1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
gtaagtcccttttagatgaatttgtaggttcgcttcacaaaatggtttgccaatatgataatcatacctatttttggatttgcattgtgatcttcaatgcttctttgcagAGAGATGGGACTTACTATGTGACTATGTTGATCATACCAAAGCAAGAAGCAACTGCTCATTCT
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g47262.2 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGAATACAGGCAACAATGTAGAGACTTGTGGAATCCTAGGTGCTTCATTT AGAGATGGGACTTACTATGTGACTATGTTGATCATACCGAAGCAAGAAGCAEST: gi|33658750|gb|CF281363.1|CF281363
genomic: AGAATACAGGCAACAATGTAGAGACTTGTGGAATCCTAGGTGCTTCATTTgtaagtccct ... ttctttgcagAGAGATGGGACTTACTATGTGACTATGTTGATCATACCAAAGCAAGAAGCA
EST: AGAATACAGGCAACAATGTAGAGACTTGTGGAATCCTAGGTGCTTCATTT AGAGATGGGACTTACTATGTGACTATGTTGATCATACCAAAGCAAGAAGCAEST: gi|29670555|gb|CB666830.1|CB666830
genomic: AGAATACAGGCAACAATGTAGAGACTTGTGGAATCCTAGGTGCTTCATTTgtaagtccct ... ttctttgcagAGAGATGGGACTTACTATGTGACTATGTTGATCATACCAAAGCAAGAAGCA
EST: CAACAATGTAGAGACTCGTGGAATCCTAGGTGCTTCATTT AGAGATGGGACTTACTATGTGACTATGTTGATCATACCAAAGCAAGAAGCA
genomic: CAACAATGTAGAGACTTGTGGAATCCTAGGTGCTTCATTTgtaagtccct ... ttctttgcagAGAGATGGGACTTACTATGTGACTATGTTGATCATACCAAAGCAAGAAGCA
tgataatcatacctatttttggatttgcattgtgatcttcaatgcttctttgcagAGAGATGGGACTTACTATGTGACTATGTTGATCATACCAAAGCAAGAAGCAACTGCTCATTCT
tgcttcttt CT-rich tract
tattttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagtcccttttagatgaatttgtaggttcgcttcacaaaatggtttgccaatatgataatcatacctatttttggatttgcattgtgatcttcaatgcttctttgcagAGAGATGGGACTTACTATGTGACTATGTTGATCATACCAAAGCAAGAAGCAACTGCTCATTCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA