1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
gtaacagtttgccatatctcataaatcttggatggatatgtccaaaatcaacatctgctaatgctgctattgattgttggctgttgcatttgtaaatcagCCAAAGGACTTCTGGAAGAATGAATTAAAGGATTTTTCTAACAAAAGCGGAGCTGAAGGGAGCAGGAGTGCTGAAAGTGGCCCCATGCTTCTAGATGTTC
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os12g01170.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGGCCCAGCTAAGTCACACGATGAAAGTTTATCTGCCTGAATGTAATCTG CCAAAGGACTTCTGGAAGAATGAATTAAAGGATTTTTCTAACAAAAGCGGAEST: gi|66914385|gb|CX101233.1|CX101233
genomic: GGGCCCAGCTAAGTCACACGATGAAAGTTTATCTGCCTGAATGTAATCTGgtaacagttt ... tgtaaatcagCCAAAGGACTTCTGGAAGAATGAATTAAAGGATTTTTCTAACAAAAGCGGA
EST: GGGCCCAGCTAAGTCACACGATGAAAGTTTATCTGCCTGAATGTAATCTG CCAAAGGACTTCTGGAAGAATGAATTAAAGGATTTTTCTAACAAAAGCGGAEST: gi|56158380|gb|AU070393.2|AU070393
genomic: GGGCCCAGCTAAGTCACACGATGAAAGTTTATCTGCCTGAATGTAATCTGgtaacagttt ... tgtaaatcagCCAAAGGACTTCTGGAAGAATGAATTAAAGGATTTTTCTAACAAAAGCGGA
EST: GGGCCCAGCTAAGTCACACGATGAAAGTTTATCTGCCTGAATGTAATCTG CCAAAGGACTTCTGGAAGAATGAATTAAAGGATTTTTCTAACAAAAGCGGAEST: gi|25797835|gb|CA753796.1|CA753796
genomic: GGGCCCAGCTAAGTCACACGATGAAAGTTTATCTGCCTGAATGTAATCTGgtaacagttt ... tgtaaatcagCCAAAGGACTTCTGGAAGAATGAATTAAAGGATTTTTCTAACAAAAGCGGA
EST: GGGCCCAGCTAAGTCACACGATGAAAGTTTATCTGCCTGAATGTAATCTG CCAAAGGACTTCTGGAAGAATGAATTAAAGGATTTTTCTAACAAAAGCGGA
genomic: GGGCCCAGCTAAGTCACACGATGAAAGTTTATCTGCCTGAATGTAATCTGgtaacagttt ... tgtaaatcagCCAAAGGACTTCTGGAAGAATGAATTAAAGGATTTTTCTAACAAAAGCGGA
aatcaacatctgctaatgctgctattgattgttggctgttgcatttgtaaatcagCCAAAGGACTTCTGGAAGAATGAATTAAAGGATTTTTCTAACAAAAGCGGAGCTGAAGGGAGCAGGAGTGCTGAAAGTGGCCCCATGCTTCTAGATGTTC
atttgtaaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaacagtttgccatatctcataaatcttggatggatatgtccaaaatcaacatctgctaatgctgctattgattgttggctgttgcatttgtaaatcagCCAAAGGACTTCTGGAAGAATGAATTAAAGGATTTTTCTAACAAAAGCGGAGCTGAAGGGAGCAGGAGTGCTGAAAGTGGCCCCATGCTTCTAGATGTTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG