Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtaggttttttcgttggttcatagttcttttgatttcttcgacagtcgcagtctgcacctgcatcatatcatatttattaaatttcttttacaataaacaaacagGTGGTCATGGATATGATCCCCCAAGGTGGTTTGATGAGGAAGAGCTACCAAAGCAATGACAGCCTG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os02g15970.4
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88956707|gb|CI092896.1|CI092896
EST:     AAAGGGTACAATCTTGACAGCTTGGCGTCTATGCCGCTGTAATCCTCTTG                         GTGGTCATGGATATGATCCCCCAAGGTGGTTTGATGAGGAAGAGCTACCAA
genomic: AAAGGGTACAATCTTGACAGCTTGGCGTCTATGCCGCTGTAATCCTCTTGgtatgtaggt ... aaacaaacagGTGGTCATGGATATGATCCCCCAAGGTGGTTTGATGAGGAAGAGCTACCAA
EST: gi|86852485|gb|CI320410.1|CI320410
EST:     AAAGGGTACAATCTTGACAGC-TGGCGTCTA-GCCCCTGTAATCCTCTT-                         GT-GTCATGGATATGATCCCCCAAGGTGGTTTGATGAGGAAGAGCTACCAA
genomic: AAAGGGTACAATCTTGACAGCTTGGCGTCTATGCCGCTGTAATCCTCTTGgtatgtaggt ... aaacaaacagGTGGTCATGGATATGATCCCCCAAGGTGGTTTGATGAGGAAGAGCTACCAA
EST: gi|86499914|gb|CI142547.1|CI142547
EST:     AAAGGGTACAATCTTGACAGCTTGGCGTCTATGCCGCTGTAATCCTCTTG                         GTGGTCATGGATATGATCCCCCAAGGTGGTTTGATGAGGAAGAGCTACCAA
genomic: AAAGGGTACAATCTTGACAGCTTGGCGTCTATGCCGCTGTAATCCTCTTGgtatgtaggt ... aaacaaacagGTGGTCATGGATATGATCCCCCAAGGTGGTTTGATGAGGAAGAGCTACCAA
EST: gi|86842367|gb|CI335266.1|CI335266
EST:     AAGGGTACAATCTTGACAGCTTGGCGTCTATGCCGCTGTAATCCTCTTG                         GTGGTCATGGATATGATCCCCCAAGGTGGTTTGATGAGGAAGAGCTACCAA
genomic: AAGGGTACAATCTTGACAGCTTGGCGTCTATGCCGCTGTAATCCTCTTGgtatgtaggt ... aaacaaacagGTGGTCATGGATATGATCCCCCAAGGTGGTTTGATGAGGAAGAGCTACCAA
EST: gi|88971274|gb|CI387197.1|CI387197
EST:     CTTGGCGTCTATGCCCCTGTAATCCTCTTG                         GTGGTCATGGATATGATCCCCCAAGGTGGTTTGATGAGGAAGAGCTACCAA
genomic: CTTGGCGTCTATGCCGCTGTAATCCTCTTGgtatgtaggt ... aaacaaacagGTGGTCATGGATATGATCCCCCAAGGTGGTTTGATGAGGAAGAGCTACCAA
EST: gi|86511453|gb|CI154086.1|CI154086
EST:     AAAGGGTACAATCTTGACAGCTTGGCGTCTATGCCGCTGTCATCCTCTTG                         GTGGTCATGGATATGATCCCCCAAGGTGGTTTGATGAGGAAGAGCTACCAA
genomic: AAAGGGTACAATCTTGACAGCTTGGCGTCTATGCCGCTGTAATCCTCTTGgtatgtaggt ... aaacaaacagGTGGTCATGGATATGATCCCCCAAGGTGGTTTGATGAGGAAGAGCTACCAA
EST: gi|86428139|gb|CI073236.1|CI073236
EST:     AAAGGGTACAATCTTGACAGCTTGGCGTTTATGCCGCTGTAATCCTCTTG                         GTGGTCATGGATATGATCCCCCAAGGTGGTTTGATGAGGAAGAGCTACCAA
genomic: AAAGGGTACAATCTTGACAGCTTGGCGTCTATGCCGCTGTAATCCTCTTGgtatgtaggt ... aaacaaacagGTGGTCATGGATATGATCCCCCAAGGTGGTTTGATGAGGAAGAGCTACCAA
EST: gi|33687072|gb|CF315311.1|CF315311
EST:     AAAGGGTACAATCTTGACAGCTTGGCGTCTATGCCGCTGTAATCCTCTTG                         GTGGTCATGGATATGATCCCCCAAGGTGGTTTGATGAGGAAGAGCTACCAA
genomic: AAAGGGTACAATCTTGACAGCTTGGCGTCTATGCCGCTGTAATCCTCTTGgtatgtaggt ... aaacaaacagGTGGTCATGGATATGATCCCCCAAGGTGGTTTGATGAGGAAGAGCTACCAA
EST: gi|30227453|gb|CB965345.1|CB965345
EST:     AAAGGGTACAATCTTGACAGCTTGGCGTCTATGCCGCTGTAATCCTCTTG                         GTGGTCATGGATATGATCCCCCAAGGTGGTTTGGTGAGGCAGAGCTACCAA
genomic: AAAGGGTACAATCTTGACAGCTTGGCGTCTATGCCGCTGTAATCCTCTTGgtatgtaggt ... aaacaaacagGTGGTCATGGATATGATCCCCCAAGGTGGTTTGATGAGGAAGAGCTACCAA
EST: gi|3760931|gb|C98185.1|C98185
EST:     TACAATCTTGACAGCTTGGCGTCTATGCCGCTGTAATCCTCTTG                         GTGGTCATGGATATGANCCCCCAAGGTGGTTTGATGAGGAAGAGCTACCAA
genomic: TACAATCTTGACAGCTTGGCGTCTATGCCGCTGTAATCCTCTTGgtatgtaggt ... aaacaaacagGTGGTCATGGATATGATCCCCCAAGGTGGTTTGATGAGGAAGAGCTACCAA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 57 (upstream exon), 53 (downstream exon)
Score: 2

CCAACTTGCAGTGAGTACTCTATGCAAGCATACAAAAAATACGGTGTTGCAAAGGGTACAATCTTGACAGCTTGGCGTCTATGCCGCTGTAATCCTCTTGgtatgtaggt ... aaacaaacagGTGGTCATGGATATGATCCCCCAAGGTGGTTTGATGAGGAAGAGCTACCAAAGCAATGACAGCCTG




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtctgcacctgcatcatatcatatttattaaatttcttttacaataaacaaacagGTGGTCATGGATATGATCCCCCAAGGTGGTTTGATGAGGAAGAGCTACCAAAGCAATGACAGCCTG
            atcatatcatatttat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgtaggttttttcgttggttcatagttcttttgatttcttcgacagtcgcagtctgcacctgcatcatatcatatttattaaatttcttttacaataaacaaacagGTGGTCATGGATATGATCCCCCAAGGTGGTTTGATGAGGAAGAGCTACCAAAGCAATGACAGCCTG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGCAA