1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...ttactgtactagaagggaaaatttgtattgagatattatcttagaatttatttagtccgtgtacagttgtgttaaaattttttcttctaatcaatctcagGCCCAACTCTGATCGGTATCCTACCATATGCTGGACTAAAATTCTATATATATGAAGACCTGAAATCGCGAGTTCCAGAGGATTACAAGAGATCTGTTGT
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g38990.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CAAAACTGTTTACAAGG-A-GAGGCGCACGAGCTTTATACCGTGGAGTAG GCCCAACTCTGATCGGTATCCTACCATATGCTGGACTAAAATTCTATATAT
genomic: CAAAACTGTTTACAAGGAAGGAGGCGCACGAGCTTTATACCGTGGAGTAGgtacgtcctg ... tcaatctcagGCCCAACTCTGATCGGTATCCTACCATATGCTGGACTAAAATTCTATATAT
atttatttagtccgtgtacagttgtgttaaaattttttcttctaatcaatctcagGCCCAACTCTGATCGGTATCCTACCATATGCTGGACTAAAATTCTATATATATGAAGACCTGAAATCGCGAGTTCCAGAGGATTACAAGAGATCTGTTGT
ttctaat putative branch site (score: 19)
ttttttcttctaatc CT-rich tract
ttaaaattttttcttc TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttactgtactagaagggaaaatttgtattgagatattatcttagaatttatttagtccgtgtacagttgtgttaaaattttttcttctaatcaatctcagGCCCAACTCTGATCGGTATCCTACCATATGCTGGACTAAAATTCTATATATATGAAGACCTGAAATCGCGAGTTCCAGAGGATTACAAGAGATCTGTTGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATC
- - - - - - -agggaaaa
- - - - - - - - - - - -tgtattg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ccgtgta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttgtgtt