1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
...taaatttattgcaagaaattaatttctttagttttgggggtggtaactgcttgtgtttcatggctgtgttttgagtttttgcaactgcttttttcttaagGTTGGAAGGATCAAGCAGAAACGTGGCTACAAAGACCAGTGGCCCTGGAACATAAAGATCTATACTGATGACTCTGGAAAGAATAAAGGAGATGCCTGCC
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g07070.4 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTGATGTGACTGTTGAGGAACTGCAAGAACTATTTGGAGGAATCGGCCAG GTTGGAAGGATCAAGCAGAAACGTGGCTACAAAGACCAGTGGCCCTGGAAC
genomic: CTGATGTGACTGTTGAGGAACTGCAAGAACTATTTGGAGGAATCGGCCAGgtatactttg ... ttttcttaagGTTGGAAGGATCAAGCAGAAACGTGGCTACAAAGACCAGTGGCCCTGGAAC
actgcttgtgtttcatggctgtgttttgagtttttgcaactgcttttttcttaagGTTGGAAGGATCAAGCAGAAACGTGGCTACAAAGACCAGTGGCCCTGGAACATAAAGATCTATACTGATGACTCTGGAAAGAATAAAGGAGATGCCTGCC
tggtaac putative branch site (score: 27)
ctgcttttttctt putative PPT
ttttttcttaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| taaatttattgcaagaaattaatttctttagttttgggggtggtaactgcttgtgtttcatggctgtgttttgagtttttgcaactgcttttttcttaagGTTGGAAGGATCAAGCAGAAACGTGGCTACAAAGACCAGTGGCCCTGGAACATAAAGATCTATACTGATGACTCTGGAAAGAATAAAGGAGATGCCTGCC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - -caagaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aactgct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctgcttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgtttca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tggctgt