Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgatgcatattcctaagaagtttgcctaagtatgctggtgactagagctgtgcactgattttggtgctactgctgctgtccttatttcagATGCATTTGATACGGAGTTACTACTCTCTTGTATGGAGAACTTGAAACATGGCAAGGCTGTGGACATTCCTAATTACAACTTCAAAACATATAAGAGTGT

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os02g17320.2
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os02g17320.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G169462_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
gtatgatgcatattcctaagaagtttgccta-agtatgctggtgact---agagctgtgcactgattttggtgctactgctgctgtccttatttcagATGCATTTGATACGGAGTTACTACTCTCTTGTATGGAGAACTTGAAACATGGCAAGGCTGTGGACATTCCTAATTACAACTTCAAAACATATAAGAGTGT
||  ||| |||  | | |  |   ||   |  | | | ||  |  |    |||| | |||||||| |    |||| |||   || | | ||||||||| |||||| |||| ||| |||| |||||||||||| | |||||||||  |||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||| || |||||
gt-cgattcatccttccacaagaattatatgtactgtcctactagccccaagagttctgcactgaat---atgctgctgtgtcttttcctatttcagACGCATTTCATACAGAGCTACTTCTCTCTTGTATGCAAAACTTGAAATGTGGCAAAGCTGTTGACATCCCTAACTACAACTTCAAGACATACAAAAGTGT

upper sequence: LOC_Os02g17320.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G034143_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
gtatgatgcatattcctaagaagtttgc-ctaagtatgctggtgactagagctgtgcactgattttggtgctactgctg-ctgtccttatttcagATGCATTTGATACGGAGTTACTACTCTCTTGTATGGAGAACTTGAAACATGGCAAGGCTGTGGACATTCCTAATTACAACTTCAAAACATATAAGAGTGT
||   || |||  |   |  |   ||    | | ||| || ||  | |||| | |||||||| | || ||||    ||  || | | |||||||||||||||| |||| ||| |||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||
gtcgaattcatccttacacaagaattatatttactatcctagtcccaagagttctgcactgaatgtgctgctgtatctatcttttcctatttcagATGCATTTCATACAGAGCTACTTCTCTCTTGTATGCAAAACTTGAAACATGGCAAAGCTGTCGACATCCCTAATTACAACTTCAAGACATACAAGAGTGT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29643325|gb|CB648332.1|CB648332
EST:     GTCTGATGAGGAATTGGTCCATGTTCATGATTATAACTTTGATCATCCAG                         ATGCATTTGATACGGAGTTACTACTCTCTTGTATGGAGAACTTGAAACATG
genomic: GTCTGATGAGGAATTGGTCCATGTTCATGATTATAACTTTGATCATCCAGgtatgatgca ... cttatttcagATGCATTTGATACGGAGTTACTACTCTCTTGTATGGAGAACTTGAAACATG
EST: gi|44678675|gb|CR292109.1|CR292109
EST:     GTCTGATGAGGAATTGGTCCATGTTCATGATTATAACTTTGATCATCCAG                         ATGCATTTGATACGGAGTTACTACTCTCTTGTATGGAGAACTTGAAACATG
genomic: GTCTGATGAGGAATTGGTCCATGTTCATGATTATAACTTTGATCATCCAGgtatgatgca ... cttatttcagATGCATTTGATACGGAGTTACTACTCTCTTGTATGGAGAACTTGAAACATG
EST: gi|33799739|gb|CF325735.1|CF325735
EST:     GTCTGATGAGGAATTGGTCCATGTTCATGATTATAACTTTGATCATCCAG                         ATGCATTTGATACGGAGTTACTACTCTCTTGTATGGAGAACTTGAAACATG
genomic: GTCTGATGAGGAATTGGTCCATGTTCATGATTATAACTTTGATCATCCAGgtatgatgca ... cttatttcagATGCATTTGATACGGAGTTACTACTCTCTTGTATGGAGAACTTGAAACATG
EST: gi|33794950|gb|CF323355.1|CF323355
EST:     TGATCATCCAG                         ATGCATTTGATACGGAGTTACTACTCTCTTGTATGGAGAACTTGAAACATG
genomic: TGATCATCCAGgtatgatgca ... cttatttcagATGCATTTGATACGGAGTTACTACTCTCTTGTATGGAGAACTTGAAACATG
EST: gi|58591679|gb|CF989987.1|CF989987
EST:     GTCTGATGAGGAATTGGTCCATGTTCATGATTATAACTTTGATCATCCAG                         ATGCATTTGATACGGAGTTACTACTCTCTTGTATGGAGAACTTGAAACATG
genomic: GTCTGATGAGGAATTGGTCCATGTTCATGATTATAACTTTGATCATCCAGgtatgatgca ... cttatttcagATGCATTTGATACGGAGTTACTACTCTCTTGTATGGAGAACTTGAAACATG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tggtgactagagctgtgcactgattttggtgctactgctgctgtccttatttcagATGCATTTGATACGGAGTTACTACTCTCTTGTATGGAGAACTTGAAACATGGCAAGGCTGTGGACATTCCTAATTACAACTTCAAAACATATAAGAGTGT
                 cactgat  putative branch site (score: 3)
                                           tccttatttc  putative PPT
                                              ttatttca  TA-rich tract