Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   		35  
 5'  3'   		36  
 5'  3'   		37  
 5'  3'   		38  
 5'  3'   		39  
 5'  3'   		40  
 5'  3'   
41  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacacttccttttaacaatgtacagttgcagtacaatcagtaacataacaatttggtttggtgtaacagGTTTTGATTGCATTTGCAAATGCATTCCATGCACTGCAACCCTTGAGAATTCCTTCCTGGAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os03g01240.1
intron # 34
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os03g01240.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 34
lower sequence: GRMZM5G862538_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
----gta-cacttccttttaacaat---gtacagttgcagtacaatcagtaacataacaatttggtttggtgtaacagGTTTTGATTGCATTTGCAAATGCATTCCATGCACTGCAACCCTTGAGAATTCCTTCCTGGAG
    | | | ||  || |  | | |    |||  ||   |  | ||| || | |||  ||| | | | || |  ||||||||||| ||||||||| |||||||||||    || |||||||||||| ||||| |||||||
gtatgcatcgctagctatgtatagtttaatacttttattggtccatctgtgatatagtaatattgatcggcg--acagGTTTTGACTGCATTTGCCAATGCATTCCACTTGCTACAACCCTTGAGAGTTCCTGCCTGGAG

upper sequence: LOC_Os03g01240.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 34
lower sequence: GRMZM2G461496_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 6
----gta-cacttccttttaacaat---gtacagttgcagtacaatcagtaacataacaatttggtttggtgtaacagGTTTTGATTGCATTTGCAAATGCATTCCATGCACTGCAACCCTTGAGAATTCCTTCCTGGAG--------------------------------------
    | | | ||  || |  | | |    |||  ||   |  | ||| || | |||  ||| | | | || |  ||||||||||| ||||||||| |||||||||||    || |||||||||||| ||||| |||||||                                      
gtatgcatcgctagctatgtatagtttaatacttttattggtccatctgtgatatagtaatattgatcggcg--acagGTTTTGACTGCATTTGCCAATGCATTCCACTTGCTACAACCCTTGAGAGTTCCTGCCTGGAGGTCTGTCCATCATTTTGGTCTACTTATGAATTTACCTT

upper sequence: LOC_Os03g01240.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 34
lower sequence: GRMZM2G065130_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 6
gtacacttccttttaacaatgt--------acagttgcagtacaatcagt-----aacataacaatttggtttggtgtaacagGTTTTGATTGCATTTGCAAATGCATTCCATGCACTGCAACCCTTGAGAATTCCTTCCTGGAG
|||||| || ||  |    |||        ||  ||   ||   ||| ||     || |||||||| | | ||||||  | ||||||||| |||||||||||||||||||||    || |||||||||||| ||||| |||||||
gtacacatcgttagatatgtgtggtttaatacttttattgtgacatctgtgatataatataacaatattgattggtg--atagGTTTTGACTGCATTTGCAAATGCATTCCACATGCTACAACCCTTGAGAGTTCCTGCCTGGAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

acaatgtacagttgcagtacaatcagtaacataacaatttggtttggtgtaacagGTTTTGATTGCATTTGCAAATGCATTCCATGCACTGCAACCCTTGAGAATTCCTTCCTGGAG
                          taacataacaattt  TA-rich tract