Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtagctgcttgaacttaaaactgcagctttcttgtgtgatttgttagattaagatctgatgagacatgactgtttttaccttttagGGGCTCTCCAAGTTATGGTGCTCCTAAAGGAAGCTGGGCTAAAACCTGATTGTAAACTTTACACAACACTTATATCGACTTGTGCCAAGTGTGGAAAAGT

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os10g10170.2
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29678933|gb|CB675208.1|CB675208
EST:     TACCTTCAATATGCTTTTATCTGTGTGCGCTAATTCGCAAGATTTTGATG                         GGGCTCTCCAAGTTATGGTGCTCCTAAAGGAAGCTGGGCTAAAACCTGATT
genomic: TACCTTCAATATGCTTTTATCTGTGTGCGCTAATTCGCAAGATTTTGATGgtagctgctt ... taccttttagGGGCTCTCCAAGTTATGGTGCTCCTAAAGGAAGCTGGGCTAAAACCTGATT
EST: gi|29671044|gb|CB667319.1|CB667319
EST:     TACCTTCAATATGCTTTTATCTGTGTGCGCTAATTCGCAAGATTTTGATG                         GGGCTCTCCAAGTTATGGTGCTCCTAAAGGAAGCTGGGCTAAAACCTGATT
genomic: TACCTTCAATATGCTTTTATCTGTGTGCGCTAATTCGCAAGATTTTGATGgtagctgctt ... taccttttagGGGCTCTCCAAGTTATGGTGCTCCTAAAGGAAGCTGGGCTAAAACCTGATT
EST: gi|29614515|gb|CB619528.1|CB619528
EST:     TACCTTCAATATGCTTTTATCTGTGTGCGCTAATTCTCAAGATTTTGATG                         GGGCTCTCCAAGTTATGGTGCTCCTAAAGGAAGCTGGGCTAAAACCTGATT
genomic: TACCTTCAATATGCTTTTATCTGTGTGCGCTAATTCGCAAGATTTTGATGgtagctgctt ... taccttttagGGGCTCTCCAAGTTATGGTGCTCCTAAAGGAAGCTGGGCTAAAACCTGATT
EST: gi|38481669|gb|CF965758.1|CF965758
EST:     TACCTTCAATATGCTTATATCTGTGTGCGCTAATTCGCAAGATTTTGATG                         GGGCTCTCCAAGTTATGGTGCTCCTACAGGAAGCTGGGCTA
genomic: TACCTTCAATATGCTTTTATCTGTGTGCGCTAATTCGCAAGATTTTGATGgtagctgctt ... taccttttagGGGCTCTCCAAGTTATGGTGCTCCTAAAGGAAGCTGGGCTA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttgtgtgatttgttagattaagatctgatgagacatgactgtttttaccttttagGGGCTCTCCAAGTTATGGTGCTCCTAAAGGAAGCTGGGCTAAAACCTGATTGTAAACTTTACACAACACTTATATCGACTTGTGCCAAGTGTGGAAAAGT
                      atctgat  putative branch site (score: 4)
                                      ctgtttttacctttt  putative PPT
       atttgttagattaa  TA-rich tract