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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gattttttaggcccttcttatatttagacacacatgcccttgcctaccattctttacagtcctcttatttccaatgttatactgtggttttcccttgcagGTTATACCGATCCTAAATACGGTTAATGTCATATCTTCTGGGTAACTTTGGTACGCTTACTGGTATCAGTGTGCTATTTGATTTATTACTACATTAAGAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g33020.1
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88478239|gb|CI415510.1|CI415510
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EST: gi|88832255|gb|CI017489.1|CI017489
EST:     AATAAGCACCTTGATCAATATGTCAAAACATTGATATGATACTTTTAGAG                         GTTATACCGATCCTAAATACGGTTAATGTCATATCTTCTGGGTAACTTTGG
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EST: gi|88956108|gb|CI092396.1|CI092396
EST:     AATAAGCACCTTGATCAATATGTCAAAACATTGATATGATACTTTTAGAG                         GTTATACCGATCCTAAATACGGTTAATGTCATATCTTCTGGGTAACTTTGG
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EST: gi|88513510|gb|CI441016.1|CI441016
EST:     AATAAGCACCTTGATCAATATGTCAAAACATTGATATGATACTTTTAGAG                         GTTATACCGATCCTAAATACGGTTAATGTCATATCTTCTGGGTAACTTTGG
genomic: AATAAGCACCTTGATCAATATGTCAAAACATTGATATGATACTTTTAGAGgtaattccct ... tcccttgcagGTTATACCGATCCTAAATACGGTTAATGTCATATCTTCTGGGTAACTTTGG
EST: gi|88968596|gb|CI098826.1|CI098826
EST:     AATAAGCACCTTGATCAATATGTCAAAACATTGATATGATAC-TTTAGAG                         GTTATACCGATCCTAAATACGGTTAATGTCATATCTTCTGGGTAACTTTGG
genomic: AATAAGCACCTTGATCAATATGTCAAAACATTGATATGATACTTTTAGAGgtaattccct ... tcccttgcagGTTATACCGATCCTAAATACGGTTAATGTCATATCTTCTGGGTAACTTTGG
EST: gi|88988903|gb|CI040635.1|CI040635
EST:     AATAAGCACCTTGATCAATATGTCAAAACATTGATATGATACTTTTAGAG                         GTTATACCGATCCTAAATACGGTTAATGTCATATCTTCTGGGTAACTTTGG
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EST: gi|86520090|gb|CI160296.1|CI160296
EST:     AATAAGCACCTTGATCAATATGTCAAAACATTGATATGATACTTTTAGAG                         GTTATACCGATCCTAAATACGGTTAATGTCATATCTTCTGGGTAACTTTGG
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EST: gi|87028415|gb|CI263757.1|CI263757
EST:     AATAAGCACCTTGATCAATATGTCAAAACATTGATATGATACTTTTAGAG                         GTTATACCGATCCTAAATACGGTTAATGTCATATCTTCTGGGTAACTTTAG
genomic: AATAAGCACCTTGATCAATATGTCAAAACATTGATATGATACTTTTAGAGgtaattccct ... tcccttgcagGTTATACCGATCCTAAATACGGTTAATGTCATATCTTCTGGGTAACTTTGG
EST: gi|89168502|gb|CI038856.1|CI038856
EST:     AATAAGCACCTTGATCAATATGTCAAAACATTGATATGATACTTTTAGAG                         GTTATACCGATCCTAAATACGGTTAATGTCATATCTTCTGGGTAACTTTGG
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EST: gi|88239868|gb|CI239030.1|CI239030
EST:     AATAAGCACCTTGATCAATATGTCAAAACGTTGATACGATACTTTTAGAG                         GTTATACCGATCCTAAATACGGTTAATGTCATATCTTCTGGGTAACTTTGG
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EST: gi|88479563|gb|CI416834.1|CI416834
EST:     ATAAGCACCTTGATCAATATGGTCAAAACATTGATATGATACTTTTAGAG                         GTTATACCGATCCTAAATACGGTTGATGTCATATCTTCTGGGTAACTTTGG
genomic: ATAAGCACCTTGATCAATAT-GTCAAAACATTGATATGATACTTTTAGAGgtaattccct ... tcccttgcagGTTATACCGATCCTAAATACGGTTAATGTCATATCTTCTGGGTAACTTTGG
EST: gi|86869390|gb|CI339114.1|CI339114
EST:     AATAAGCACCTTGATCAATATGTCAAAACATTGATATGATACTATTAGAG                         GTTATACCGATCCTAAATACGGTTAATGTCATATCTTCTGGGTAACTTTGG
genomic: AATAAGCACCTTGATCAATATGTCAAAACATTGATATGATACTTTTAGAGgtaattccct ... tcccttgcagGTTATACCGATCCTAAATACGGTTAATGTCATATCTTCTGGGTAACTTTGG
