1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
gtaagtggtttgggctactttggacagaattattctttattacctcttcaaactatagatttgactaatgttagatcttttgcttcttatgccaaacagTGTTTGTGGTGCTGCACACAGTCCCAATTCTGTATGAGAAGTATGAAGATCAGATTGACTCATATGGTGAGAAGGGGTGGGTTGAGATTAAGAAACAGTA
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g12650.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GCTTTCTGTTCTTGGAAGCTGCTGCAACTTCTTGACCTTGGTTTATATTG TGTTTGTGGTGCTGCACACAGTCCCAATTCTGTATGAGAAGTATGAAGATCEST: gi|86252124|gb|CI055861.1|CI055861
genomic: GCTTTCTGTTCTTGGAAGCTGCTGCAACTTCTTGACCTTGGTTTATATTGgtaagtggtt ... tgccaaacagTGTTTGTGGTGCTGCACACAGTCCCAATTCTGTATGAGAAGTATGAAGATC
EST: GCTTTCTGTTCTTGGAAGCTGCTGCAACTTCTTGACCTTGGTTTATATTG TGTTTGTGGTGCTGCACACAGTCCCAATTCTGTATGAGAAGTATGAAGATCEST: gi|109711774|gb|CI028944.1|CI028944
genomic: GCTTTCTGTTCTTGGAAGCTGCTGCAACTTCTTGACCTTGGTTTATATTGgtaagtggtt ... tgccaaacagTGTTTGTGGTGCTGCACACAGTCCCAATTCTGTATGAGAAGTATGAAGATC
EST: GTTCTTGGAAGCTGCTGCAACTTCTTGACCTTGGTTTATATTG TGTTTGTGGTGCTGCACACAGTCCCAATTCTGTATGAGAAGTATGAAGATCEST: gi|86484629|gb|CI127262.1|CI127262
genomic: GTTCTTGGAAGCTGCTGCAACTTCTTGACCTTGGTTTATATTGgtaagtggtt ... tgccaaacagTGTTTGTGGTGCTGCACACAGTCCCAATTCTGTATGAGAAGTATGAAGATC
EST: ACCTTGGTTTATATTG TGTTTGTGGTGCTGCACACAGTCCCAATTCTGTATGAGAAGTATGAAGATCEST: gi|55827435|gb|AU030294.2|AU030294
genomic: ACCTTGGTTTATATTGgtaagtggtt ... tgccaaacagTGTTTGTGGTGCTGCACACAGTCCCAATTCTGTATGAGAAGTATGAAGATC
EST: TTGGAAGCTGCTGCAACTTCTTGACCTTGGTTTATATTG TGTTTGTGGTGCTGCACACAGTTCCAATTCTGTATGAGAAGTATGAAGATCEST: gi|10930586|gb|AU160860.1|AU160860
genomic: TTGGAAGCTGCTGCAACTTCTTGACCTTGGTTTATATTGgtaagtggtt ... tgccaaacagTGTTTGTGGTGCTGCACACAGTCCCAATTCTGTATGAGAAGTATGAAGATC
EST: GCTTTCTGTTCTTGGAAGCTGCTGCAACTTCTTGACCTTGGTTTATATTG TGTTTGTGGTGCTGCACACAGTCCCAATTCTGTATGAGAAGTATGAAGATCEST: gi|88844756|gb|CI021331.1|CI021331
genomic: GCTTTCTGTTCTTGGAAGCTGCTGCAACTTCTTGACCTTGGTTTATATTGgtaagtggtt ... tgccaaacagTGTTTGTGGTGCTGCACACAGTCCCAATTCTGTATGAGAAGTATGAAGATC
EST: CCTTGGTTTATATTG TGTTTGTGGTGCTGCACACAGTCCCCATTCTGTATGAGAAGTATGAAGATCEST: gi|88844688|gb|CI021263.1|CI021263
genomic: CCTTGGTTTATATTGgtaagtggtt ... tgccaaacagTGTTTGTGGTGCTGCACACAGTCCCAATTCTGTATGAGAAGTATGAAGATC
EST: GCTTTCTGTTCTTGGAAGCTGCTGCAACTTCTTGACCTTGGTTTATATTG TGTTTGTGGTGCTGCACACAGTCCCAATTCTGTATGAGAAGTATGAAGATCEST: gi|8856546|gb|AU093864.1|AU093864
genomic: GCTTTCTGTTCTTGGAAGCTGCTGCAACTTCTTGACCTTGGTTTATATTGgtaagtggtt ... tgccaaacagTGTTTGTGGTGCTGCACACAGTCCCAATTCTGTATGAGAAGTATGAAGATC
