Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gcaaggaatttgtacttgtttgccacttctattttatatcttgcataatttgctttgttctttgccataattgttgacatatgcagGATGAATTGTTCTTGGACAAACAAGGTGGTGGCTATTTCAATACTCCTGGAGAAGACCCTTCTGTTCTTCTGCGTGTTAAAGAAGATTATGATGGTGCGG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g70950.2
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58608287|gb|CK036320.1|CK036320
EST:     GTGGTAAGATAGAGTGGCTTATGTGGGCTGCTCACCTTCAAGTCATTCAG                         GATGAATTGTTCTTGGACAAACAAGGTGGTGGCTATTTCAATACTCCTGGA
genomic: GTGGTAAGATAGAGTGGCTTATGTGGGCTGCTCACCTTCAAGTCATTCAGgcaaggaatt ... acatatgcagGATGAATTGTTCTTGGACAAACAAGGTGGTGGCTATTTCAATACTCCTGGA
EST: gi|218481434|gb|FG954232.1|FG954232
EST:     GTGGTAAGATAGAGTGGCTTATGTGGGCTGCTCACCTTCAAGTCATTCAG                         GATGAATTGTTCTTGGACAAACAAGGTGGTGGCTATTTCAATACTCCTGGA
genomic: GTGGTAAGATAGAGTGGCTTATGTGGGCTGCTCACCTTCAAGTCATTCAGgcaaggaatt ... acatatgcagGATGAATTGTTCTTGGACAAACAAGGTGGTGGCTATTTCAATACTCCTGGA
EST: gi|218500544|gb|FG964041.1|FG964041
EST:     GTGGTAAGATAGAGTGGCTTATGTGGGCTGCTCACCTTCAAGTCATTCAG                         GATGAATTGTTCTTGGACAAACAAGGTGGTGGCTATTTCAATACTCCTGGA
genomic: GTGGTAAGATAGAGTGGCTTATGTGGGCTGCTCACCTTCAAGTCATTCAGgcaaggaatt ... acatatgcagGATGAATTGTTCTTGGACAAACAAGGTGGTGGCTATTTCAATACTCCTGGA
EST: gi|86898919|gb|CI296152.1|CI296152
EST:     GTGGTAAGATAGAGTGGCTTATGTGGGCTGCTCACCTTCAAGTCATTCAG                         GATGAATTGTTCTTGGACAAACAAGGTGGTGGCTATTTCAATACTCCTGGA
genomic: GTGGTAAGATAGAGTGGCTTATGTGGGCTGCTCACCTTCAAGTCATTCAGgcaaggaatt ... acatatgcagGATGAATTGTTCTTGGACAAACAAGGTGGTGGCTATTTCAATACTCCTGGA
EST: gi|218485810|gb|FG946182.1|FG946182
EST:     GTGGTAAGATAGAGTGGCTTATGTGGGCTGCTCACCTTCAAGTCATTCAG                         GATGAATTGTTCTTGGACAAACAAGGTGGTGGCTATTTCAATACTCCTG
genomic: GTGGTAAGATAGAGTGGCTTATGTGGGCTGCTCACCTTCAAGTCATTCAGgcaaggaatt ... acatatgcagGATGAATTGTTCTTGGACAAACAAGGTGGTGGCTATTTCAATACTCCTG
EST: gi|58690494|gb|CK079181.1|CK079181
EST:     GTGGTAAGATAGAGTGGCTTATGTGGGCTGCTCACCTTCAAGTCATTCAG                         GATGAATTGTTCTTGGACAAACAAGGTGGTGGCTATTTCAATACTCCTGGA
genomic: GTGGTAAGATAGAGTGGCTTATGTGGGCTGCTCACCTTCAAGTCATTCAGgcaaggaatt ... acatatgcagGATGAATTGTTCTTGGACAAACAAGGTGGTGGCTATTTCAATACTCCTGGA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 48 (upstream exon), 72 (downstream exon)
Score: 14

GGATGATTATGCTTTCCTAATAAACGGGTTGCTGGATCTCTATGAGTATGGTGGTAAGATAGAGTGGCTTATGTGGGCTGCTCACCTTCAAGTCATTCAGgcaaggaatt ... acatatgcagGATGAATTGTTCTTGGACAAACAAGGTGGTGGCTATTTCAATACTCCTGGAGAAGACCCTTCTGTTCTTCTGCGTGTTAAAGAAGATTATGATGGTGCGG




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttttatatcttgcataatttgctttgttctttgccataattgttgacatatgcagGATGAATTGTTCTTGGACAAACAAGGTGGTGGCTATTTCAATACTCCTGGAGAAGACCCTTCTGTTCTTCTGCGTGTTAAAGAAGATTATGATGGTGCGG
                                        tgttgac  putative branch site (score: 14)
                                   ataattgtt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gcaaggaatttgtacttgtttgccacttctattttatatcttgcataatttgctttgttctttgccataattgttgacatatgcagGATGAATTGTTCTTGGACAAACAAGGTGGTGGCTATTTCAATACTCCTGGAGAAGACCCTTCTGTTCTTCTGCGTGTTAAAGAAGATTATGATGGTGCGG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAAG