Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   		35  
 5'  3'   		36  
 5'  3'   		37  
 5'  3'   		38  
 5'  3'   		39  
 5'  3'   		40  
 5'  3'   
41  
 5'  3'   		42  
 5'  3'   		43  
 5'  3'   		44  
 5'  3'   		45  
 5'  3'   		46  
 5'  3'   		47  
 5'  3'   		48  
 5'  3'   		49  
 5'  3'   		50  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...taaaagtattgacctctaaatgtgttgatgttacatattattgactttgaaattaacctatattcatggaaagctaatgcattatttggatgatgcacagGTCGCAGTATCATTCTCTGAATGGTGTAATATATGCGATCATCCCACTATGGGTGATTCAGCATACACTCATTACATTGTGAAGCTGCAACAGGATGGCT

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os10g40780.1
intron # 39
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58679307|gb|CK067994.1|CK067994
EST:     GTTGGTTTTCAGGAGAAG                         GTCGCAGTATCATTCTCTGAATGGTGTAATATATGCGATCGTCCCACTATG
genomic: GTTGGTTTTCAGGAGAAGgttagttgta ... tgatgcacagGTCGCAGTATCATTCTCTGAATGGTGTAATATATGCGATCATCCCACTATG
EST: gi|58612277|gb|CK039989.1|CK039989
EST:     ATAATGCTAATGATGTTGCGTTCACTGATGCTGTTGGTTTTCAGGAGAAG                         GTCGCAGTATCATTCTCTGAATGGTGTAGTGTATGCGATCATCCCACTATG
genomic: ATAATGCTAATGATGTTGCGTTCACTGATGCTGTTGGTTTTCAGGAGAAGgttagttgta ... tgatgcacagGTCGCAGTATCATTCTCTGAATGGTGTAATATATGCGATCATCCCACTATG
EST: gi|29616067|gb|CB621079.1|CB621079
EST:     ATAATGCTAATGATGTTGCGTTCACTGATGCTGTTGGTTTTCAGGAGAAG                         GTCGCAGTATCATTCTCTGAATGGTGTAATATATGCGATCATCCCACTATG
genomic: ATAATGCTAATGATGTTGCGTTCACTGATGCTGTTGGTTTTCAGGAGAAGgttagttgta ... tgatgcacagGTCGCAGTATCATTCTCTGAATGGTGTAATATATGCGATCATCCCACTATG
EST: gi|58672311|gb|CK060997.1|CK060997
EST:     ATAATGCTAATGATGTTGCGTTCACTGATGCTGTTGGTTTTCAGGAGAAG                         GTCGCAGTATCATTCTCTGAATGGTGTAATATATGCGATCATCCCACTATG
genomic: ATAATGCTAATGATGTTGCGTTCACTGATGCTGTTGGTTTTCAGGAGAAGgttagttgta ... tgatgcacagGTCGCAGTATCATTCTCTGAATGGTGTAATATATGCGATCATCCCACTATG
EST: gi|29615806|gb|CB620818.1|CB620818
EST:     ATAATGCTAATGATGTTGCGTTCACTGATGCTGTTGGTTTTCAGGAGAAG                         GTCGCAGTATCATTCTCTGAATGGTGTAATATATGCGATCATCCCACTATG
genomic: ATAATGCTAATGATGTTGCGTTCACTGATGCTGTTGGTTTTCAGGAGAAGgttagttgta ... tgatgcacagGTCGCAGTATCATTCTCTGAATGGTGTAATATATGCGATCATCCCACTATG
EST: gi|29629737|gb|CB634746.1|CB634746
EST:     ATAATGCTAATGATGTTGCGTTCACTGATGCTGTTGGTTTTCAGGAGAAG                         GTCGCAGTATCATTCTCTGAATGGTGTAATATATGCGATCATCCCACTATG
genomic: ATAATGCTAATGATGTTGCGTTCACTGATGCTGTTGGTTTTCAGGAGAAGgttagttgta ... tgatgcacagGTCGCAGTATCATTCTCTGAATGGTGTAATATATGCGATCATCCCACTATG
EST: gi|29674318|gb|CB670593.1|CB670593
EST:     ATAATGCTAATGATGTTGCGTTCACTGATGCTGTTGGTTTTCAGGAGAAG                         GTCGCAGTATCATTCTCTGAATGGTGTAATATATGCGATCATCCCACTATG
genomic: ATAATGCTAATGATGTTGCGTTCACTGATGCTGTTGGTTTTCAGGAGAAGgttagttgta ... tgatgcacagGTCGCAGTATCATTCTCTGAATGGTGTAATATATGCGATCATCCCACTATG
EST: gi|58604721|gb|CK015249.1|CK015249
EST:     ATAATGCTAATGATGTTGCGTTCACTGATGCTGTTGGTTTTCAGGAGAAG                         GTCGCAGTATCATTCTCTGAATGGTGTAATATATGCGATCATCCCACTATG
genomic: ATAATGCTAATGATGTTGCGTTCACTGATGCTGTTGGTTTTCAGGAGAAGgttagttgta ... tgatgcacagGTCGCAGTATCATTCTCTGAATGGTGTAATATATGCGATCATCCCACTATG
EST: gi|58672055|gb|CK060741.1|CK060741
EST:     ATAATGCTAATGATGTTGCGTTCACTGATGCTGTTGGTTTTCAGGAGAAG                         GTCGCAGTATCATTCTCTGAATGGTGTAATATATGCGATCATCCCACTA
genomic: ATAATGCTAATGATGTTGCGTTCACTGATGCTGTTGGTTTTCAGGAGAAGgttagttgta ... tgatgcacagGTCGCAGTATCATTCTCTGAATGGTGTAATATATGCGATCATCCCACTA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttgaaattaacctatattcatggaaagctaatgcattatttggatgatgcacagGTCGCAGTATCATTCTCTGAATGGTGTAATATATGCGATCATCCCACTATGGGTGATTCAGCATACACTCATTACATTGTGAAGCTGCAACAGGATGGCT
     aattaacctatatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
taaaagtattgacctctaaatgtgttgatgttacatattattgactttgaaattaacctatattcatggaaagctaatgcattatttggatgatgcacagGTCGCAGTATCATTCTCTGAATGGTGTAATATATGCGATCATCCCACTATGGGTGATTCAGCATACACTCATTACATTGTGAAGCTGCAACAGGATGGCT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGGATG
- - - - - - - - - - - -gttgatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -attcatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - atgcatt