1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' |
...atacaatgaataacttttggtgcttgatgtgcacatgtcgttctagagtaactattaggtaacaattcactttttttatgtattgttcaacaaattacagGAATTCCCTAGAGTGCACTACCGTGTCGCCAAGACAATTGATGCTTCTGTAACGACAACACTACGAGATTTAGTGCCTACAAAACTTGCTGCTGCTGTTT
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os02g25580.2 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GTTTGCATCAATGAGG GAATTCCCTAGAGTGCACTACCGTGTCGCCAAGACAATTGATGCTTCTGTAEST: gi|33676893|gb|CF305132.1|CF305132
genomic: GTTTGCATCAATGAGGgtatgaatac ... caaattacagGAATTCCCTAGAGTGCACTACCGTGTCGCCAAGACAATTGATGCTTCTGTA
EST: GTTTGAACACAATGGCTACTCGCATATCTACAGTGTTTGCATCAATGAGG GAATTCCCTAGAGTGCACTACCGTGTCGCCAAGACAATTGATGCTTCTGTAEST: gi|58674876|gb|CK063563.1|CK063563
genomic: GTTTGAACACAATGGCTACTCGCATATCTACAGTGTTTGCATCAATGAGGgtatgaatac ... caaattacagGAATTCCCTAGAGTGCACTACCGTGTCGCCAAGACAATTGATGCTTCTGTA
EST: GCATCAATGAGG GAATTCCCTAGAGTGCACTACCGTGTCGCCAAGACAATTGATGCTTCTGTA
genomic: GCATCAATGAGGgtatgaatac ... caaattacagGAATTCCCTAGAGTGCACTACCGTGTCGCCAAGACAATTGATGCTTCTGTA
gagtaactattaggtaacaattcactttttttatgtattgttcaacaaattacagGAATTCCCTAGAGTGCACTACCGTGTCGCCAAGACAATTGATGCTTCTGTAACGACAACACTACGAGATTTAGTGCCTACAAAACTTGCTGCTGCTGTTT
tttttttatgtattgt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| atacaatgaataacttttggtgcttgatgtgcacatgtcgttctagagtaactattaggtaacaattcactttttttatgtattgttcaacaaattacagGAATTCCCTAGAGTGCACTACCGTGTCGCCAAGACAATTGATGCTTCTGTAACGACAACACTACGAGATTTAGTGCCTACAAAACTTGCTGCTGCTGTTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT