1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...ttcaagtttgttctgtgttttgccgagaattatacatgatgcatgatgagttgatgactgaattgaagaaatttaactgaatttttgtgtttggtttcagAGAAGAGGGAAGATGAAAGAGGAGAGCTTGGTTCAGAGAATGAAGAACAAGCTGCTGGAGGAAGAGAGGCTGCGCAACCCGGTCGCGCAAGGTCTCCCAT
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os12g38790.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGAAGAAGATAGGCGTGACAATCCAGCGTCCTTTCAATCTCAGGACCGAG AGAAGAGGGAAGATGAAAGAGGAGAGCTTGGTTCAGAGAATGAAGAACAAG
genomic: GGAAGAAGATAGGCGTGACAATCCAGCGTCCTTTCAATCTCAGGACCGAGgtagtatgaa ... ttggtttcagAGAAGAGGGAAGATGAAAGAGGAGAGCTTGGTTCAGAGAATGAAGAACAAG
atgagttgatgactgaattgaagaaatttaactgaatttttgtgtttggtttcagAGAAGAGGGAAGATGAAAGAGGAGAGCTTGGTTCAGAGAATGAAGAACAAGCTGCTGGAGGAAGAGAGGCTGCGCAACCCGGTCGCGCAAGGTCTCCCAT
atttaac putative branch site (score: 3)
aagaaatttaactgaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttcaagtttgttctgtgttttgccgagaattatacatgatgcatgatgagttgatgactgaattgaagaaatttaactgaatttttgtgtttggtttcagAGAAGAGGGAAGATGAAAGAGGAGAGCTTGGTTCAGAGAATGAAGAACAAGCTGCTGGAGGAAGAGAGGCTGCGCAACCCGGTCGCGCAAGGTCTCCCAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG
- - - - tgttctg
- - - - - - - - - tttgccg
- - - - - - - - - - - - - - - -atacatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgcatga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gttgatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gaagaaa