1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...ctttatgcttacacgatgaccgtgctgtgctgacacattctaggatgctggtagcttgattttttgttcaataagtcagccttaaggaattcttttacagGTTGGATACAGTTGAAGCTGGCAGAGAAAGCCAATCTTGAGATGGCAAGTTCGAAACCAACAGATTTGGTGGAGGAACAAGGTAATCAAAGCGGCGTTGG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g16510.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GAATGTATTGGTTGGATCAGCTCTTGGTGCTGGAATCTGCTTTCCCCTTG GTTGGATACAGTTGAAGCTGGCAGAGAAAGCCAATCTTGAGATGGCAAGTTEST: gi|87028680|gb|CI266079.1|CI266079
genomic: GAATGTATTGGTTGGATCAGCTCTTGGTGCTGGAGTCTGCTTTCCCCTTGgtattactct ... tcttttacagGTTGGATACAGTTGAAGCTGGCAGAGAAAGCCAATCTTGAGATGGCAAGTT
EST: GAATGTATTGGTTGGATCAGCTCTTGGTGCTGGAATCTGCTTTCCCCTTG GTTGGATACAGTTGAAGCTGGCAGAGAAAGCCAATCTTGAGATGGCAAGTT
genomic: GAATGTATTGGTTGGATCAGCTCTTGGTGCTGGAGTCTGCTTTCCCCTTGgtattactct ... tcttttacagGTTGGATACAGTTGAAGCTGGCAGAGAAAGCCAATCTTGAGATGGCAAGTT
tgctggtagcttgattttttgttcaataagtcagccttaaggaattcttttacagGTTGGATACAGTTGAAGCTGGCAGAGAAAGCCAATCTTGAGATGGCAAGTTCGAAACCAACAGATTTGGTGGAGGAACAAGGTAATCAAAGCGGCGTTGG
gcttgat putative branch site (score: 19)
ttcttttac putative PPT
attttttgttcaataa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ctttatgcttacacgatgaccgtgctgtgctgacacattctaggatgctggtagcttgattttttgttcaataagtcagccttaaggaattcttttacagGTTGGATACAGTTGAAGCTGGCAGAGAAAGCCAATCTTGAGATGGCAAGTTCGAAACCAACAGATTTGGTGGAGGAACAAGGTAATCAAAGCGGCGTTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - -tgcttac
- - - - - - - - - - cgtgctg
- - - - - - - - - - - - - -tgctgac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gatgctg