EST: GCTTCCTGTTCTTGGAAGCTGCTNCAACTTCTTGACCTTGGTTTATATTG TGTTTGTGGTNCTGCACACAGTCCCAATTCTGTATGAGAAGTATGAAGANCEST: gi|15852128|gb|BI804924.1|BI804924
genomic: GCTTTCTGTTCTTGGAAGCTGCTGCAACTTCTTGACCTTGGTTTATATTGgtaagtggtt ... tgccaaacagTGTTTGTGGTGCTGCACACAGTCCCAATTCTGTATGAGAAGTATGAAGATC
EST: CTTTCTGTTCTTGGAA-CTGCTGCAACTTCTTGACC-TGGTTTTATATTG TGTTTGTGGTGCTGCACACAGTCCCCATTCTGTATGAGAAGTATGAAGATEST: gi|86508381|gb|CI151014.1|CI151014
genomic: CTTTCTGTTCTTGGAAGCTGCTGCAACTTCTTGACCTTGG-TTTATATTGgtaagtggtt ... tgccaaacagTGTTTGTGGTGCTGCACACAGTCCCAATTCTGTATGAGAAGTATGAAGAT
EST: GCTTTCTGTTCTTGGAAGCTGCTGCAACTTCTTGACCTTGGTTTATATTG TGTTTGTGGTGCTGCACACAGTCCCAATTCTGTATGAGAAGTATGAAGATCEST: gi|86508019|gb|CI150652.1|CI150652
genomic: GCTTTCTGTTCTTGGAAGCTGCTGCAACTTCTTGACCTTGGTTTATATTGgtaagtggtt ... tgccaaacagTGTTTGTGGTGCTGCACACAGTCCCAATTCTGTATGAGAAGTATGAAGATC
EST: GCTTTCTGTTCTTGGAAGCTGCTGCAACTTCTTGACCTTGGTTTATATTG TGTTTGTGGTGCTGCACACAGTCCCAATTCTGTATGAGAAGTATGAAGATCEST: gi|58601741|gb|CK012269.1|CK012269
genomic: GCTTTCTGTTCTTGGAAGCTGCTGCAACTTCTTGACCTTGGTTTATATTGgtaagtggtt ... tgccaaacagTGTTTGTGGTGCTGCACACAGTCCCAATTCTGTATGAGAAGTATGAAGATC
EST: GCTTTCTGTTCTTGGAAGCTGCTGCAACTTCTTGACCTTGGTTTATATAG TGTGTGTGGTGCTGCACACAGTCCCAATTCTGTATGAGAAGTATGAAGATCEST: gi|88839430|gb|CI005218.1|CI005218
genomic: GCTTTCTGTTCTTGGAAGCTGCTGCAACTTCTTGACCTTGGTTTATATTGgtaagtggtt ... tgccaaacagTGTTTGTGGTGCTGCACACAGTCCCAATTCTGTATGAGAAGTATGAAGATC
EST: GCTTTCTGTTCTTGGAAGCTGCTGCAACTTCTTGACCTTGGTTTATATTG TGTTTGTGGTGCTGCACACAGTCCCAATTCTGTATGAGAAGTATGAAGATCEST: gi|86434197|gb|CI094540.1|CI094540
genomic: GCTTTCTGTTCTTGGAAGCTGCTGCAACTTCTTGACCTTGGTTTATATTGgtaagtggtt ... tgccaaacagTGTTTGTGGTGCTGCACACAGTCCCAATTCTGTATGAGAAGTATGAAGATC
EST: GCTTTCTGTTCTTGGAAGCTGCTGCAACTTCTTGACCTTGGTTTATATTG TGTTTGTGGTGCTGCACACAGTCCCAATTCTGTATGAGAAGTATGAAGATC
genomic: GCTTTCTGTTCTTGGAAGCTGCTGCAACTTCTTGACCTTGGTTTATATTGgtaagtggtt ... tgccaaacagTGTTTGTGGTGCTGCACACAGTCCCAATTCTGTATGAGAAGTATGAAGATC
tcttcaaactatagatttgactaatgttagatcttttgcttcttatgccaaacagTGTTTGTGGTGCTGCACACAGTCCCAATTCTGTATGAGAAGTATGAAGATCAGATTGACTCATATGGTGAGAAGGGGTGGGTTGAGATTAAGAAACAGTA
gactaat putative branch site (score: 42)
tcttttgcttcttat putative PPT
tatagattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagtggtttgggctactttggacagaattattctttattacctcttcaaactatagatttgactaatgttagatcttttgcttcttatgccaaacagTGTTTGTGGTGCTGCACACAGTCCCAATTCTGTATGAGAAGTATGAAGATCAGATTGACTCATATGGTGAGAAGGGGTGGGTTGAGATTAAGAAACAGTA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA