1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
...acattaactccacctttactatgtatgtgagcacatgctctgtttgtatatttgttatggagatcatttggcatcgatatgatgattattttgtgttcagATTCTGAAGCATTCTGCTGCAGATTACTTGGAGGAATCTGCTTATGCATCTCAG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os11g13694.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGTTTCTCCAACTTCTGTTAAATTCAACTAATGGGGACAACGATAGGGAG ATTCTGAAGCATTCTGCTGCAGATTACTTGGAGGAATCTGCTTATGCATCTEST: gi|58608309|gb|CK036342.1|CK036342
genomic: TGTTTCTCCAACTTCTGTTAAATTCAACTAATGGGGACAACGATAGGGAGgtattttatc ... ttgtgttcagATTCTGAAGCATTCTGCTGCAGATTACTTGGAGGAATCTGCTTATGCATCT
EST: GTTTCTCCAACTTCTGTTAAAGTTCAACTAATGGGGACAACGATAGGGAG ATTCTGAAGCATTCTGCTGCAGATTACTTGGAGGAATCTGCTTATGCATCTEST: gi|58680966|gb|CK069653.1|CK069653
genomic: GTTTCTCCAACTTCTGTTAAA-TTCAACTAATGGGGACAACGATAGGGAGgtattttatc ... ttgtgttcagATTCTGAAGCATTCTGCTGCAGATTACTTGGAGGAATCTGCTTATGCATCT
EST: TGTTTCTCCAACTTCTGTTAAATTCAACTAATGGGGACAACGATAGGGAG ATTCTGAAGCATTCTGCTGCAGATTACTTGGAGGAATCTGCTTATGCATCT
genomic: TGTTTCTCCAACTTCTGTTAAATTCAACTAATGGGGACAACGATAGGGAGgtattttatc ... ttgtgttcagATTCTGAAGCATTCTGCTGCAGATTACTTGGAGGAATCTGCTTATGCATCT
gtatatttgttatggagatcatttggcatcgatatgatgattattttgtgttcagATTCTGAAGCATTCTGCTGCAGATTACTTGGAGGAATCTGCTTATGCATCTCAG
ttatttt CT-rich tract
atatgatgattatttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| acattaactccacctttactatgtatgtgagcacatgctctgtttgtatatttgttatggagatcatttggcatcgatatgatgattattttgtgttcagATTCTGAAGCATTCTGCTGCAGATTACTTGGAGGAATCTGCTTATGCATCTCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - -ctccacc
- - - - - - - - - - atgtatg
- - - - - - - - - - - - - - - - -catgctc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtttgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgttatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tggcatc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - atgatga