1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
...ctttggtatgcaaacaaaccatctgttaaggaattaaggttgcatctgctgcaatgttagcatttttaaagatgtgttgatgtttcattttgttttgcagTATATGAATTCCTTGACGTATTTAACAAGTGAAGCCTTTTCTAATATTCCTGCTGATTTAGTGGTGGATTTGCAAAGGATGCTATCAGTTGATGTAGCAT
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g42950.2 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ACCTGGTTGCTCGTAGACCACTTCTGGATTGCCATAACAATGTGAAAATG TATATGAATTCCTTGACGTATTTAACAAGTGAAGCCTTTTCTAATATTCCTEST: gi|58653744|gb|CK042424.1|CK042424
genomic: ACCTGGTTGCTCGTAGACCACTTCTGGATTGCCATAACAATGTGAAAATGgtatgtcttg ... tgttttgcagTATATGAATTCCTTGACGTATTTAACAAGTGAAGCCTTTTCTAATATTCCT
EST: ACCTGGTTGCTCGTAGACCACTTCTGGATTGCCATAACAATGTGAAAATG TATATGAATTCCTTGACGTATTTAACAAGTGAAGCCTTTTCTAATATTCCT
genomic: ACCTGGTTGCTCGTAGACCACTTCTGGATTGCCATAACAATGTGAAAATGgtatgtcttg ... tgttttgcagTATATGAATTCCTTGACGTATTTAACAAGTGAAGCCTTTTCTAATATTCCT
ctgctgcaatgttagcatttttaaagatgtgttgatgtttcattttgttttgcagTATATGAATTCCTTGACGTATTTAACAAGTGAAGCCTTTTCTAATATTCCTGCTGATTTAGTGGTGGATTTGCAAAGGATGCTATCAGTTGATGTAGCAT
tgttgat putative branch site (score: 16)
tttcattttgtttt CT-rich tract
ttagcatttttaaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ctttggtatgcaaacaaaccatctgttaaggaattaaggttgcatctgctgcaatgttagcatttttaaagatgtgttgatgtttcattttgttttgcagTATATGAATTCCTTGACGTATTTAACAAGTGAAGCCTTTTCTAATATTCCTGCTGATTTAGTGGTGGATTTGCAAAGGATGCTATCAGTTGATGTAGCAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - -gtatgca
- - - - - - - -aaaccat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttgcatc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgctgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gttgatg