1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' |
gttgaatttacattcctgaaccctcatcatgttgattcttgttgtatggtagaggagcactacgtatgtttcctagacctctgcccatggtaattcatctgctactctgataaatcttcaaatatgatctgttgtccctgttctttcagCAAACCTATTGAACCTGATCGCCTATTTGATTGCCTTCCAAAGCCTCCACGAGCACCAAAAGATGACAATGATGCTGATGGAGGACACACTCACTCTGAA
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os12g06270.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCTGCTCTCAAGATTGAGGAGGAATTCAAGCAGCTGATGACTACATACAG CAAACCTATTGAACCTGATCGCCTATTTGATTGCCTTCCAAAGCCTCCACGEST: gi|33793580|gb|CF322674.1|CF322674
genomic: TCTGCTCTCAAGATTGAGGAGGAATTCAAGCAGCTGATGACTACATACAGgttgaattta ... gttctttcagCAAACCTATTGAACCTGATCGCCTATTTGATTGCCTTCCAAAGCCTCCACG
EST: TCTGCTCTCAAGATTGAGGAGGAATTCAAGCAGCTGATGACTACATACAG CAAACCTATTGAACCTGATCGCCTATTTGATTGCCTTCCAAAGCCTCCACG
genomic: TCTGCTCTCAAGATTGAGGAGGAATTCAAGCAGCTGATGACTACATACAGgttgaattta ... gttctttcagCAAACCTATTGAACCTGATCGCCTATTTGATTGCCTTCCAAAGCCTCCACG
tcatctgctactctgataaatcttcaaatatgatctgttgtccctgttctttcagCAAACCTATTGAACCTGATCGCCTATTTGATTGCCTTCCAAAGCCTCCACGAGCACCAAAAGATGACAATGATGCTGATGGAGGACACACTCACTCTGAA
ctctgat putative branch site (score: 4)
ttgtccctgttctttc putative PPT
ataaatcttcaaatat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gttgaatttacattcctgaaccctcatcatgttgattcttgttgtatggtagaggagcactacgtatgtttcctagacctctgcccatggtaattcatctgctactctgataaatcttcaaatatgatctgttgtccctgttctttcagCAAACCTATTGAACCTGATCGCCTATTTGATTGCCTTCCAAAGCCTCCACGAGCACCAAAAGATGACAATGATGCTGATGGAGGACACACTCACTCTGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA