcaatc ... aaatgtttagAGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
EST: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGG AGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
genomic: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGGgtaatcaatc ... aaatgtttagAGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
ggtacaccacaccatgatttcactcaaatgatgtttcttgtcctgaaatgtttagAGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGTGCTGGTCCAACCTCTTCCTCCATGGAGTGAAAGGAGCTCAGGATTCTTG
aaatgttta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tcttatttgtattatttatttccaatcttctcatttctcaatgatggtacaccacaccatgatttcactcaaatgatgtttcttgtcctgaaatgtttagAGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGTGCTGGTCCAACCTCTTCCTCCATGGAGTGAAAGGAGCTCAGGATTCTTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aatgatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - acaccac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -catgatt