Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...agcacagtgtttgttgggcctacaactttttatgtttttattttgtcagagtgctgtgttgtgttatttgcagattggacttaacgtgtctattatgcagGGACGCAATGTGGTTATTGAGCAGAGCTATGGTTCACCGAAAGTCACAAAGGACGGTGTGACTGTTGCCAAGAGCATTGAGTTCAAGGATAGAGTCAAGA

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os10g32550.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os10g32550.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G416120_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
agcacagtgtttgttgggcctacaactttttatgtt--tttattttgtcagagtgctgt-------gttgtgttatttgcagattggacttaacgtgtctattatgcagGGACGCAATGTGGTTATTGAGCAGAGCTATGGTTCACCGAAAGTCACAAAGGACGGTGTGACTGTTGCCAAGAGCATTGAGTTCAAGGATAGAGTCAAGA
          |   ||   | |  ||| |||   ||  |||| |||||   | | ||||       ||||| |  |||| |  ||| ||||| ||  |   || || |||| |||||||||||||||||||| ||||  ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||
--------actcactgattccaatactgtttggtttgttttactttgttgtaatactgttgccttagttgtttgttttgtac-ttgaacttatcgcctgccttctgtagGGGCGCAATGTGGTTATTGAGCAAAGCTTCGGTGCACCGAAAGTCACAAAGGATGGTGTGACTGTTGCGAAGAGCATTGAATTTAAGGATAGAGTAAAGA

upper sequence: LOC_Os10g32550.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G458208_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
agcacagtgtttgttgggcctacaacttttt-atgt-ttttattttgtcagagtgctgtgttgtgttatttgca----gattggacttaacgtgtctattatgcagGGACGCAATGTGGTTATTGAGCAGAGCTATGGTTCACCGAAAGTCACAAAGGACGGTGTGACTGTTGCCAAGAGCATTGAGTTCAAGGATAGAGTCAAGA
      |   |   ||    ||  | |  || ||||  |||| | |||   ||| ||||    | |  ||||        ||| | |||  |  |   || ||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||| ||||
------gcactcactgattataatattgcttgatgtgctttactctgttgtagtactgttgcatttagtttgttttgtacttgaatttattgcctgctttctgcagGGGCGCAATGTGGTTATTGAGCAAAGCTTTGGTGCACCGAAAGTCACAAAGGATGGTGTGACTGTAGCAAAGAGCATTGAATTTAAGGATAGAGTAAAGA

upper sequence: LOC_Os10g32550.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA20G33910.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
------------------------------------------------------------------------------------agcacag--tgtttgttgggcctacaactttttatgtttttattttgtcagagtgctgtgttgtgttatttgcag--attggacttaacgtgtctattatgcagGGACGCAATGTGGTTATTGAGCAGAGCTATGGTTCACCGAAAGTCACAAAGGACGGTGTGACTGTTGCCAAGAGCATTGAGTTCAAGGATAGAGTCAAGA
                                                                                     | | ||  ||| | ||||  |||  | |  |  |    |  |  |  | |  |  |   | |||||  |  |     ||    | ||| ||| | || |  |||| || ||||||||||||||||| || | |||  |||| ||||| || || || || || || ||||| ||||||||||| |||||||| | ||||||||
gtaaccaagcttatgcctgatagtttcttggcaaaagttgtacctgtgtttttattcaatcatttatttattcggttttctaagggtagagcatgtcttttggatctaggattgatatttcaatcctagtcccggcattttagttggtgttgatcacgattgttttgttaaacttgtgt-ttttttagGGGCGTAATGTGGTTATTGAGCAAAGTTTTGGAGCACCTAAAGTGACGAAAGATGGAGTAACCGTTGCTAAGAGCATTGAATTCAAGGACAAAGTCAAGA

