1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
gtagccgtcacttgcatcttcctcttttggctcccgaatttacagatggtttgattgttcctttgatactgacatcttgtttctgcaattatggttttcagGCACTGAGGAAGGAACCTTTGACTGTCTATGGTGATGGCAAGCAGACTAGGAGCTTTCAATATGTCTCTGATTTG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g21320.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTCGCATGTGCATTGATGATGGCCGTGTTGTCAGCAACTTTGTTGCTCAG GCACTGAGGAAGGAACCTTTGACTGTCTATGGTGATGGCAAGCAGACTAGGEST: gi|29656946|gb|CB653221.1|CB653221
genomic: CTCGCATGTGCATTGATGATGGCCGTGTTGTCAGCAACTTTGTTGCTCAGgtagccgtca ... tggttttcagGCACTGAGGAAGGAACCTTTGACTGTCTATGGTGATGGCAAGCAGACTAGG
EST: CATGTGCATTGATGATGGCCGTGTTGTCAGCAACTTTGTTGCTCAG GCACTGAGGAAGGAACCTTTGACTGTCTATGGTGATGGCAAGCAGACTAGGEST: gi|29678441|gb|CB674716.1|CB674716
genomic: CATGTGCATTGATGATGGCCGTGTTGTCAGCAACTTTGTTGCTCAGgtagccgtca ... tggttttcagGCACTGAGGAAGGAACCTTTGACTGTCTATGGTGATGGCAAGCAGACTAGG
EST: ATGTGCATTGATGATGGCCGTGTTGTCAGCAACTTTGTTGCTCAG GCACTGAGGAAGGAACCTTTGACTGTCTATGGTGATGGCAAGCAGACTAGGEST: gi|86907161|gb|CI292784.1|CI292784
genomic: ATGTGCATTGATGATGGCCGTGTTGTCAGCAACTTTGTTGCTCAGgtagccgtca ... tggttttcagGCACTGAGGAAGGAACCTTTGACTGTCTATGGTGATGGCAAGCAGACTAGG
EST: CTCGCATGTGCATTGATGATGGCCGTGTTGTCAGCAACTTTGTTGCTCAG GCACTGAGGAAGGAACCTTTGACTGTCTATGGTGATGGCAAGCAGACTAGGEST: gi|86493952|gb|CI136585.1|CI136585
genomic: CTCGCATGTGCATTGATGATGGCCGTGTTGTCAGCAACTTTGTTGCTCAGgtagccgtca ... tggttttcagGCACTGAGGAAGGAACCTTTGACTGTCTATGGTGATGGCAAGCAGACTAGG
EST: CTCGCATGTGCATTGATGATGNCCGTGTTGTCAGCAACTTTGTTGCTCAG GCACTGAGGAAGGAACCTTTGACTGTCTATGGTGATGGCAAGCAGACTAGGEST: gi|29656945|gb|CB653220.1|CB653220
genomic: CTCGCATGTGCATTGATGATGGCCGTGTTGTCAGCAACTTTGTTGCTCAGgtagccgtca ... tggttttcagGCACTGAGGAAGGAACCTTTGACTGTCTATGGTGATGGCAAGCAGACTAGG
EST: CTCGCATGTGCATTGATGATGGCCGTGTTGTCAGCAACTTTGTTGCTCAG GCACTGAGGAAGGAACCTTTGACTGTCTATGGTGATGGCAAGCAGACTAGGEST: gi|29670681|gb|CB666956.1|CB666956
genomic: CTCGCATGTGCATTGATGATGGCCGTGTTGTCAGCAACTTTGTTGCTCAGgtagccgtca ... tggttttcagGCACTGAGGAAGGAACCTTTGACTGTCTATGGTGATGGCAAGCAGACTAGG
EST: TGATGATGGCCGTGTTGTCAGCAACTTTGTTGCTCAG GCACTGAGGAAGGAACCTTTGACTGTCTATGGTGATGGCAAGCAGACTAGG
genomic: TGATGATGGCCGTGTTGTCAGCAACTTTGTTGCTCAGgtagccgtca ... tggttttcagGCACTGAGGAAGGAACCTTTGACTGTCTATGGTGATGGCAAGCAGACTAGG
tggtttgattgttcctttgatactgacatcttgtttctgcaattatggttttcagGCACTGAGGAAGGAACCTTTGACTGTCTATGGTGATGGCAAGCAGACTAGGAGCTTTCAATATGTCTCTGATTTG
tactgac putative branch site (score: 50)
ttttc putative PPT
aattat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtagccgtcacttgcatcttcctcttttggctcccgaatttacagatggtttgattgttcctttgatactgacatcttgtttctgcaattatggttttcagGCACTGAGGAAGGAACCTTTGACTGTCTATGGTGATGGCAAGCAGACTAGGAGCTTTCAATATGTCTCTGATTTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT