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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtactgccctgcatctttccttgcagcgctatgtactccagttatttgctgtaagatcaatgtaatgtgcaatttgtcttgacatcatgtggctaatgctaatgtgctgcagGTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTGGATGTCAACGAGTTCCAAACCAACCTGGTGCCCTACCCGAGGATCCACT

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os11g14220.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58686707|gb|CK075394.1|CK075394
EST:     TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAG                         GTCATCTCCTCAC
genomic: TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAGgtactgccct ... tgtgctgcagGTCATCTCCTCAC
EST: gi|29640923|gb|CB645930.1|CB645930
EST:     TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAG                         GTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGGTCGATGGTGCTCTGAATGTG
genomic: TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAGgtactgccct ... tgtgctgcagGTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
EST: gi|58680175|gb|CK068862.1|CK068862
EST:     TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAG                         GTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
genomic: TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAGgtactgccct ... tgtgctgcagGTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
EST: gi|58601062|gb|CK011590.1|CK011590
EST:     TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAG                         GTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
genomic: TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAGgtactgccct ... tgtgctgcagGTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
EST: gi|58597951|gb|CK008479.1|CK008479
EST:     TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAG                         GTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
genomic: TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAGgtactgccct ... tgtgctgcagGTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
EST: gi|29685655|gb|CB681930.1|CB681930
EST:     TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAG                         GTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
genomic: TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAGgtactgccct ... tgtgctgcagGTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
EST: gi|29681154|gb|CB677429.1|CB677429
EST:     TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAG                         GTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
genomic: TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAGgtactgccct ... tgtgctgcagGTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
EST: gi|58657397|gb|CK046077.1|CK046077
EST:     TCGACATTGAGCGCCCAANCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAG                         GTCATCTCCTCACTGA
genomic: TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAGgtactgccct ... tgtgctgcagGTCATCTCCTCACTGA
EST: gi|58677890|gb|CK066577.1|CK066577
EST:     TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAG                         GTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
genomic: TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAGgtactgccct ... tgtgctgcagGTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
EST: gi|29646013|gb|CB651020.1|CB651020
EST:     TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAG                         GTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
genomic: TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAGgtactgccct ... tgtgctgcagGTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
EST: gi|58681293|gb|CK069980.1|CK069980
EST:     TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAG                         GTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
genomic: TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAGgtactgccct ... tgtgctgcagGTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
EST: gi|14192316|gb|AU184527.1|AU184527
EST:     TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAG                         GTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
genomic: TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAGgtactgccct ... tgtgctgcagGTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
EST: gi|32948138|gb|BP184710.1|BP184710
EST:     TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAG                         GTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
genomic: TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAGgtactgccct ... tgtgctgcagGTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
EST: gi|58679483|gb|CK068170.1|CK068170
EST:     TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAG                         GTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
genomic: TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAGgtactgccct ... tgtgctgcagGTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
EST: gi|29659209|gb|CB655484.1|CB655484
EST:     TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCCACAGGCTTGTGTCCCAG                         GTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCT
genomic: TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAGgtactgccct ... tgtgctgcagGTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCT
EST: gi|29641878|gb|CB646885.1|CB646885
EST:     CGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTNCA-CAGGCTTGTGTCCCAG                         GTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCC
genomic: CGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCT-CAACAGGCTTGTGTCCCAGgtactgccct ... tgtgctgcagGTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCC
EST: gi|58586093|gb|CF984401.1|CF984401
EST:     GGCTTGTGT-CCAG                         GTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCGCTGAATGTG
genomic: GGCTTGTGTCCCAGgtactgccct ... tgtgctgcagGTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
EST: gi|58604790|gb|CK015318.1|CK015318
EST:     TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAG                         GTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
genomic: TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAGgtactgccct ... tgtgctgcagGTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
EST: gi|58683859|gb|CK072546.1|CK072546
EST:     TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAG                         GTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
genomic: TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAGgtactgccct ... tgtgctgcagGTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
EST: gi|396941480|gb|HO188689.1|HO188689
EST:     TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAG                         GTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
genomic: TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAGgtactgccct ... tgtgctgcagGTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
EST: gi|58683498|gb|CK072185.1|CK072185
EST:     TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAG                         GTCATCTCCTCACTGATTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
genomic: TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAGgtactgccct ... tgtgctgcagGTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
EST: gi|58607596|gb|CK035629.1|CK035629
EST:     TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAG                         GTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
genomic: TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAGgtactgccct ... tgtgctgcagGTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
EST: gi|58666482|gb|CK055168.1|CK055168
EST:     TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAG                         GTCATCTCCTCACTGACTGACTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGA
genomic: TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAGgtactgccct ... tgtgctgcagGTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGA
EST: gi|29667402|gb|CB663677.1|CB663677
EST:     TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAG                         GTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
genomic: TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAGgtactgccct ... tgtgctgcagGTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
EST: gi|58658273|gb|CK046953.1|CK046953
EST:     TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAG                         GTCATCTCCTCACTGACTGGCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
genomic: TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAGgtactgccct ... tgtgctgcagGTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
EST: gi|58682505|gb|CK071192.1|CK071192
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genomic: TCAACAGGCTTGTGTCCCAGgtactgccct ... tgtgctgcagGTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
EST: gi|29626537|gb|CB631548.1|CB631548
EST:     TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAG                         GTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTG
genomic: TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAGgtactgccct ... tgtgctgcagGTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTG
EST: gi|58682179|gb|CK070866.1|CK070866
EST:     TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAG                         GTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
genomic: TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAGgtactgccct ... tgtgctgcagGTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
EST: gi|4968799|gb|AU065703.1|AU065703
EST:     TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAG                         GTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
genomic: TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAGgtactgccct ... tgtgctgcagGTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
EST: gi|58680050|gb|CK068737.1|CK068737
EST:     TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAG                         GTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
genomic: TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAGgtactgccct ... tgtgctgcagGTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
EST: gi|58679814|gb|CK068501.1|CK068501
EST:     TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAG                         GTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
genomic: TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAGgtactgccct ... tgtgctgcagGTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
EST: gi|218479796|gb|FG946530.1|FG946530
EST:     TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAG                         GTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
genomic: TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAGgtactgccct ... tgtgctgcagGTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
EST: gi|29627976|gb|CB632987.1|CB632987
EST:     TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAG                         GTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTNGAGGTTCGATGGTGCTCTGAA
genomic: TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAGgtactgccct ... tgtgctgcagGTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCT-GAGGTTCGATGGTGCTCTGAA
EST: gi|58674503|gb|CK063190.1|CK063190
EST:     TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAG                         GTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
genomic: TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAGgtactgccct ... tgtgctgcagGTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
EST: gi|58671589|gb|CK060275.1|CK060275
EST:     TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAG                         GTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
genomic: TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAGgtactgccct ... tgtgctgcagGTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
EST: gi|58610587|gb|CK038299.1|CK038299
EST:     TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAG                         GTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
genomic: TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAGgtactgccct ... tgtgctgcagGTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
EST: gi|29659126|gb|CB655401.1|CB655401
EST:     TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAG                         GTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
genomic: TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAGgtactgccct ... tgtgctgcagGTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
EST: gi|58682548|gb|CK071235.1|CK071235
EST:     TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAG                         GTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
genomic: TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAGgtactgccct ... tgtgctgcagGTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
EST: gi|58680934|gb|CK069621.1|CK069621
EST:     TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAG                         GTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
genomic: TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAGgtactgccct ... tgtgctgcagGTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
EST: gi|58686572|gb|CK075259.1|CK075259
EST:     TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAG                         GTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
genomic: TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAGgtactgccct ... tgtgctgcagGTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
EST: gi|38478569|gb|CF962702.1|CF962702
EST:     CGTACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAG                         GTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
genomic: CG-ACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAGgtactgccct ... tgtgctgcagGTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
EST: gi|11442656|gb|BF430559.1|BF430559
EST:     TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAG                         GTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
genomic: TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAGgtactgccct ... tgtgctgcagGTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
EST: gi|58682242|gb|CK070929.1|CK070929
EST:     TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAG                         GTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
genomic: TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAGgtactgccct ... tgtgctgcagGTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
EST: gi|9886357|gb|BE607449.1|BE607449
EST:     TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAG                         GTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATG
genomic: TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAGgtactgccct ... tgtgctgcagGTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATG
EST: gi|58659346|gb|CK048026.1|CK048026
EST:     TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAG                         GTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
genomic: TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAGgtactgccct ... tgtgctgcagGTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
EST: gi|58601394|gb|CK011922.1|CK011922
EST:     TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAG                         GTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
genomic: TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAGgtactgccct ... tgtgctgcagGTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
EST: gi|396941103|gb|HO188312.1|HO188312
EST:     TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAG                         GTCATCTCCTCACTGAC
genomic: TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAGgtactgccct ... tgtgctgcagGTCATCTCCTCACTGAC
EST: gi|58588513|gb|CF986821.1|CF986821
EST:     CGACATTGAGCGCCCAA-CTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAG                         GTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
genomic: CGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAGgtactgccct ... tgtgctgcagGTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
EST: gi|58612443|gb|CK040155.1|CK040155
EST:     TCGACATTGAGCGCCCAAACTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAG                         GTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
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genomic: TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAGgtactgccct ... tgtgctgcagGTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
EST: gi|58602545|gb|CK013073.1|CK013073
EST:     TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAG                         GTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
genomic: TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAGgtactgccct ... tgtgctgcagGTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
EST: gi|58676976|gb|CK065663.1|CK065663
EST:     TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAG                         GTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
genomic: TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAGgtactgccct ... tgtgctgcagGTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
EST: gi|58597360|gb|CK007888.1|CK007888
EST:     TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAG                         GTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG
genomic: TCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAGgtactgccct ... tgtgctgcagGTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 75 (upstream exon), 75 (downstream exon)
Score: 603

CGCTGTCCTGCTCGACAATGAGGCCATCTATGACATCTGCCGCCGCTCCCTCGACATTGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAGgtactgccct ... tgtgctgcagGTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTGGATGTCAACGAGTTCCAAACCAACCTGGTGCCCTACCCGAGGATCCACT




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

caatgtaatgtgcaatttgtcttgacatcatgtggctaatgctaatgtgctgcagGTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTGGATGTCAACGAGTTCCAAACCAACCTGGTGCCCTACCCGAGGATCCACT
                                       tgctaat  putative branch site (score: 603)
             aatttgt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtactgccctgcatctttccttgcagcgctatgtactccagttatttgctgtaagatcaatgtaatgtgcaatttgtcttgacatcatgtggctaatgctaatgtgctgcagGTCATCTCCTCACTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTGAATGTGGATGTCAACGAGTTCCAAACCAACCTGGTGCCCTACCCGAGGATCCACT

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