1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
gtatgcttattttgcatttcatattttgctaatttacaactactgatactattgctataacaaagaatttggtttttcagCTCCATCGTTGTATGGAATCTTCCCTTACTCTGGTCTTAAATTCTACTTTTACGAGACTATGAAGACTTATGTACCTGAAGAGCACAGAAAAGATATCAT
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os02g13300.2 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATATACAGACAAAATGGGTTAAGAGGCCTATATCGTGGCATGG CTCCATCGTTGTATGGAATCTTCCCTTACTCTGGTCTTAAATTCTACTTTTEST: gi|58589818|gb|CF988126.1|CF988126
genomic: ATATACAGACAAAATGGGTTAAGAGGCCTATATCGTGGCATGGgtatgcttat ... ggtttttcagCTCCATCGTTGTATGGAATCTTCCCTTACTCTGGTCTTAAATTCTACTTTT
EST: GGGTTAAGAGGCCTATATCGTGGCATGG CTCCATCGTTGTATGGAATCTTCCCTTACGCGGGTCTTAAATTCTACTTTTEST: gi|300215830|gb|HO088456.1|HO088456
genomic: GGGTTAAGAGGCCTATATCGTGGCATGGgtatgcttat ... ggtttttcagCTCCATCGTTGTATGGAATCTTCCCTTACTCTGGTCTTAAATTCTACTTTT
EST: CAAAACAATATACAGACAAAATGGGTTAAGAGGCCTATATCGTGGCATGG CTCCATCGTTGTATGGAATCTTCCCTTACTCTGGTCTTAAATTCTACTTTT
genomic: CAAAACAATATACAGACAAAATGGGTTAAGAGGCCTATATCGTGGCATGGgtatgcttat ... ggtttttcagCTCCATCGTTGTATGGAATCTTCCCTTACTCTGGTCTTAAATTCTACTTTT
ttgctaatttacaactactgatactattgctataacaaagaatttggtttttcagCTCCATCGTTGTATGGAATCTTCCCTTACTCTGGTCTTAAATTCTACTTTTACGAGACTATGAAGACTTATGTACCTGAAGAGCACAGAAAAGATATCAT
tttttc CT-rich tract
tataacaaagaattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatgcttattttgcatttcatattttgctaatttacaactactgatactattgctataacaaagaatttggtttttcagCTCCATCGTTGTATGGAATCTTCCCTTACTCTGGTCTTAAATTCTACTTTTACGAGACTATGAAGACTTATGTACCTGAAGAGCACAGAAAAGATATCAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA