Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...taactgttggtttccgaggtttctgtctaggtgttctattttgaccacttttaatatcctcctgttccacatccgtcacacgtgactccatttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACGGATCAGAGGGAAACTTGTGCCAAGGTTTACTTTTAACATCATTAAGGTG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os04g51610.1
intron # 33
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|113930978|gb|DQ884075.1|DQ884075
EST:     GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|88454788|gb|CI511760.1|CI511760
EST:     GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATTTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAC                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACCCTGATCACAGCGATTTATGAAGCTACG
genomic: GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|88563740|gb|CI494457.1|CI494457
EST:     GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|86514508|gb|CI157141.1|CI157141
EST:     GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|88287274|gb|CI502631.1|CI502631
EST:     GGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: GGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|33679973|gb|CF308212.1|CF308212
EST:     GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|88908814|gb|CI714956.1|CI714956
EST:     GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|25806928|gb|CA762889.1|CA762889
EST:     GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|88675260|gb|CI727375.1|CI727375
EST:     GAGAACATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGCAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|88465476|gb|CI520028.1|CI520028
EST:     GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|29685708|gb|CB681983.1|CB681983
EST:     GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|88670519|gb|CI724635.1|CI724635
EST:     GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|86520016|gb|CI160222.1|CI160222
EST:     GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|87027607|gb|CI272372.1|CI272372
EST:     GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAG-TACG
genomic: GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|88672065|gb|CI726181.1|CI726181
EST:     GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCANAGCGATGTATGAACCTACG
genomic: GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|88668585|gb|CI719542.1|CI719542
EST:     GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|86518067|gb|CI158273.1|CI158273
EST:     GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|88413135|gb|CI523696.1|CI523696
EST:     GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|87008601|gb|CI315059.1|CI315059
EST:     GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|88520187|gb|CI447841.1|CI447841
EST:     GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|88418859|gb|CI506620.1|CI506620
EST:     ATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: ATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|33679974|gb|CF308213.1|CF308213
EST:     GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|88461179|gb|CI507235.1|CI507235
EST:     GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATTTTTCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATNACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|88292990|gb|CI507768.1|CI507768
EST:     AGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACNCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: AGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|29636718|gb|CB641727.1|CB641727
EST:     GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|88464863|gb|CI512168.1|CI512168
EST:     TTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: TTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|88561746|gb|CI492463.1|CI492463
EST:     GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGNTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|88670760|gb|CI724876.1|CI724876
EST:     GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|88562876|gb|CI493593.1|CI493593
EST:     GAAACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTNCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|88565673|gb|CI496390.1|CI496390
EST:     AGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: AGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|86889479|gb|CI317279.1|CI317279
EST:     GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|88564503|gb|CI495220.1|CI495220
EST:     GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|15855986|gb|BI808798.1|BI808798
EST:     GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|88906188|gb|CI375260.1|CI375260
EST:     GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTAC
genomic: GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTG-CTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTAC
EST: gi|88383257|gb|CI540670.1|CI540670
EST:     GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|88462197|gb|CI511862.1|CI511862
EST:     GGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: GGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|86869526|gb|CI346386.1|CI346386
EST:     GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|29679578|gb|CB675853.1|CB675853
EST:     GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|89165805|gb|CI102895.1|CI102895
EST:     GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTACGAAGCTACG
genomic: GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|29667908|gb|CB664183.1|CB664183
EST:     GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTCCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGCCGCTGATCCCAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|88566446|gb|CI497163.1|CI497163
EST:     GGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATNCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: GGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|88562497|gb|CI493214.1|CI493214
EST:     GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|88434382|gb|CI501808.1|CI501808
EST:     GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATAACGCTGATCACAGCGATTTATGAAGCTACG
genomic: GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|86864770|gb|CI344275.1|CI344275
EST:     GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|88291646|gb|CI537432.1|CI537432
EST:     GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|88287652|gb|CI507542.1|CI507542
EST:     GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACCCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|88462209|gb|CI511874.1|CI511874
EST:     GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATTTTTCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACCCTGATCACANCGATGTATGAAGCTACG
genomic: GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|88566958|gb|CI497675.1|CI497675
EST:     CTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: CTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|88561887|gb|CI492604.1|CI492604
EST:     GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|163928563|gb|EG710872.1|EG710872
EST:     GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|86837156|gb|CI347654.1|CI347654
EST:     GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|86858245|gb|CI271129.1|CI271129
EST:     GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|88276833|gb|CI395996.1|CI395996
EST:     GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|86839057|gb|CI330416.1|CI330416
EST:     GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|86481862|gb|CI124495.1|CI124495
EST:     GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|88287621|gb|CI507511.1|CI507511
EST:     CATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTNCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAA-GGTGATGACGCTGATCACACCGATGTATGAAGNTACG
genomic: CATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|86835264|gb|CI346739.1|CI346739
EST:     GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|89172069|gb|CI721128.1|CI721128
EST:     GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|29688806|gb|CB685081.1|CB685081
EST:     GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|88673496|gb|CI727609.1|CI727609
EST:     GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|88276259|gb|CI396863.1|CI396863
EST:     GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAC                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGGCGATGTATGAAGCTAC
genomic: GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACA-GCGATGTATGAAGCTAC
EST: gi|88292512|gb|CI502757.1|CI502757
EST:     GGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: GGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|88672274|gb|CI726390.1|CI726390
EST:     GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|88562342|gb|CI493059.1|CI493059
EST:     GAGACCATTAGGAGATTTCTGTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGNTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|88973103|gb|CI717632.1|CI717632
EST:     GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|88908488|gb|CI713047.1|CI713047
EST:     GAGAACATTAGGAGATTCCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTAC
genomic: GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGC-TGATCACAGCGATGTATGAAGCTAC
EST: gi|88562892|gb|CI493609.1|CI493609
EST:     GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|88670407|gb|CI724523.1|CI724523
EST:     GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGNTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|88677117|gb|CI731230.1|CI731230
EST:     GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|86883458|gb|CI338037.1|CI338037
EST:     GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCGGCCCAGGAAATAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 73 (upstream exon), 46 (downstream exon)
Score: 11

CTGGCCGTTGGCATTTGTGGGAAAGCTTATCCCTGTCCCAGAGAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACGGATCAGAGGGAAACTTGTGCCAAGGTTTACTTTTAACATCATTAAGGTG




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cacttttaatatcctcctgttccacatccgtcacacgtgactccatttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACGGATCAGAGGGAAACTTGTGCCAAGGTTTACTTTTAACATCATTAAGGTG
   ttttaat  putative branch site (score: 11)
                                        ctccattt  putative PPT
     ttaatat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
taactgttggtttccgaggtttctgtctaggtgttctattttgaccacttttaatatcctcctgttccacatccgtcacacgtgactccatttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACGGATCAGAGGGAAACTTGTGCCAAGGTTTACTTTTAACATCATTAAGGTG

- -ctgttgg
- - - - - - - - - gtttctg