Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatcatgttatgtttccagagtcatcaccagaaaaaattttcagaatgtttcttcgcttcaagttttctgctacgcatgacagGATCCTGGAATGTCCAGTATGCTCGAGAGTTTGACTAGTCCTTCTCATAAGGAGCTGCTTGAAGAGCGGATGTCCCGTATTAAAGAAGATCCCTCTTTGA

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os09g33810.4
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os09g33810.4 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM5G800734_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 3
gtatcatgttatgtttccagagtcatcaccagaaaaaattttcagaatgtttcttcgcttcaagttttctgctacgcatgacagGATCCTGGAATGTCCAGTATGCTCGAGAGTTTGACTAGTCCTTCTCATAAGGAGCTGCTTGAAGAGCGGATGTCCCGTATTAAAGAAGATCCCTCTTTGA
||| |||||| |||  |||   |  |    ||    |  |  |   ||| |  ||  | | | | | ||| ||     | | |||||||||  |||||||||||||| ||||  ||||| |||||  |||||||||||| |||||| ||| ||||| ||||||| || |||||||| || ||||
gtaccatgttttgtccccac--ttgttggtagggtta--tccctagatgatgatttcccttatgctctctcct-ttttttatagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTTGAGAACTTGACCAGTCCAGCTCATAAGGAGCAGCTTGAGGAGAGGATGGCCCGTATCAAGGAAGATCCATCCTTGA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|163925493|gb|EG711582.1|EG711582
EST:     ACCCTCAATTCATGTCAATGGCAGAACGTCTTGGGAATACTCTTATGCAG                         GATCCTGGAATGTCCAGTATGCTCGAGAGTTTGACTAGTCCTTCTCATAAG
genomic: ACCCTCAATTCATGTCAATGGCAGAACGTCTTGGGAATACTCTTATGCAGgtatcatgtt ... cgcatgacagGATCCTGGAATGTCCAGTATGCTCGAGAGTTTGACTAGTCCTTCTCATAAG
EST: gi|58608747|gb|CK036780.1|CK036780
EST:     ACCCTCAATTCATGTCAATGGCAGAACGTCTTGGGAATACTCTTATGCAG                         GATCCTGGAATGTCCAGTATGCTCGAGAGTTTGACTAATCCTTCTCA
genomic: ACCCTCAATTCATGTCAATGGCAGAACGTCTTGGGAATACTCTTATGCAGgtatcatgtt ... cgcatgacagGATCCTGGAATGTCCAGTATGCTCGAGAGTTTGACTAGTCCTTCTCA
EST: gi|29662509|gb|CB658784.1|CB658784
EST:     ACCCTCAATTCATGTCAATGGCAGAACGTCTTGGGAATACTCTTATGCAG                         GATCCTGGAATGTCCAGTATGCTCGAGAGTTTGACTAGTCCTTCTCATAAG
genomic: ACCCTCAATTCATGTCAATGGCAGAACGTCTTGGGAATACTCTTATGCAGgtatcatgtt ... cgcatgacagGATCCTGGAATGTCCAGTATGCTCGAGAGTTTGACTAGTCCTTCTCATAAG
EST: gi|4878193|gb|AU062492.1|AU062492
EST:     ACCCTCAATTCATGTCAATGGCAGAACGTCTTGGGAATACTCTTATGCAG                         GATCCTGGAATGTCCAGTATGCTCGAGAGTTTGACTAGTCCTTCTCATAAG
genomic: ACCCTCAATTCATGTCAATGGCAGAACGTCTTGGGAATACTCTTATGCAGgtatcatgtt ... cgcatgacagGATCCTGGAATGTCCAGTATGCTCGAGAGTTTGACTAGTCCTTCTCATAAG
EST: gi|29670241|gb|CB666516.1|CB666516
EST:     ACCCTCAATTCATGTCAATGGCAGAACGTCTTGGGAATACTCTTATGCAG                         GATCCTGGAATGTCCAGTATGCTCGAGAGTTTGACTAGTCCTTCTCATAAG
