Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagcaaacgatgttgatatctctgtacatatatgttgggattttcttctgataatgttgatctctgtacatatatgtaagtacttactgaagataatgttgatctgtgtggttagGGTGGTCACTGTGGCATATATGGATCAAACTGTCCAGAATGGGTTATGGCTATGCAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os11g35400.2
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os11g35400.4 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G104847_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
gtgagcaaacgatgtt-gatatctctgtacatatatgttgggattttcttctgataatgttgatctctgtacatatatgtaagtacttactgaagataatgttgatctgtgtggttagGGTGGTCACTGTGGCATATATGGATCAAACTGTCCAGAATGGGTTATGGCTATGCAG
|||||  ||  | ||| ||| || ||||   | |||||||  | ||  || |    ||||| |||       ||  |||  |  ||| |||    | | ||| |||      ||  |||| | ||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||| ||||||
gtgagtgaagaacgtttgatgtccctgtctgtctatgttgttaattatttgt----atgttcatcgtgaagaattaatggca--actaacttgtca-agtgtcgat------ggacagGGAGCTCACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCCATGCAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58663911|gb|CK052597.1|CK052597
EST:     AAGGTCATTAAGATTGGATCAGCCATCAGAAGCTTAGGTGTCAAGCCG                         GGTGGTCACTGTGGCATATATGGATCAAACTGTCCAGAATGGGTTATGGCT
genomic: AAGGTCATTAAGATTGGATCAGCCATCAGAAGCTTACGTGTCAAGCCGgtgagcaaac ... gtgtggttagGGTGGTCACTGTGGCATATATGGATCAAACTGTCCAGAATGGGTTATGGCT






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tctctgtacatatatgtaagtacttactgaagataatgttgatctgtgtggttagGGTGGTCACTGTGGCATATATGGATCAAACTGTCCAGAATGGGTTATGGCTATGCAG
         atatatgtaa  TA-rich tract