Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagcaaacgatgttgatatctctgtacatatatgttgggattttcttctgataatgttgatctctgtacatatatgtaagtacttactgaagataatgttgatctgtgtggttagGGTGGTCACTGTGGCATATATGGATCAAACTGTCCAGAATGGGTTATGGCTATGCAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os11g35400.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os11g35400.4 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G104847_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
gtgagcaaacgatgtt-gatatctctgtacatatatgttgggattttcttctgataatgttgatctctgtacatatatgtaagtacttactgaagataatgttgatctgtgtggttagGGTGGTCACTGTGGCATATATGGATCAAACTGTCCAGAATGGGTTATGGCTATGCAG
|||||  ||  | ||| ||| || ||||   | |||||||  | ||  || |    ||||| |||       ||  |||  |  ||| |||    | | ||| |||      ||  |||| | ||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||| ||||||
gtgagtgaagaacgtttgatgtccctgtctgtctatgttgttaattatttgt----atgttcatcgtgaagaattaatggca--actaacttgtca-agtgtcgat------ggacagGGAGCTCACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCCATGCAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88692791|gb|CI736366.1|CI736366
EST:     AGAAGGTCATTAAGATTGGATCAGCCATCAGAAGCTTACGTGTCAAGCCG                         GGTGGTCACTGTGGCATATATGGATCAAACTGTCCAGAATGGGTTATGGCT
genomic: AGAAGGTCATTAAGATTGGATCAGCCATCAGAAGCTTACGTGTCAAGCCGgtgagcaaac ... gtgtggttagGGTGGTCACTGTGGCATATATGGATCAAACTGTCCAGAATGGGTTATGGCT
EST: gi|58667264|gb|CK055950.1|CK055950
EST:     AGAAGGTCATTAAGATTGGATCAGCCATCAGAAGCTTAGGTGTCAAGCCG                         GGTGGTCACTGTGGCATATATGGATCAAACTGTCCAGAATGGGTTATGGCT
genomic: AGAAGGTCATTAAGATTGGATCAGCCATCAGAAGCTTACGTGTCAAGCCGgtgagcaaac ... gtgtggttagGGTGGTCACTGTGGCATATATGGATCAAACTGTCCAGAATGGGTTATGGCT
EST: gi|58669433|gb|CK058119.1|CK058119
EST:     AGAAGGTCATTAAGATTGGATCAGCCATCAGAAGCTTAGGTGTCAAGCCG                         GGTGGTCACTGTGGCATATATGGATCAAACTGTCCAGAATGGGTTATGGCT
genomic: AGAAGGTCATTAAGATTGGATCAGCCATCAGAAGCTTACGTGTCAAGCCGgtgagcaaac ... gtgtggttagGGTGGTCACTGTGGCATATATGGATCAAACTGTCCAGAATGGGTTATGGCT
EST: gi|58668117|gb|CK056803.1|CK056803
EST:     AGAAGGTCATTAAGATTGGATCAGCCATCAGAAGCTTAGGTGTCAAGCCG                         GGTGGTCACTGTGGCATATATGG
genomic: AGAAGGTCATTAAGATTGGATCAGCCATCAGAAGCTTACGTGTCAAGCCGgtgagcaaac ... gtgtggttagGGTGGTCACTGTGGCATATATGG
EST: gi|58666761|gb|CK055447.1|CK055447
EST:     AGAAGGTCATTAAGATTGGATCAGCCATCAGAAGCTTAGGTGTCAAGCCG                         GGTGGTCACTGTGGCATATATGGATCAAACTGTCCAGAATGGGTTATGGCT
genomic: AGAAGGTCATTAAGATTGGATCAGCCATCAGAAGCTTACGTGTCAAGCCGgtgagcaaac ... gtgtggttagGGTGGTCACTGTGGCATATATGGATCAAACTGTCCAGAATGGGTTATGGCT
EST: gi|88372098|gb|CI641733.1|CI641733
EST:     AGAAGGTCATTAAGATTGGATCAGCCATCAGAAGCTTACGTGTCAAGCCG                         GGTGGTCACTGTGGCATATATGGATCAAACTGTCCAGAATGGGTT
genomic: AGAAGGTCATTAAGATTGGATCAGCCATCAGAAGCTTACGTGTCAAGCCGgtgagcaaac ... gtgtggttagGGTGGTCACTGTGGCATATATGGATCAAACTGTCCAGAATGGGTT
EST: gi|58659834|gb|CK048514.1|CK048514
EST:     AGAAGGTCATTAAGATTGGATCAGCCATCAGAAGCTTAGGTGTCAAGCCG                         GGTGGTCACTGTGGCATATATGGATCAAACTGTCCAGAATGGGTTATGGCT
genomic: AGAAGGTCATTAAGATTGGATCAGCCATCAGAAGCTTACGTGTCAAGCCGgtgagcaaac ... gtgtggttagGGTGGTCACTGTGGCATATATGGATCAAACTGTCCAGAATGGGTTATGGCT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 75 (upstream exon), 57 (downstream exon)
Score: 16

GCTGGTGACTATGTGTGGCTAACATATGAAGAAGTGTACCAGAAGGTCATTAAGATTGGATCAGCCATCAGAAGCTTACGTGTCAAGCCGgtgagcaaac ... gtgtggttagGGTGGTCACTGTGGCATATATGGATCAAACTGTCCAGAATGGGTTATGGCTATGCAG




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tctctgtacatatatgtaagtacttactgaagataatgttgatctgtgtggttagGGTGGTCACTGTGGCATATATGGATCAAACTGTCCAGAATGGGTTATGGCTATGCAG
         atatatgtaa  TA-rich tract