genomic: ACCCTCAATTCATGTCAATGGCAGAACGTCTTGGGAATACTCTTATGCAGgtatcatgtt ... cgcatgacagGATCCTGGAATGTCCAGTATGCTCGAGAGTTTGACTAGTCCTTCTCATAAG
EST: gi|29613548|gb|CB618561.1|CB618561
EST:     ACCCTCAATTCATGTCAATGGCAGAACGTCTTGGGAATACTCTTATGCAG                         GATCCTGGAATGTCCAGTATGCTCGAGAGTTTGACTAATCCTTCTCATAAG
genomic: ACCCTCAATTCATGTCAATGGCAGAACGTCTTGGGAATACTCTTATGCAGgtatcatgtt ... cgcatgacagGATCCTGGAATGTCCAGTATGCTCGAGAGTTTGACTAGTCCTTCTCATAAG
EST: gi|29658731|gb|CB655006.1|CB655006
EST:     ACCCTCAATTCATGTCAATGGCAGAACGTCTTGGGAATACTCTTATGCAG                         GATCCTGGAATGTCCAGTATGCTCGAGAGTTTGACTAGTCCTTCTCATAAG
genomic: ACCCTCAATTCATGTCAATGGCAGAACGTCTTGGGAATACTCTTATGCAGgtatcatgtt ... cgcatgacagGATCCTGGAATGTCCAGTATGCTCGAGAGTTTGACTAGTCCTTCTCATAAG
EST: gi|88745763|gb|CI769123.1|CI769123
EST:     GAACGTCTTGGGAATACTCTTATGCAG                         GATCCTGGAATGTCCAGTATGCTCGAGAGTTTGACTAGTCCTTCTCATAAG
genomic: GAACGTCTTGGGAATACTCTTATGCAGgtatcatgtt ... cgcatgacagGATCCTGGAATGTCCAGTATGCTCGAGAGTTTGACTAGTCCTTCTCATAAG
EST: gi|33684353|gb|CF312592.1|CF312592
EST:     ACCCTCAATTCATGTCAATGGCAGAACGTCTTGGGAATACTCTTATGCAG                         GATCCTGGAATGTCCAGTATGCTCGAGAGTTTGACTAGTCCTTCTCATAAG
genomic: ACCCTCAATTCATGTCAATGGCAGAACGTCTTGGGAATACTCTTATGCAGgtatcatgtt ... cgcatgacagGATCCTGGAATGTCCAGTATGCTCGAGAGTTTGACTAGTCCTTCTCATAAG
EST: gi|88358223|gb|CI605148.1|CI605148
EST:     ACCCTCAATTCATGTCAATGGCAGAACGTCTTGGGAATACTCTTATGCAG                         GATCCTGGAATGTCCAGTATGCTCGANGAGTTTGACTAAGTCCTTCTCATA
genomic: ACCCTCAATTCATGTCAATGGCAGAACGTCTTGGGAATACTCTTATGCAGgtatcatgtt ... cgcatgacagGATCCTGGAATGTCCAGTATGCTCGA-GAGTTTGACTA-GTCCTTCTCATA
EST: gi|29617932|gb|CB622944.1|CB622944
EST:     ACCCTCAATTCATGTCAATGGCAGAACGTCTTGGGAATACTCTTATGCAG                         GATCCTGGAATGTCCAGTATGCTCGAGAGTTTGACTAATCCTTCTCATAAG
genomic: ACCCTCAATTCATGTCAATGGCAGAACGTCTTGGGAATACTCTTATGCAGgtatcatgtt ... cgcatgacagGATCCTGGAATGTCCAGTATGCTCGAGAGTTTGACTAGTCCTTCTCATAAG
EST: gi|29627631|gb|CB632642.1|CB632642
EST:     ACCCTCAATTCATGTCAATGGCAGAACGTCTTGGGAATACTCTTATGCAG                         GATCCTGGAATGTCCAGTATGCTCGAGAGTTTGACTAATCCTTCTCATAAG
genomic: ACCCTCAATTCATGTCAATGGCAGAACGTCTTGGGAATACTCTTATGCAGgtatcatgtt ... cgcatgacagGATCCTGGAATGTCCAGTATGCTCGAGAGTTTGACTAGTCCTTCTCATAAG
EST: gi|117234746|gb|CT847861.1|CT847861
EST:     ACCCTCAATTCATGTCAATGGCAGAACGTCTTGGGAATACTCTTATGCAG                         GATCCTGGAATGTCCAGTATGCTCGAGAGTTTGACTAATCCTTCTCATAAG
