1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...tggcaggattaaggcaccatcatttgcctttaatgtactaaaatttcctgattggttcctacacttccagctgatattttcctgcttgctttattggcagATTTTTATTCAGTTTTATCAGGAGGAAGTGCAAGCGAGTCTGATCCAGATACTGCAAGTCAAGTGGCAGATGTTGAAACTGATGAAGATGAAGTGATGTA
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os12g18770.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGAAACTAAGGAGAGGGAAGCACATGGATATGCTAATGGCAGATATAGTG ATTTTTATTCAGTTTTATCAGGAGGAAGTGCAAGCGAGTCTGATCCAGATAEST: gi|88584603|gb|CI702169.1|CI702169
genomic: TGAAACTAAGGAGAGGGAAGCACATGGATATGCTAATGGCAGATATAGTGgttagtaatt ... ttattggcagATTTTTATTCAGTTTTATCAGGAGGAAGTGCAAGCGAGTCTGATCCAGATA
EST: TGAAACTAAGGAGAGGGAAGCACATGGATATGCTAATGGCAGATATAGTG ATTTTTATTCAGTTTTATCAGGAGGAAGTGCAAGCGAGTCTGATCCAGATA
genomic: TGAAACTAAGGAGAGGGAAGCACATGGATATGCTAATGGCAGATATAGTGgttagtaatt ... ttattggcagATTTTTATTCAGTTTTATCAGGAGGAAGTGCAAGCGAGTCTGATCCAGATA
tcctgattggttcctacacttccagctgatattttcctgcttgctttattggcagATTTTTATTCAGTTTTATCAGGAGGAAGTGCAAGCGAGTCTGATCCAGATACTGCAAGTCAAGTGGCAGATGTTGAAACTGATGAAGATGAAGTGATGTA
ttttcctgcttgcttt CT-rich tract
tgatatttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tggcaggattaaggcaccatcatttgcctttaatgtactaaaatttcctgattggttcctacacttccagctgatattttcctgcttgctttattggcagATTTTTATTCAGTTTTATCAGGAGGAAGTGCAAGCGAGTCTGATCCAGATACTGCAAGTCAAGTGGCAGATGTTGAAACTGATGAAGATGAAGTGATGTA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
tggcagg
- - - - - - -gcaccat
- - - - - - - - - - catttgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - actaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctgattg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cctacac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ccagctg