1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...taatttgtcatgttttctttttttcctctgttataacattgttgtttcagattgtgcttgtttcagatttaatttgtactcttgcttcttttttttccagACAAACGTGATGGTGGAAAACAAATTTCTAACACAACAAATGAAATTAAGGAATCAGATGAATCCGAGGATTCAATCTGTTGGGTTAAGGCTGATGATGA
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g71630.4 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCAGCCGCAGTTCAGGATATCATGGAGCAGCTATCTGCGAACAATTTTTG ACAAACGTGATGGTGGAAAACAAATTTCTAACACAACAAATGAAATTAAGGEST: gi|58694328|gb|CK083015.1|CK083015
genomic: TCAGCCGCAGTTCAGGATATCATGGAGCAGCTATCTGCGAACAATTTTTGgtatgctctg ... ttttttccagACAAACGTGATGGTGGAAAACAAATTTCTAACACAACAAATGAAATTAAGG
EST: TCAGCCGCAGTTCAGGATATCATGGAGCAGCTATCTGCGAACAATTTTTG ACAAACGTGATGGTGGAAAACAAATTTCTAACACAACAAATGAAATTAAGG
genomic: TCAGCCGCAGTTCAGGATATCATGGAGCAGCTATCTGCGAACAATTTTTGgtatgctctg ... ttttttccagACAAACGTGATGGTGGAAAACAAATTTCTAACACAACAAATGAAATTAAGG
ttcagattgtgcttgtttcagatttaatttgtactcttgcttcttttttttccagACAAACGTGATGGTGGAAAACAAATTTCTAACACAACAAATGAAATTAAGGAATCAGATGAATCCGAGGATTCAATCTGTTGGGTTAAGGCTGATGATGA
atttaat putative branch site (score: 4)
tttgtactcttgcttc CT-rich tract
tttcagatttaattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| taatttgtcatgttttctttttttcctctgttataacattgttgtttcagattgtgcttgtttcagatttaatttgtactcttgcttcttttttttccagACAAACGTGATGGTGGAAAACAAATTTCTAACACAACAAATGAAATTAAGGAATCAGATGAATCCGAGGATTCAATCTGTTGGGTTAAGGCTGATGATGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - -tcatgtt
- - - - - - - - - - - - - tctgtta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtttca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtgcttg