Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   
2  
 5'  3'   
3  
 5'  3'   
4  
 5'  3'   
5  
 5'  3'   
6  
 5'  3'   
7  
 5'  3'   
8  
 5'  3'   
9  
 5'  3'   
10  
 5'  3'   
11  
 5'  3'   
12  
 5'  3'   
13  
 5'  3'   
14  
 5'  3'   
15  
 5'  3'   
16  
 5'  3'   
17  
 5'  3'   
18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagcaaacgatgttgatatctctgtacatatatgttgggattttcttctgataatgttgatctctgtacatatatgtaagtacttactgaagataatgttgatctgtgtggttagGGTGGTCACTGTGGCATATATGGATCAAACTGTCCAGAATGGGTTATGGCTATGCAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os11g35400.2
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os11g35400.4 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G104847_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
gtgagcaaacgatgtt-gatatctctgtacatatatgttgggattttcttctgataatgttgatctctgtacatatatgtaagtacttactgaagataatgttgatctgtgtggttagGGTGGTCACTGTGGCATATATGGATCAAACTGTCCAGAATGGGTTATGGCTATGCAG
||||| || | ||| ||| || |||| | ||||||| | || || | ||||| ||| || ||| | ||| ||| | | ||| ||| || |||| | ||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||| ||||||
gtgagtgaagaacgtttgatgtccctgtctgtctatgttgttaattatttgt----atgttcatcgtgaagaattaatggca--actaacttgtca-agtgtcgat------ggacagGGAGCTCACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCCATGCAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58663911|gb|CK052597.1|CK052597
EST:     AAGGTCATTAAGATTGGATCAGCCATCAGAAGCTTAGGTGTCAAGCCG                         GGTGGTCACTGTGGCATATATGGATCAAACTGTCCAGAATGGGTTATGGCT
genomic: AAGGTCATTAAGATTGGATCAGCCATCAGAAGCTTACGTGTCAAGCCGgtgagcaaac ... gtgtggttagGGTGGTCACTGTGGCATATATGGATCAAACTGTCCAGAATGGGTTATGGCT






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tctctgtacatatatgtaagtacttactgaagataatgttgatctgtgtggttagGGTGGTCACTGTGGCATATATGGATCAAACTGTCCAGAATGGGTTATGGCTATGCAG
         atatatgtaa  TA-rich tract