Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtgatacatagcaaggattccgttcttttaatccttttctctctattgcttgatttagttctaagttcctctcattttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATATGTGAGTGATCTTTCATAAATATTTAGGATCATTCTTGATTATTTTCC

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os02g12800.5
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os02g12800.5 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G029559_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 4
gtaagtgatacatagcaaggattccgttcttttaatccttttctctctattgcttgatttagttctaagttcctctcattttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATATGTGAGTGATCTTTCATAAATATTTAGGATCATTCTTGATTATTTTCC
|||| | | |  | ||||  |||  |||  |||| || |||  |  |  ||  |||||| ||  |  | ||| | |||| | |||||||||||||||| |||| || |||||||||| || || |||||||||||||| |||                                               
gtaatttaaatgttgcaacaattg-gtttgtttagtcttttgtttgcatttatttgattgagcaccgaattc-tgtcatctccctgaagTTACTCGCTTGAAGGCTAACAACCCACTTTACGGATCTTCACTGATTGATTAT-----------------------------------------------

upper sequence: LOC_Os02g12800.5 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G134582_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
gtaagtgatacatagcaaggattccgttcttttaatccttttctctctattgcttgatttagttctaagttcctctcattttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATATGTGAGTGATCTTTCATAAATATTTAGGATCATTCTTGATTATTTTCC
|||| | | |  ||||||  |||  ||| |||  |  ||  | | |  |||  ||  |||||  || | ||| | |||| ||  |||||||||||||| |||| |||| |||||||| ||||| |||||||||||||| |||                                               
gtaattcaaatgtagcaaccattgggtttttt--agtctcctgtttgcatttatttttttagcactgaattc-tgtcatctttttgaagTTACTCGCTTGAAGGCTGATAACCCACTTTATGGATCTTCACTGATTGATTAT-----------------------------------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88314792|gb|CI608251.1|CI608251
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: gi|88593431|gb|CI713385.1|CI713385
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCG
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCG
EST: gi|88730660|gb|CI754273.1|CI754273
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCT
EST: gi|88402796|gb|CI613244.1|CI613244
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACC
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACC
EST: gi|88370462|gb|CI587852.1|CI587852
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCAGTGATTGAAT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: gi|88412219|gb|CI573495.1|CI573495
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: gi|88722148|gb|CI745658.1|CI745658
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGT
EST: gi|88391242|gb|CI595496.1|CI595496
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGA
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGA
EST: gi|88668271|gb|CI723010.1|CI723010
EST:     AGAGAATCCTGATGGTCCTGTNTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCANTCTATGGGTCTTCACTGATTG
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTG
EST: gi|88357098|gb|CI615985.1|CI615985
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: gi|88354432|gb|CI624822.1|CI624822
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: gi|88325783|gb|CI648228.1|CI648228
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGAT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGAT
EST: gi|88668076|gb|CI722815.1|CI722815
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTC
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTC
EST: gi|88356851|gb|CI619337.1|CI619337
EST:     ACAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: gi|88351346|gb|CI627362.1|CI627362
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: gi|88362359|gb|CI606549.1|CI606549
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: gi|88423568|gb|CI579280.1|CI579280
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: gi|88727710|gb|CI749512.1|CI749512
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGA
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGA
EST: gi|88719721|gb|CI743231.1|CI743231
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: gi|88426801|gb|CI584164.1|CI584164
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: gi|88674113|gb|CI728226.1|CI728226
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGAC
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGAC
EST: gi|88676535|gb|CI730648.1|CI730648
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAAC
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAAC
EST: gi|5667502|gb|AU077471.1|AU077471
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: gi|88673829|gb|CI727942.1|CI727942
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCT
EST: gi|88391578|gb|CI600767.1|CI600767
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: gi|88359484|gb|CI621015.1|CI621015
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAA
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAA
EST: gi|88668453|gb|CI722319.1|CI722319
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACT
EST: gi|88357209|gb|CI616096.1|CI616096
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: gi|88677135|gb|CI731248.1|CI731248
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTA
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTA
EST: gi|88422993|gb|CI615293.1|CI615293
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTAGTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: gi|88677083|gb|CI731196.1|CI731196
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCA
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCA
EST: gi|88362086|gb|CI607086.1|CI607086
EST:     ACAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: gi|88668186|gb|CI722925.1|CI722925
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAA
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAA
EST: gi|88314933|gb|CI609992.1|CI609992
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: gi|88392598|gb|CI625420.1|CI625420
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTGGAAAGCAATGCGATTGGACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: gi|88665785|gb|CI715941.1|CI715941
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTC
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTC
EST: gi|88397790|gb|CI583108.1|CI583108
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: gi|88904944|gb|CI712243.1|CI712243
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTANTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCT
EST: gi|88726584|gb|CI750239.1|CI750239
EST:     ACAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTAT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atccttttctctctattgcttgatttagttctaagttcctctcattttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATATGTGAGTGATCTTTCATAAATATTTAGGATCATTCTTGATTATTTTCC
                                   ttcctctcattttcct  CT-rich tract
                   ttgattta  TA-rich tract