upper sequence: LOC_Os10g32550.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA10G33680.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
agcacagtgtttgttgggcctacaactttttatgtttttattttg---tcagagtgctgtgttgtgttatttgcag--attggacttaacgtgtctattatgcagGGACGCAATGTGGTTATTGAGCAGAGCTATGGTTCACCGAAAGTCACAAAGGACGGTGTGACTGTTGCCAAGAGCATTGAGTTCAAGGATAGAGTCAAGA
     | ||| | ||||  | |   |||   |  | |  ||  |     |    |  ||  | |||||  |  |     ||    ||||  ||    || |  |||| || ||||||||||||||||| || | |||  |||| ||||| ||||| || || || || ||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||
----gaatgtcttttggatcca-ggcttgaaacatatcaatagtagtcccttcattttgattggtgttgatcacgattgttattgttaaattggtgtttttatagGGGCGTAATGTGGTTATTGAGCAAAGTTTTGGAGCACCCAAAGTGACAAAAGATGGAGTAACCGTTGCTAAGAGCATTGAATTCAAGGATAAAGTCAAGA

upper sequence: LOC_Os10g32550.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
lower sequence: AT2G33210.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
-------------------------------------------------agcacagtgtttgttgggcctacaactttttatgtttttattt--tgtcag-agtgctgtgttgtgttatttgcagattg---gacttaacgtgtcta-------ttatgcagGGACGCAATGTGGTTATTGAGCAGAGCTATGGTTCACCGAAAGTCACAAAGGACGGTGTGACTGTTGCCAAGAGCATTGAGTTCAAGGATAGAGTCAAGA
                                                 ||   |     |         | ||| |       | ||      | |||  | |  | |||| |||||    || | |    ||    || ||||||       || || |||| || |||||  | || || || ||||  ||| |||| || || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||
gtataaacttatgtttcagataatttctgtgtaagagacttgtattgtaagtgaatctagttaaaaatagataacgtgacgacctattgacaagtatcaacaatcgtctgttttgttaccctcacactctctgatactacatgtctaaaaccatttttgaagGGTCGTAATGTCATCATCGAACAAAGCTGGGGTGCACCAAAGGTGACAAAGGATGGTGTGACTGTTGCCAAGAGCATTGAGTTCAAGGATAGAATTAAGA

upper sequence: LOC_Os10g32550.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv05s0051g00340.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
agcacagtgtttgttgggcctacaact-ttttatgtttttattttgtcagagtgctgtgttgtgttatttgcagattggacttaacgtgtctat-tatgcagGGACGCAATGTGGTTATTGAGCAGAGCTATGGTTCACCGAAAGTCACAAAGGACGGTGTGACTGTTGCCAAGAGCATTGAGTTCAAGGATAGAGTCAAGA
     | | || ||    | ||   |  || | | ||     || |    | || |||| | | |  ||   | |    | | | ||| |   | | | ||||| || || |||||  | ||||| || | |||| | || ||||| ||||| || ||||| |||||||| || |||||||||||||||||| || ||||||
--ttgattcttggtgcatcttatttcaattctctattgagggttgggttaattgatgtggtttatacttaaaaaaggttaatcagcgttttgttgtttccagGGGCGTAACGTGGTACTAGAGCAAAGTTTTGGTGCCCCAAAAGTGACAAAAGATGGTGTAACTGTTGCAAAAAGCATTGAGTTCAAGGATCGAATCAAGA

upper sequence: LOC_Os10g32550.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
lower sequence: EFJ32351 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 1
agcacagtgtttgttgggcctacaactttttatgtttttattttgtcagagtgctgtgttgtgttatttgc--agattggacttaacgtgtctat-tatgcagGGACGCAATGTGGTTATTGAGCAGAGCTATGGTTCACCGAAAGTCACAAAGGACGGTGTGACTGTTGCCAAGAGCATTGAGTTCAAGGATAGAGTCAAGA
                                 || ||   |   ||    |  |    ||    |    |  |||| |  |||    | | |   | ||||||| || || || || || || ||  ||| |||||| || || || || ||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||| |   | ||||
---------------------------------gtattctatccatcgcctttttccaatgaacaacaaactaagatcgctctttttctttttccctttgcagGGGCGAAACGTTGTGATCGATCAAGGCTTTGGTTCTCCCAAGGTTACCAAGGATGGTGTGACTGTTGCCAAGAGCATCGACTTCAAGGACAAGCTGAAGA

