1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...attgctaactgttaagtacttgtggctagatctggtcattcagaccattcagggttgtcttatgtaacaactgagtctgtatatctgtcttatgttgcagGTGCTTTTGTGGGCTGTGCTCTCAATGGTAGCTTAGTATCAACCCGAGACACAGAAAATGCCCGATTTTATGGTGGTCCAATAAAGGCACCCGATATCCT
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os02g13890.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGCCGGTGATGGTGGTTATGCTGCATGTTACACATACAGTTGTAGCAAAG GTGCTTTTGTGGGCTGTGCTCTCAATGGTAGCTTAGTATCAACCCGAGACAEST: gi|88226134|gb|CI226050.1|CI226050
genomic: TGCCGGTGATGGTGGTTATGCTGCATGTTACACATACAGTTGTAGCAAAGgtttgtttca ... tatgttgcagGTGCTTTTGTGGGCTGTGCTCTCAATGGTAGCTTAGTATCAACCCGAGACA
EST: TGCCGGTGATGGTGGTTATGCTGCATGTAACACATACAGTTGTAGCAAAG GTGCTTTTGTGGGCTGTGCTCTCAATGGTAGCTTAGTATCAACCCGAGACAEST: gi|29634317|gb|CB639326.1|CB639326
genomic: TGCCGGTGATGGTGGTTATGCTGCATGTTACACATACAGTTGTAGCAAAGgtttgtttca ... tatgttgcagGTGCTTTTGTGGGCTGTGCTCTCAATGGTAGCTTAGTATCAACCCGAGACA
EST: TGCCGGTGATGGTGGTTATGCTGCATGTTACACATACAGTTGTAGCAAAG GTGCTTTTGTGGGCTGTGCTCTCAATGGTAGCTTAGTATCAACCCGAGACAEST: gi|33677542|gb|CF305781.1|CF305781
genomic: TGCCGGTGATGGTGGTTATGCTGCATGTTACACATACAGTTGTAGCAAAGgtttgtttca ... tatgttgcagGTGCTTTTGTGGGCTGTGCTCTCAATGGTAGCTTAGTATCAACCCGAGACA
EST: TGCCGGTGATGGTGGTTATGCTGCATGTTACACATACAGTTGTAGCAAAG GTGCTTTTGTGGGCTGTGCTCTCAATGGTAGCTTAGTATCAACCCGAGACAEST: gi|29625072|gb|CB630083.1|CB630083
genomic: TGCCGGTGATGGTGGTTATGCTGCATGTTACACATACAGTTGTAGCAAAGgtttgtttca ... tatgttgcagGTGCTTTTGTGGGCTGTGCTCTCAATGGTAGCTTAGTATCAACCCGAGACA
EST: TGCCGGTGATGGTGGTTATGCTGCATGTTACACATACAGTTGTAGCAAAG GTGCTTTTGTGGGCTGTGCTCTCAATGGTAGCTTAGTATCAACCCGAGACA
genomic: TGCCGGTGATGGTGGTTATGCTGCATGTTACACATACAGTTGTAGCAAAGgtttgtttca ... tatgttgcagGTGCTTTTGTGGGCTGTGCTCTCAATGGTAGCTTAGTATCAACCCGAGACA
cattcagggttgtcttatgtaacaactgagtctgtatatctgtcttatgttgcagGTGCTTTTGTGGGCTGTGCTCTCAATGGTAGCTTAGTATCAACCCGAGACACAGAAAATGCCCGATTTTATGGTGGTCCAATAAAGGCACCCGATATCCT
atgtaac putative branch site (score: 3)
tctgtctt putative PPT
ttatgtaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| attgctaactgttaagtacttgtggctagatctggtcattcagaccattcagggttgtcttatgtaacaactgagtctgtatatctgtcttatgttgcagGTGCTTTTGTGGGCTGTGCTCTCAATGGTAGCTTAGTATCAACCCGAGACACAGAAAATGCCCGATTTTATGGTGGTCCAATAAAGGCACCCGATATCCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
-ttgctaa
- - - - - - - -gtacttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - cattcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ccattca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aacaact