EST: gi|86544227|gb|CI184433.1|CI184433
EST:     AATAAGCACCTTGATCAATATGTCAAAACATTGATATGATACTTTTAGAG                         GTTATACCGATCCTAAATACGGTTAATGTCATATCTTCTGGGTAACTTTGG
genomic: AATAAGCACCTTGATCAATATGTCAAAACATTGATATGATACTTTTAGAGgtaattccct ... tcccttgcagGTTATACCGATCCTAAATACGGTTAATGTCATATCTTCTGGGTAACTTTGG
EST: gi|87034968|gb|CI188771.1|CI188771
EST:     AATAAGCACCTTGATCGATATGTCAAAACATTGATATGATACTTTTAGAG                         GTTATACCGATCCTAAATACGGTTAATGTCATATCTTCTGGGTAACTTTGG
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EST: gi|88832263|gb|CI017497.1|CI017497
EST:     AATAAGCACCTTGATCAATATGTCAAAACATTGATATGATACTTTTAGAG                         GTTATACCGATCCTAAATACGGTTAATGTCATATCTTCTGGGTAACTTTGG
genomic: AATAAGCACCTTGATCAATATGTCAAAACATTGATATGATACTTTTAGAGgtaattccct ... tcccttgcagGTTATACCGATCCTAAATACGGTTAATGTCATATCTTCTGGGTAACTTTGG
EST: gi|163928213|gb|EG712541.1|EG712541
EST:     AATAAGCACCTTGATCAATATGTCAAAACATTGATATGATACTTTTAGAG                         GTTATACCGATCCTAAATACGGTTAATGTCATATCTTCTGGGTAACTTTGG
genomic: AATAAGCACCTTGATCAATATGTCAAAACATTGATATGATACTTTTAGAGgtaattccct ... tcccttgcagGTTATACCGATCCTAAATACGGTTAATGTCATATCTTCTGGGTAACTTTGG
EST: gi|86869388|gb|CI339112.1|CI339112
EST:     AATAAGCACCTTGATCAATATGTCAAAACATTGATATGATACTTTTAGAG                         GTTATACCGATCCTAAATACGGTTAATGTCATATCTTCTGGGTAACTTTGG
genomic: AATAAGCACCTTGATCAATATGTCAAAACATTGATATGATACTTTTAGAGgtaattccct ... tcccttgcagGTTATACCGATCCTAAATACGGTTAATGTCATATCTTCTGGGTAACTTTGG
EST: gi|88663760|gb|CI486063.1|CI486063
EST:     AATAAGCACCTTGATCAATATGTCAAAACATTGATATGATACTTTTAGAG                         GTTATACCGATCCTAAATACGGTTAATGTCATATCTTCTGGGTAACTTTGG
genomic: AATAAGCACCTTGATCAATATGTCAAAACATTGATATGATACTTTTAGAGgtaattccct ... tcccttgcagGTTATACCGATCCTAAATACGGTTAATGTCATATCTTCTGGGTAACTTTGG
EST: gi|88424980|gb|CI562295.1|CI562295
EST:     AATAAGCACCTTGATCAATATGTCAAAACATTGATATGATACTTTTAGAG                         GTTATACCGATCCTAAATACGGTTAATGTCATATCTTCTGGGTAACTTTGG
genomic: AATAAGCACCTTGATCAATATGTCAAAACATTGATATGATACTTTTAGAGgtaattccct ... tcccttgcagGTTATACCGATCCTAAATACGGTTAATGTCATATCTTCTGGGTAACTTTGG
EST: gi|9865647|gb|AU101397.1|AU101397
EST:     AATAAGCACCTTGATCAATATGTCAAAACATTGATATGATACTTTTAGAG                         GTTATACCGATCCTAAATACGGTTAATGTCATATCTTCTGGGTAACTTTGG
genomic: AATAAGCACCTTGATCAATATGTCAAAACATTGATATGATACTTTTAGAGgtaattccct ... tcccttgcagGTTATACCGATCCTAAATACGGTTAATGTCATATCTTCTGGGTAACTTTGG
EST: gi|89199179|gb|CI255445.1|CI255445
EST:     AATAAGCACCTTGATCAATATGTCAAAACATTGATATGATACTTTTAGAG                         GTTATACCGATCCTAAATACGGTTAATGTCATATCTTCTGGGTAACTTTGG
genomic: AATAAGCACCTTGATCAATATGTCAAAACATTGATATGATACTTTTAGAGgtaattccct ... tcccttgcagGTTATACCGATCCTAAATACGGTTAATGTCATATCTTCTGGGTAACTTTGG
EST: gi|88982282|gb|CI027859.1|CI027859
EST:     AATAAGCACCTTGATCAATATGTCAAAACATTGATATGATACTTTTAGAG                         GTTATACCGATCCTAAATACGGTTAATGTCATATCTTCTGGGTAACTTTGG
genomic: AATAAGCACCTTGATCAATATGTCAAAACATTGATATGATACTTTTAGAGgtaattccct ... tcccttgcagGTTATACCGATCCTAAATACGGTTAATGTCATATCTTCTGGGTAACTTTGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

accattctttacagtcctcttatttccaatgttatactgtggttttcccttgcagGTTATACCGATCCTAAATACGGTTAATGTCATATCTTCTGGGTAACTTTGGTACGCTTACTGGTATCAGTGTGCTATTTGATTTATTACTACATTAAGAG
                                          ttttcccttgc  CT-rich tract
                           aatgttata  TA-rich tract