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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gtatccaatagtttggtcaattgcttgacgattaatgtgttgaactgcatatttaacattacatgccattgattctttttctcccaccttttgtgtgcagAACATGGTTTACTACAAACTCTCGCATGTAGATCACCGGATCTCAAATCCAGAACAAAGGATTGCTAGTGATATTCCTAAGTTCTGCTCGGAACTAAGTG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g73530.2
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g73530.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G375807_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
-----gtatccaatagtttggtcaattgcttgacgattaatgtgttgaactgcatatttaacattacatgccattgattctttttctcccaccttttgtgtgcagAACATGGTTTACTACAAACTCTCGCATGTAGATCACCGGATCTCAAATCCAGAACAAAGGATTGCTAGTGATATTCCTAAGTTCTGCTCGGAACTAAGTG
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tctgcatgtttatcagatcc-tccccacctcgccctcctccttgcaggat--catagtaaatcttctatg--atcagatgagttgatttttttccttatattcagAACATGGTGTACTACAAGATCTCACATGTTGATCATCGGATCACAAACCCAGAGCAAAGGATTGCAAGTGACATACCAAAGTTCTGCTCAGAATTAAGTG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgcatatttaacattacatgccattgattctttttctcccaccttttgtgtgcagAACATGGTTTACTACAAACTCTCGCATGTAGATCACCGGATCTCAAATCCAGAACAAAGGATTGCTAGTGATATTCCTAAGTTCTGCTCGGAACTAAGTG
                    ccattgattctttttc  CT-rich tract
     atttaacattacat  TA-rich tract