1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
gtaattgttcccttttgatttggtttgttagatcttatatattgtgtctgtatattagaaatacaaccaatttgatcaaaagatatgacacatgtaggaatttgattcccttactaaagtaccaagaaggaaagatattccatgaacaatagtagtttaacatgatcactttgtatgtctgcagTGTCTTGAGACTATGGACTCCTATGCAACTCTCGTCTTTGCAAAAATTGCTGAGATTAAGCCAGATGAGTTCTGCAAACAGTATGGCCTCTGCAGGGACA
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os12g02094.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGACTATCCTTCATGACACTTGTTCTCAGACATTCTCCTTTGAGCAAAAG TGTCTTGAGACTATGGACTCCTATGCAACTCTCGTCTTTGCAAAAATTGCTEST: gi|33799287|gb|CF325500.1|CF325500
genomic: TGACTATCCTTCATGACACTTGTTCTCAGACATTCTCCTTTGAGCAAAAGgtaattgttc ... atgtctgcagTGTCTTGAGACTATGGACTCCTATGCAACTCTCGTCTTTGCAAAAATTGCT
EST: TGACTATCCTTCATGACACTTGTTCTCAGACATTCTCCTTTGAGCAAAAG TGTCTTGAGACTATGGACTCCTATGCAACTCTCGTCTTTGCAAAAATTGCTEST: gi|33682433|gb|CF310672.1|CF310672
genomic: TGACTATCCTTCATGACACTTGTTCTCAGACATTCTCCTTTGAGCAAAAGgtaattgttc ... atgtctgcagTGTCTTGAGACTATGGACTCCTATGCAACTCTCGTCTTTGCAAAAATTGCT
EST: TGACTATCCTTCATGACACTTGTTCTCAGACATTCTCCTTTGAGCAAAAG TGTCTTGAGACTATGGACTCCTATGCAACTCTCGTCTTTGCAAAAATTGCTEST: gi|33685697|gb|CF313936.1|CF313936
genomic: TGACTATCCTTCATGACACTTGTTCTCAGACATTCTCCTTTGAGCAAAAGgtaattgttc ... atgtctgcagTGTCTTGAGACTATGGACTCCTATGCAACTCTCGTCTTTGCAAAAATTGCT
EST: TGACTATCCTTCATGACACTTGTTCTCAGACATTCTCCTTTGAGCAAAAG TGTCTTGAGACTATGGACTCCTATGCAACTCTCGTCTTTGCAAAAATTGCTEST: gi|33662366|gb|CF293333.1|CF293333
genomic: TGACTATCCTTCATGACACTTGTTCTCAGACATTCTCCTTTGAGCAAAAGgtaattgttc ... atgtctgcagTGTCTTGAGACTATGGACTCCTATGCAACTCTCGTCTTTGCAAAAATTGCT
EST: TGACTATCCTTCATGACACTTGTTCTCAGACATTCTCCTTTGAGCAAAAG TGTCTTGAGACTATGGACTCCTATGCAACTCTCGTCTTTGCAAAAATTGCTEST: gi|33674096|gb|CF302335.1|CF302335
genomic: TGACTATCCTTCATGACACTTGTTCTCAGACATTCTCCTTTGAGCAAAAGgtaattgttc ... atgtctgcagTGTCTTGAGACTATGGACTCCTATGCAACTCTCGTCTTTGCAAAAATTGCT
EST: TGACTATCCTTCATGACACTTGTTCTCAGACATTCTCCTTTGAGCAAAAG TGTCTTGAGACTATGGACTCCTATGCAACTCTCGTCTTTGCAAAAAEST: gi|3759063|gb|C96762.1|C96762
genomic: TGACTATCCTTCATGACACTTGTTCTCAGACATTCTCCTTTGAGCAAAAGgtaattgttc ... atgtctgcagTGTCTTGAGACTATGGACTCCTATGCAACTCTCGTCTTTGCAAAAA
EST: TGACTATCCTTCATGACACTTGTTCTCAGACATTCTCCTTTGAGCAAAAG TGTCTTGAGACTATGGACTCCTATGGCAACTCTCGTCTTTGCAAAAATTGCEST: gi|163920568|gb|EG714508.1|EG714508
genomic: TGACTATCCTTCATGACACTTGTTCTCAGACATTCTCCTTTGAGCAAAAGgtaattgttc ... atgtctgcagTGTCTTGAGACTATGGACTCCTATG-CAACTCTCGTCTTTGCAAAAATTGC
EST: TGACTATCCTTCATGACACTTGTTCTCAGACATTCTCCTTTGAGCAAAAG TGTCTTGAGACTATGGACTCCTATGCAACTCTCGTCTTTGCAAAAATTGCTEST: gi|88403184|gb|CI570925.1|CI570925
genomic: TGACTATCCTTCATGACACTTGTTCTCAGACATTCTCCTTTGAGCAAAAGgtaattgttc ... atgtctgcagTGTCTTGAGACTATGGACTCCTATGCAACTCTCGTCTTTGCAAAAATTGCT
EST: TGACTATCCTTCATGACACTTGTTCTCAGACATTCTCCTTTGAGCAAAAG TGTCTTGAGACTATGGACTCCTATGCAACTCTCGTCTTTGGAAAA-TTGCTEST: gi|3759064|gb|C96763.1|C96763
genomic: TGACTATCCTTCATGACACTTGTTCTCAGACATTCTCCTTTGAGCAAAAGgtaattgttc ... atgtctgcagTGTCTTGAGACTATGGACTCCTATGCAACTCTCGTCTTTGCAAAAATTGCT
EST: TGACTACCCTTCATGACACTTNTTCTCAGACATTCCCCTTTGAGCAAAAG TGTCTTGAGACTATGNCCCCCTATGCAACTCTCGTC-TTGCAAAAATTGCT
genomic: TGACTATCCTTCATGACACTTGTTCTCAGACATTCTCCTTTGAGCAAAAGgtaattgttc ... atgtctgcagTGTCTTGAGACTATGGACTCCTATGCAACTCTCGTCTTTGCAAAAATTGCT
gaaagatattccatgaacaatagtagtttaacatgatcactttgtatgtctgcagTGTCTTGAGACTATGGACTCCTATGCAACTCTCGTCTTTGCAAAAATTGCTGAGATTAAGCCAGATGAGTTCTGCAAACAGTATGGCCTCTGCAGGGACA
gtttaac putative branch site (score: 44)
tagtttaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaattgttcccttttgatttggtttgttagatcttatatattgtgtctgtatattagaaatacaaccaatttgatcaaaagatatgacacatgtaggaatttgattcccttactaaagtaccaagaaggaaagatattccatgaacaatagtagtttaacatgatcactttgtatgtctgcagTGTCTTGAGACTATGGACTCCTATGCAACTCTCGTCTTTGCAAAAATTGCTGAGATTAAGCCAGATGAGTTCTGCAAACAGTATGGCCTCTGCAGGGACA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG