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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgtcttttctacccgtatcatgttcttttgctaatgatttatatgcgagtgctaatatttttgcaaaatggccagGAACTTGCTGTGGCACACTCTGTAGTCTCTGAGCAAGTAGTTGCTCCTGGCGGGATTTCTCAGCAGCCAACGCAGCAACTCCAGATTTCATACTTCTCAA

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os10g40780.3
intron # 39
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58612277|gb|CK039989.1|CK039989
EST:     GCTTGCTAAAGGGAGATGATTTGACCGACCGCTTTTACCATATTCTCACG                         GAACTTGCTGTGGCACACTCTGTAGTCTCTG
genomic: GCTTGCTAAAGGGAGATGATTTGACCGACCGCTTTTACCATATTCTCACGgtgtcttttc ... aaatggccagGAACTTGCTGTGGCACACTCTGTAGTCTCTG
EST: gi|29615806|gb|CB620818.1|CB620818
EST:     GCTTGCTAAAGGGAGATGATTTGACCGACCGCTTTTACCATATTCTCACG                         GAACTTGCTGTGGCACACTCTGTAGTCTCTGAGCAAGTAGTTGCTCCTGGC
genomic: GCTTGCTAAAGGGAGATGATTTGACCGACCGCTTTTACCATATTCTCACGgtgtcttttc ... aaatggccagGAACTTGCTGTGGCACACTCTGTAGTCTCTGAGCAAGTAGTTGCTCCTGGC
EST: gi|29629737|gb|CB634746.1|CB634746
EST:     GCTTGCTAAAGGGAGATGATTTGACCGACCGCTTTTACCATATTCTCACG                         GAACTTGCTGTGGCACACTCTGTAGTCTCTGAGCAAGTAGTTGCTCCTGGC
genomic: GCTTGCTAAAGGGAGATGATTTGACCGACCGCTTTTACCATATTCTCACGgtgtcttttc ... aaatggccagGAACTTGCTGTGGCACACTCTGTAGTCTCTGAGCAAGTAGTTGCTCCTGGC
EST: gi|58604721|gb|CK015249.1|CK015249
EST:     GCTTGCTAAAGGGAGATGATTTGACCGACCGCTTTTACCATATTCTCACG                         GAACTTGCTGTG
genomic: GCTTGCTAAAGGGAGATGATTTGACCGACCGCTTTTACCATATTCTCACGgtgtcttttc ... aaatggccagGAACTTGCTGTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgttcttttgctaatgatttatatgcgagtgctaatatttttgcaaaatggccagGAACTTGCTGTGGCACACTCTGTAGTCTCTGAGCAAGTAGTTGCTCCTGGCGGGATTTCTCAGCAGCCAACGCAGCAACTCCAGATTTCATACTTCTCAA
                             tgctaat  putative branch site (score: 2)
                                taatatttttgcaaaa  TA-rich tract