upper sequence: LOC_Os10g32550.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
lower sequence: EFJ20894 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 1
agcacagtgtttgttgggcctacaactttttatgtttttattttgtcagagtgctgtgttgtgttatttgcagattggacttaacgtgtctattatgcagGGACGCAATGTGGTTATTGAGCAGAGCTATGGTTCACCGAAAGTCACAAAGGACGGTGTGACTGTTGCCAAGAGCATTGAGTTCAAGGATAGAGTCAAGA
                                      |||| | ||      || | |    | |    || | |    ||    | |   || || |||| || || || || || || ||  ||| |||||| || || || || ||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||| |   | ||||
-------------------------------------gtattctatccatcgcctttttccaatgaacaacaaacttctttt----ttttccttttgtagGGGCGAAACGTTGTGATCGATCAAGGCTTTGGTTCTCCCAAGGTTACCAAGGATGGTGTGACTGTTGCCAAGAGCATCGACTTCAAGGACAAGCTGAAGA

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|8528178|gb|AU092993.1|AU092993
EST:     GGGGTGTTGAGGAGTTGGCAGATGCAGTCAAAGTGACAATGGGTCCTAAG                         GGACGCAATGTGGTTATTGAGCAGAGCTATGGTTCACCGAAAGTCACAAAG
genomic: GGGGTGTTGAGGAGTTGGCAGATGCAGTCAAAGTGACAATGGGTCCTAAGgtataattgt ... tattatgcagGGACGCAATGTGGTTATTGAGCAGAGCTATGGTTCACCGAAAGTCACAAAG
EST: gi|88730338|gb|CI753951.1|CI753951
EST:     GGGGTGTTGAGGAGTTGGCAGATGCAGTCAAAGTGACAATGGGTCCTAAG                         GGACGCAATGTGGTTATTGAGCAGAGCTATGGTTCACCGAAAGTCACAAAG
genomic: GGGGTGTTGAGGAGTTGGCAGATGCAGTCAAAGTGACAATGGGTCCTAAGgtataattgt ... tattatgcagGGACGCAATGTGGTTATTGAGCAGAGCTATGGTTCACCGAAAGTCACAAAG
EST: gi|58673475|gb|CK062161.1|CK062161
EST:     GGGGTGTTGAGGAGTTGGCAGATGCAGTCAAAGTGACAATGGGTCCTAAG                         GGACGCAATGTGGTTATTGAGCAGAGCTATGGTTCACCGAAAGTCACAAAG
genomic: GGGGTGTTGAGGAGTTGGCAGATGCAGTCAAAGTGACAATGGGTCCTAAGgtataattgt ... tattatgcagGGACGCAATGTGGTTATTGAGCAGAGCTATGGTTCACCGAAAGTCACAAAG
EST: gi|58685403|gb|CK074090.1|CK074090
EST:     GGGGTGTTGAGGAGTTGGCAGATGCAGTCAAAGTGACAATGGGTCCTAAG                         GGACGCAATGTGGTTATTGAGCAGAGCTATGGTTCACCGAAAGTCACAAAG
genomic: GGGGTGTTGAGGAGTTGGCAGATGCAGTCAAAGTGACAATGGGTCCTAAGgtataattgt ... tattatgcagGGACGCAATGTGGTTATTGAGCAGAGCTATGGTTCACCGAAAGTCACAAAG
EST: gi|58597481|gb|CK008009.1|CK008009
EST:     GGGGTGTTGAGGAGTTGGCAGATGCAGTCAAAGTGACAATGGGTCCTAAG                         GGACGCAATGTGGTTATTGAGCAGAGCTATGGTTCACCGAAAGTCACAAAG
genomic: GGGGTGTTGAGGAGTTGGCAGATGCAGTCAAAGTGACAATGGGTCCTAAGgtataattgt ... tattatgcagGGACGCAATGTGGTTATTGAGCAGAGCTATGGTTCACCGAAAGTCACAAAG
EST: gi|29632103|gb|CB637112.1|CB637112
EST:     GGGGTGTTGAGGAGTTGGCAGATGCAGTCAAAGTGACAATGGGTCCTAAG                         GGACGCAATGTGGTTATTGAGCAGAGCTATGGTTCACCGAAAGTCACAAAG
genomic: GGGGTGTTGAGGAGTTGGCAGATGCAGTCAAAGTGACAATGGGTCCTAAGgtataattgt ... tattatgcagGGACGCAATGTGGTTATTGAGCAGAGCTATGGTTCACCGAAAGTCACAAAG
EST: gi|58652508|gb|CK041188.1|CK041188
EST:     GGGGTGTTGAGGAGTTGGCAGATGCAGTCAAAGTGACAATGGGTCCTAAG                         GGACGCAATGTGGTTATTGAGCAGAGCTATGGTTCACCGAAAGTCACAAAG
genomic: GGGGTGTTGAGGAGTTGGCAGATGCAGTCAAAGTGACAATGGGTCCTAAGgtataattgt ... tattatgcagGGACGCAATGTGGTTATTGAGCAGAGCTATGGTTCACCGAAAGTCACAAAG
EST: gi|29627179|gb|CB632190.1|CB632190
EST:     GGGGTGTTGAGGAGTTGGCAGATGCAGTCAAAGTGACAATGGGTCCTAAG                         GGACGCAATGTGGTTATTGAGCAGAGCTATGGTTCACCGAAAGTCACAAAG
genomic: GGGGTGTTGAGGAGTTGGCAGATGCAGTCAAAGTGACAATGGGTCCTAAGgtataattgt ... tattatgcagGGACGCAATGTGGTTATTGAGCAGAGCTATGGTTCACCGAAAGTCACAAAG
EST: gi|58691748|gb|CK080435.1|CK080435
EST:     GGGGTGTTGAGGAGTTGGCAGATGCAGTCAAAGTGACAATGGGTCCTAAG                         GGACGCAATGTGGTTATTGAGCAGAGCTATGGTTCACCGAAAGTCACAAAG
genomic: GGGGTGTTGAGGAGTTGGCAGATGCAGTCAAAGTGACAATGGGTCCTAAGgtataattgt ... tattatgcagGGACGCAATGTGGTTATTGAGCAGAGCTATGGTTCACCGAAAGTCACAAAG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 72 (upstream exon), 71 (downstream exon)
Score: 71

TGCTGCCAAGGATATCAAGTTTGGAGTTGAGGCCCGTGCTTTGATGCTGAGGGGTGTTGAGGAGTTGGCAGATGCAGTCAAAGTGACAATGGGTCCTAAGgtataattgt ... tattatgcagGGACGCAATGTGGTTATTGAGCAGAGCTATGGTTCACCGAAAGTCACAAAGGACGGTGTGACTGTTGCCAAGAGCATTGAGTTCAAGGATAGAGTCAAGA




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcagagtgctgtgttgtgttatttgcagattggacttaacgtgtctattatgcagGGACGCAATGTGGTTATTGAGCAGAGCTATGGTTCACCGAAAGTCACAAAGGACGGTGTGACTGTTGCCAAGAGCATTGAGTTCAAGGATAGAGTCAAGA
                                 acttaac  putative branch site (score: 71)
                tgttattt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
agcacagtgtttgttgggcctacaactttttatgtttttattttgtcagagtgctgtgttgtgttatttgcagattggacttaacgtgtctattatgcagGGACGCAATGTGGTTATTGAGCAGAGCTATGGTTCACCGAAAGTCACAAAGGACGGTGTGACTGTTGCCAAGAGCATTGAGTTCAAGGATAGAGTCAAGA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA
- - - -tgtttgt
- - - - - - - - -gcctaca
- - - - - - - - - - - - - - -ttatgtt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gtgctgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttgtgtt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -atttgca