1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...gctttttttgggaaaaaactttatcttgacagtagttaagtaccatctacatatgaaaattgctgttatttcttacaagcgtctcatgctaattacatagGTGGTGTACATGCTGCAATGGTTGGATCCTTGCACCCAACACCAATTGCTACGCTGCCATTTCTTGCTCCGCATTCTGCTGTGGTGCCTTTCTGTGACGG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os02g10160.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GCAGAATGAGGCTGGTTATGGCAAGATGGGCATATGCGGGCTCA-CATGG GTGGTGTACATGCTGCAATGGTTGGATCCTTGCACCCAACACCAATTGCTAEST: gi|66924050|gb|CX110898.1|CX110898
genomic: GCAGAATGAGGCTGGTTATGGCAAGATGGGCATATGCGGGCTCAGCATGGgtatgtaatt ... aattacatagGTGGTGTACATGCTGCAATGGTTGGATCCTTGCACCCAACACCAATTGCTA
EST: GCAGAATGAGGCTGGTTATGGCAAGATGGGCATATGCGGGCTCAGCATGG GTGGTGTACATGCTGCAATGGTTGGATCCTTGCACCCAACACCAATTGCTAEST: gi|58682770|gb|CK071457.1|CK071457
genomic: GCAGAATGAGGCTGGTTATGGCAAGATGGGCATATGCGGGCTCAGCATGGgtatgtaatt ... aattacatagGTGGTGTACATGCTGCAATGGTTGGATCCTTGCACCCAACACCAATTGCTA
EST: GCAGAATGAGGCTGGTTATGGCAAGATGGGCATATGCGGGCTCAGCATGG GTGGTGTACATGCTGCAATGGTTGGATCCTTGCACCCAACACCAATTGCTAEST: gi|33658586|gb|CF281199.1|CF281199
genomic: GCAGAATGAGGCTGGTTATGGCAAGATGGGCATATGCGGGCTCAGCATGGgtatgtaatt ... aattacatagGTGGTGTACATGCTGCAATGGTTGGATCCTTGCACCCAACACCAATTGCTA
EST: GCAGAATGAGGCTGGTTATGGCAAGATGGGCATATGCGGGCTCAGCATGG GTGGTGTACATGCTGCAATGGTTGGATCCTTGCACCCAACACCAATTGCTA
genomic: GCAGAATGAGGCTGGTTATGGCAAGATGGGCATATGCGGGCTCAGCATGGgtatgtaatt ... aattacatagGTGGTGTACATGCTGCAATGGTTGGATCCTTGCACCCAACACCAATTGCTA
tctacatatgaaaattgctgttatttcttacaagcgtctcatgctaattacatagGTGGTGTACATGCTGCAATGGTTGGATCCTTGCACCCAACACCAATTGCTACGCTGCCATTTCTTGCTCCGCATTCTGCTGTGGTGCCTTTCTGTGACGG
tgctaat putative branch site (score: 5)
atatgaaaatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gctttttttgggaaaaaactttatcttgacagtagttaagtaccatctacatatgaaaattgctgttatttcttacaagcgtctcatgctaattacatagGTGGTGTACATGCTGCAATGGTTGGATCCTTGCACCCAACACCAATTGCTACGCTGCCATTTCTTGCTCCGCATTCTGCTGTGGTGCCTTTCTGTGACGG
- - - - - -gaaaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -catctac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - attgctg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tcatgct