genomic: ACCCTCAATTCATGTCAATGGCAGAACGTCTTGGGAATACTCTTATGCAGgtatcatgtt ... cgcatgacagGATCCTGGAATGTCCAGTATGCTCGAGAGTTTGACTAGTCCTTCTCATAAG
EST: gi|218481521|gb|FG960926.1|FG960926
EST:     ACCCTCAATTCATGTCAATGGCAGAACGTCTTGGGAATACTCTTATGCAG                         GATCCTGGAATGTCCAGTATGCTCGAGAGTTTGACTAATCCTTCTCATAAG
genomic: ACCCTCAATTCATGTCAATGGCAGAACGTCTTGGGAATACTCTTATGCAGgtatcatgtt ... cgcatgacagGATCCTGGAATGTCCAGTATGCTCGAGAGTTTGACTAGTCCTTCTCATAAG
EST: gi|29636054|gb|CB641063.1|CB641063
EST:     ACCCTCAATTCATGTCAATGGCAGAACGTCTTGGGAATACTCTTATGCAG                         GATCCTGGAATGTCCAGTATGCTCG
genomic: ACCCTCAATTCATGTCAATGGCAGAACGTCTTGGGAATACTCTTATGCAGgtatcatgtt ... cgcatgacagGATCCTGGAATGTCCAGTATGCTCG
EST: gi|8859951|gb|AU097269.1|AU097269
EST:     ACCCTCAATTCATGTCAATGGCAGAACGTCTTGGGAATACTCTTATGCAG                         GATCCTGGAATGTCCAGTATGCTCGAGAGTTTGACTAGTCCTTCTCATAAG
genomic: ACCCTCAATTCATGTCAATGGCAGAACGTCTTGGGAATACTCTTATGCAGgtatcatgtt ... cgcatgacagGATCCTGGAATGTCCAGTATGCTCGAGAGTTTGACTAGTCCTTCTCATAAG
EST: gi|29688694|gb|CB684969.1|CB684969
EST:     ACCCTCAATTCATGTCAATGGCAGAACGTCTTGGGAATACTCTTATGCAG                         GATCCTGGAATGTCCAGTATG
genomic: ACCCTCAATTCATGTCAATGGCAGAACGTCTTGGGAATACTCTTATGCAGgtatcatgtt ... cgcatgacagGATCCTGGAATGTCCAGTATG
EST: gi|13896875|gb|AU183211.1|AU183211
EST:     ACCCTCAATTCATGTCAATGGCAGAACGTCTTGGGAATACTCTTATGCAG                         GATCCTGGAATGTCCAGTATGCTCGAGAGTTTGACTAGTCCTTCTCATAAG
genomic: ACCCTCAATTCATGTCAATGGCAGAACGTCTTGGGAATACTCTTATGCAGgtatcatgtt ... cgcatgacagGATCCTGGAATGTCCAGTATGCTCGAGAGTTTGACTAGTCCTTCTCATAAG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 75 (upstream exon), 73 (downstream exon)
Score: 80

TGCATTGGATCCTCAGCAGTACATGGAAACAATGACACAAGTCATGCAAAACCCTCAATTCATGTCAATGGCAGAACGTCTTGGGAATACTCTTATGCAGgtatcatgtt ... cgcatgacagGATCCTGGAATGTCCAGTATGCTCGAGAGTTTGACTAGTCCTTCTCATAAGGAGCTGCTTGAAGAGCGGATGTCCCGTATTAAAGAAGATCCCTCTTTGA




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cagaaaaaattttcagaatgtttcttcgcttcaagttttctgctacgcatgacagGATCCTGGAATGTCCAGTATGCTCGAGAGTTTGACTAGTCCTTCTCATAAGGAGCTGCTTGAAGAGCGGATGTCCCGTATTAAAGAAGATCCCTCTTTGA
     aaaattttcagaat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatcatgttatgtttccagagtcatcaccagaaaaaattttcagaatgtttcttcgcttcaagttttctgctacgcatgacagGATCCTGGAATGTCCAGTATGCTCGAGAGTTTGACTAGTCCTTCTCATAAGGAGCTGCTTGAAGAGCGGATGTCCCGTATTAAAGAAGATCCCTCTTTGA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG