Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtacgctgtttctttttattacacacatgatttgtccttgagcagtgtgtactaaatctaaacttatttctcatgtaagtacagTCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGCAAGCAGATTGCAGCCGTGGTGATTTTTGGGGTGCTGTTTAGGTCGGGAGAACCG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os02g06770.1
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88553448|gb|CI483562.1|CI483562
EST:     ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGAT                         TCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGCAAGCA
genomic: ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGATgtaagtacgc ... gtaagtacagTCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGCAAGCA
EST: gi|163925821|gb|EG709617.1|EG709617
EST:     ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGAT                         TCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGCAAGCA
genomic: ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGATgtaagtacgc ... gtaagtacagTCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGCAAGCA
EST: gi|88543595|gb|CI473616.1|CI473616
EST:     ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGAT                         TCTGCNCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGCAAGCA
genomic: ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGATgtaagtacgc ... gtaagtacagTCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGCAAGCA
EST: gi|163926082|gb|EG711810.1|EG711810
EST:     ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGAT                         TCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGCAAGCA
genomic: ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGATgtaagtacgc ... gtaagtacagTCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGCAAGCA
EST: gi|88480413|gb|CI417684.1|CI417684
EST:     ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGAT                         TCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGCAAGCA
genomic: ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGATgtaagtacgc ... gtaagtacagTCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGCAAGCA
EST: gi|88560675|gb|CI491361.1|CI491361
EST:     ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGAT                         TCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGCAAGCA
genomic: ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGATgtaagtacgc ... gtaagtacagTCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGCAAGCA
EST: gi|88479926|gb|CI417197.1|CI417197
EST:     ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGAT                         TCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGCAAGCA
genomic: ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGATgtaagtacgc ... gtaagtacagTCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGCAAGCA
EST: gi|88538683|gb|CI467735.1|CI467735
EST:     ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGAT                         TCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGCAAGCA
genomic: ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGATgtaagtacgc ... gtaagtacagTCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGCAAGCA
EST: gi|88502480|gb|CI429986.1|CI429986
EST:     ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGAT                         TCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGCAAGCA
genomic: ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGATgtaagtacgc ... gtaagtacagTCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGCAAGCA
EST: gi|88478336|gb|CI415607.1|CI415607
EST:     ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGAT                         TCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGCAAGCA
genomic: ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGATgtaagtacgc ... gtaagtacagTCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGCAAGCA
EST: gi|88560174|gb|CI490812.1|CI490812
EST:     ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGAT                         TCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGCAAGCA
genomic: ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGATgtaagtacgc ... gtaagtacagTCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGCAAGCA
EST: gi|88524163|gb|CI452057.1|CI452057
EST:     ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGAT                         TCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGCAAGCA
genomic: ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGATgtaagtacgc ... gtaagtacagTCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGCAAGCA
EST: gi|88556763|gb|CI487114.1|CI487114
EST:     ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGAT                         TCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAANCTGTGGTGCAACCA
genomic: ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGATgtaagtacgc ... gtaagtacagTCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGCAAGCA
EST: gi|88552202|gb|CI482333.1|CI482333
EST:     ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGAT                         TCTGCGCCGGGAGGGTGAACACCAGAGTTGGGCTAAGCTNTGGTGCAAGCA
genomic: ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGATgtaagtacgc ... gtaagtacagTCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGCAAGCA
EST: gi|88542912|gb|CI472271.1|CI472271
EST:     ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGAT                         TCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGCAAGCA
genomic: ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGATgtaagtacgc ... gtaagtacagTCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGCAAGCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atttgtccttgagcagtgtgtactaaatctaaacttatttctcatgtaagtacagTCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGCAAGCAGATTGCAGCCGTGGTGATTTTTGGGGTGCTGTTTAGGTCGGGAGAACCG
                       taaatctaaacttatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaagtacgctgtttctttttattacacacatgatttgtccttgagcagtgtgtactaaatctaaacttatttctcatgtaagtacagTCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGCAAGCAGATTGCAGCCGTGGTGATTTTTGGGGTGCTGTTTAGGTCGGGAGAACCG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGAA